Новое положение создавало и новые проблемы. Только теперь Цезаря восприняли как победителя. В доказательство этому граждане начали свергать статуи Помпея и Суллы (Suet. Iul., 75; Plut. Caes., 58; Dio, 42, 18; Polyaen, VIII, 23, 31). Впрочем, диктатор немедленно пресек эту практику, а позже отдал приказ восстановить все пострадавшие памятники. К власти пришло новое цезарианское правительство. Начальником конницы стал Марк Антоний, а консулами 47 г. были легаты Цезаря Кв. Фуфий Кален и П. Ватиний. Кален, участник галльских кампаний, также сражался в Испании в 49 г. и теперь действовал в Греции (Caes. В. С, III, 26; Cic. Phil., VII, 17), П. Ватиний был союзником Цезаря еще с 63 г. (Cic. Sest, 114) и играл роль его «политического офицера». В 59 г. Ватиний был инициатором закона о галльском наместничестве, в 55 г. он стал претором, одержав победу над Катоном (Cic. Fam., I, 9; 19; Liv. Epit., 105; Plut. Cato, 42; Pomp., 52), в 54 г. был обвинен в подкупе, но оправдан благодаря поддержке триумвиров, а с 51 г. считался легатом Цезаря. В 48 г. после отплытия подкреплений на помощь Цезарю во главе с Антонием и Каленом, Ватиний стал комендантом Брундизия (Caes. В. С, III, 10). Наместниками в Испании стались Лепид и Кв. Кассий Лонгин, в Галлии — Децим Брут.
Политика «милосердия» продолжалась, но, в отличие от кампаний 49 года, Фарсал стал первым большим сражением с серьезными потерями. Цезарь, как и ранее, помиловал пленных, но, вероятно, не столько он сам, сколько его окружение и новая политическая элита стремились показать, что политика «милосердия» имеет свои пределы. Впервые с начала войны помпеянцы и их союзник Юба были объявлены врагами отечества (Dio, 42, 20–21). На смену военному «двоевластию» приходит борьба единственной законной власти против мятежников.
Серьезность военных проблем никоим образом нельзя приуменьшать. Ключевое значение имела проблема самого Помпея, оставался его флот, фактически не понесший серьезных потерь. Второй проблемой была проблема восточных провинций, добровольно и принужденно оказавших помощь помпеянцам и дававших им войска и материальные ресурсы. Установление новой власти должно было пройти бескровно и быстро. Некоторые регионы представляли особую опасность. В борьбу вмешались вассальные цари и внешние силы. Сохранялась возможность парфянского вмешательства. В Африке набирал силу царь Юба. Как показали дальнейшие события, опасность представляли даже такие зависимые правители, как Фарнак Понтийский и египетские претенденты на престол.
Неспокойно было и в Италии. Уже в 48 г. ставший претором Целий Руф возглавил движение должников, пытаясь сорвать урегулирования Цезаря. В 60–50-е гг. Руф принадлежал к кругу Катона и Цицерона, и его судьба достаточно характерна для немалой группы политиков, мечущихся между разными лагерями. В молодости он получил образование под руководством Цицерона и Красса (Cic. Cael., 9, 12), в 63 г. пытался сблизиться с Катилиной, но затем вернулся к Цицерону (Ibid., 10, 11). В 50-е гг. Руф вместе с Милоном и Сестием был одним из ближайших сподвижником Цицерона, что, впрочем, не мешало ему стать любовником знаменитой Клодии. В 54 г. роман закончился бурным процессом, когда Клодия обвинила Целия в попытке ее убить. В 52 г. Целий защищал Милона, а в 49 г., вопреки советам Цицерона, поддержал Цезаря, бежав к нему вместе с Антонием и Квинтом Кассием (Dio, 41, 3, 2). В 48 г. Целий стал проявлять недовольство Цезарем и в феврале 48 г. написал в Эпир Цицерону о намерении выступить против него (Cic. Fam., VIII, 17).
Целий нанес удар в достаточно больное место — долговую политику Цезаря и проблему кассации долгов, которую правительство пыталось так гибко решить. Он обнародовал проект об уплате долгов без процентов в течение 6 лет (Caes. В. С, III, 20). Консул Сервилий и магистраты выступили против. Продолжая популистские действия, Руф уже открыто предложил сложение годовой квартплаты и отмену всяческих долговых обязательств (III, 21). Целий организовал нападение на Требония, бывшего городским претором и занимавшегося решением долгового вопроса, и прогнал его с форума (Ibid.).