Ефремов особенно подчеркивает необходимость наложения детального функционального анализа на почву общей энергетики организма, т. е. выделением соотношений возможностей организма с направлением его приспособлений. Здесь нетрудно сделать ошибочные выводы. Для палеонтолога парадоксально, например, что последний представитель крупных амфибий — исполинская саламандра живет лишь в очень холодной воде горных речек. Между тем все представления о жизни крупных амфибий прошлого связываются с тропическими низменностями и затопленными лесами. Современная исполинская саламандра — пассивный хищник, существует благодаря резкому снижению метаболизма в холодной воде и, следовательно, сокращению потребности в пище. Вместе с тем нельзя забывать, что разнообразие адаптации, сложность приспособительных систем в организме ограничены и повторяются закономерно в определенных условиях существования. Поэтому морфология всегда способна подобрать для палеонтологии сходные адаптации хотя бы в различных группах животных.
И. А. Ефремов считал, что при изучении редких и архаических животных необходимо в совершенстве знать условия их существования, питания, размножения, движения, часто неизвестные даже в общих чертах. Задача эта неотложная; большинство этих животных обречено на скорое вымирание. Существенную помощь в этом деле может оказать тысячелетний опыт наблюдений охотников племен Африки, Индии и других тропических и субтропических стран. Эти наблюдения, сопоставленные с точными данными сравнительной анатомии, помогут понять морфологические особенности архаических животных в связи с условиями их существования. Обобщение этого опыта — задача также первостепенная: с его утратой человечество навсегда простится и с бесценными наблюдениями, накопленными нашими предками. "Этого недосмотра, — подчеркивает И. А. Ефремов, — нам потомки не простят, как не простят и того, если мы не сумеем изучить морфологию вымирающих редких форм животного мира пашей быстро изменяющейся планеты". Следует заметить, что эти соображения он высказал в период, когда проблемы глобальной экологии и охраны среды лишь только начали вырисовываться во всей их полноте и значении.
Основные положения этого доклада И. А. Ефремова позднее нашли отражение в редакционной статье первого номера только что учрежденного "Палеонтологического журнала": в ней, в частности, подчеркивались важность освещения "вопросов функциональной морфологии скелетных образований, правильное понимание которых осмысливает наблюдающиеся особенности строения; что "вдыхает жизнь" в окаменелости, а вместе с тем уточняет родственные связи и филогению ископаемых организмов, их систематику — в первую очередь необходимую палеонтологу в его работе, и влияние на теорию эволюции, и на практику геологии" [Сноска].
В статье "Некоторые соображения о биологических основах палеозоологии" (1961) Ефремов снова возвращается к биологической направленности палеонтологии. Биологический анализ образа жизни животных и реконструкции обстановок не могут быть выяснены в деталях вследствие неполноты скелетных остатков. В первую очередь это относится к остаткам беспозвоночных, обладающих меньшей биологической информацией. Возникли новые косвенные методы исследования, такие, как палеоэкология, с помощью которой исследователи пытались получить биологическую характеристику вымерших животных через анализ пород, вмещающих остатки организмов. Породы рассматривались как индикатор условий обитания организмов и, следовательно, критерий адаптации. Ефремов подчеркивал, что палеоэкология в применении к палеозоологии беспозвоночных стала все более уклоняться в сторону вспомогательных методов исследования как показателей геологических процессов образования палеонтологических документов. Центр тяжести исследований сместился с морфологического изучения на расшифровку процессов распределения в породах органических остатков и характеристику самих осадков. Вмещающие породы, по мысли Ефремова, не могут служить показателем условий обитания особенно для неподвижных донных форм. В целом же закономерность захоронения наземных животных в континентальных отложениях, по его мнению, относится также и к морским отложениям с остатками морских животных. Поэтому Ефремов считал ограниченными возможности палеоэкологического метода в раскрытии биологической адаптации животных по условиям их жизни. Детализация биологических исследований на современных организмах полнее раскрывает сложность приспособительных устройств, посредством которых осуществляется адаптация к определенным условиям существования. В этой связи прежние представления, намечавшие лишь прямую связь организма с внешней средой, представляются весьма примитивными.
