Кассий был вынужден обратиться за помощью к пропретору Ближней Испании Лепиду и царю Мавретании Богуду, а сам начал операции против Кордубы (В. Alex., 60–61). Обе армии маневрировали. Кассий отступил к Улии, куда подошел и Марцелл. Используя тактику Цезаря, Марцелл начал окружать противника укреплениями. Вскоре к Кассию подошла конница Богуда, а затем — сильная армия Лепида из 35 когорт с конницей (ibid., 62–63). Лепид выступил в качестве посредника. Марцелл сдался Лепиду, Кассий после колебаний также пошел на перемирие. Марцелл и Лепид прибыли в Кордубу, а в Дальнюю Испанию прибыл новый наместник, Гай Требоний (Ibid., 640. Лишившись власти, Кассий отправился в Малакку и погиб во время плавания (Ibid. См. Dio, 42, 15; 43, 1; 29). Опасное развитие событий было остановлено, однако поход в Африку был сорван окончательно. Гражданской войны в Испании не произошло, что во многом было заслугой Лепида. В изложении автора «Александрийской войны», вероятно, отражавшей официальную позицию правительства, чувствуется явное обвинение против Кассия и весьма прохладное отношение к его противникам. Недовольство вызвали и действия Марцелла. Дион Кассий сообщает, что он был отправлен в изгнание, а затем возвращен (Dio, 42, 15; 43, 1; 43, 29). Напротив, Лепид получил титул императора и триумф (Dio, 48. 1–2). Позже он станет консулом 46 г. и начальником конницы, превратившись в лицо, равное самому Марку Антонию.
Последним этапом военных действий в Адиатике стали операции в Иллирике. Здесь продолжали действовать остатки флота Помпея, опиравшиеся на местные племена. Еще в 48 г. Цезарь послал в провинцию квестора Кв. Корнифиция с 2 легионами. Корнифиций достаточно успешно действовал против местных повстанцев и флота Октавия (В. Alex., 42). Впрочем, положение оставалось серьезным, и Цезарь распорядился направить подкрепления из новобранцев во главе с Габинием (Ibid., 43). На сей раз опыт и энергия не помогли этому, в общем, способному военачальнику. Армия Габиния терпела неудачи, в одном из сражений он потерял около 2 000 солдат и с трудом добрался до Салон, сохранявших неизменную верность Помпею, где через несколько месяцев умер от болезни (Ibid.).
Октавий активизировался. Он заключил союз с мятежными иллирийцами и попытался захватить провинцию. Некоторые города, прежде всего, город Исса, поддержали помпеянцев. Октавий осадил Эпидавр и в это время Корнифиций обратился за помощью к консулу Публию Ватинию (Ibid., 44; 47).
Действия Ватиния были обусловлены крайней нехваткой солдат и кораблей. Ядром его войска стали собранные в Брундизии находившиеся на лечении ветераны Цезаря, а большая часть кораблей представляла собой переделанные на военный лад обычные весельные суда. Создав этот флот, Ватиний начал освобождать города Далмации. Ватиний заставил Октавия снять осаду Эпидавра (В. Alex., 4). Возле острова Тавриды произошло морское сражение, в котором флот помпеянцев был разгромлен. Как это часто бывает в военной истории, победа на море была одержана благодаря абордажному бою. Только захваченных кораблей было около 10 (Ibid., 45–47). После победы Ватиний подошел к главному форпосту противника, городу Иссе, который вскоре сдался (Ibid., 47). Остатки флота Октавия ушли в Грецию, а оттуда через Сицилию — в Африку, где приняли участие в Африканской войне конца 47–46 гг., а Ватиний вернулся в Брундизий.
Если положение на западе сумели восстановить легаты Цезаря, то в восточных провинциях началась новая война. Примечательно, что именно Цезарю было суждено завершить Митридатовы войны. На востоке находились главные противники Рима, Парфия и Понтийское царство. Они не приняли участия в войне на стороне Помпея, хотя последний обращался к обоим, однако и те и другие воспользовались внутренним положением Рима для решения своих территориальных вопросов. Сын Митридата, Фарнак II, пришедший к власти в 63 г. в результате свержения и убийства отца, долгое время был лояльным союзником Рима. Царство Фарнака было ограничено Боспором, и царь даже отказал Помпею в помощи, однако после ухода римских войск, как и Птолемей, решил изменить модель отношений с Римом и, насколько это возможно, восстановить царство своего отца Митридата.
