И. А. Ефремов отмечал явно недостаточную изученность этих животных с позиций морфофункциональных исследований, особенно важных для палеонтологии. Примером такого подхода он считал объяснение постепенного уплощения и вторичное охрящевение черепа во многих эволюционных рядах земноводных-стегоцефалов. Этот процесс явился результатом приспособления к жизни пассивного хищника. Интересны и данные по функциональной морфологии зверообразных пресмыкающихся. Тип движения крокодилоподобного неуклюжего пресмыкающегося является не архаичным пережитком, унаследованным им от далеких предков, а результатом специального приспособления для передвижения в топкой местности. При изучении функциональной морфологии динозавров выяснилось, что все их группы имеют свои специфические зоны жизни, располагающиеся в прибрежной области. Некоторые из них, например зоны для крупнейших динозавров-завропод, даже выдвинуты в море. Таким образом, в морфофункциональных исследованиях И. А. Ефремов видел основные для палеонтологии позвоночных направления работ, способные принести важные теоретические результаты. Перспективность этих исследований, по мысли Ефремова, зависела от расширения экспедиционных работ в пермских и триасовых красноцветах СССР, в мезокайнозойских отложениях Средней и Центральной Азии, Казахстана и Сибири — обширных областях развития наземных позвоночных.
"Палеонтология — одна из трех наук, — говорил И. А. Ефремов, владеющих исторической перспективой развития, является, особенно для нашего общества, отраслью знания величайшей важности". Всякие направления в исследованиях, подчеркивал ученый, должны развиваться там, где они дадут наибольший эффект для народного хозяйства и культуры.
Дальнейшее развитие этих положений прослеживается в докладе И. А. Ефремова "О значении морфологии для палеозоологических (палеонтологических) исследований". Ученый выступил с ним на молодежной конференции Биологического отделения АН СССР 9 апреля 1957 г.
Для палеонтологии с ее ограниченными возможностями изучения фоссилизированных, окаменевших остатков скелета вместо целых организмов особенно важны две отрасли морфологии: сравнительная анатомия, восстанавливающая строение животных, и функциональная морфология, объясняющая причину данного типа строения. Эти отрасли морфологии составляют две диалектически необходимые стороны познания любого организма. И. А. Ефремов подчеркивал, что детальное познание морфологии животных показывает всю сложность и тонкость приспособительных структур, посредством которых осуществляется адаптация организма к определенным условиям существования. В качестве примеров приспособительных структур он упоминает открытие ультразвуковой локации летучих мышей, радиолокацию у рыб мормирид, отличающихся громадным развитием мозжечка, электрических рыб и др.
С развитием смежных биологических дисциплин — физиологии, биохимии — сравнительная анатомия и функциональная морфология, по мнению Ефремова, полнее раскроют великую сложность строения организма. Морфология подходит к познанию организма с его противоречивым единством приспособительных изменений и, следовательно, различиями уровней энергетической системы. Последняя слагается из множества исторических наслоений органов и систем управлений, что составит существо исследований функциональной морфологии будущего.
Изучение детальной морфологии организмов часто приводит палеонтологию к неожиданным результатам и нарушает представления о постепенном развитии приспособительных изменений, координированном с общей физиологией организма. Нередко высокий уровень адаптации достигается отдельными группами животных при весьма общей архаической физиологии. Так, указывает И. А. Ефремов, высокая организация нервной системы у головоногих моллюсков как бы противоречит их низкому физиологическому уровню. Осьминог обладает относительно большим мозгом и бинокулярным зрением хорошо развитых глаз. Бинокулярное зрение у наземных позвоночных было достигнуто впервые в несовершенном виде лишь у динозавров. Высокий уровень метаболизма и связанное с ним мощное кровоснабжение мускулов и теплокровность имеются, например, у тунцовых рыб. Это вызвано адаптацией к необычайно быстрому передвижению. По словам И. А. Ефремова, такого рода примеры показывают, что палеонтолог должен быть весьма осторожным при оценке условий существования и решении вопроса о характере адаптации в той или иной группе животных.
