В ночь на 3 января Иван Шуйский со своими людьми без приказа государя скрытно вступил в Москву; еще раньше сюда прибыли его сын Петр и Иван Большой-Шереметев с толпой вооруженных слуг. За три часа до света они напали на двор Бельского и захватили спящего временщика. Затем в Кремле был учинен настоящий погром. За сторонниками Бельского гонялись по всему дворцу, а одного из них — боярина Щенятева — выволокли задними дворами из государевых палат, где тот надеялся укрыться. На митрополита Иоасафа заговорщики накинулись с особым ожесточением: окна его кельи забросали камнями. Испуганный митрополит искал спасения во дворце, но мятежники ворвались туда вслед за ним, подняли страшный шум, разбудив и напугав великого князя. Иоасаф побежал на Троицкое подворье, но дворяне и дети боярские с ругательствами преследовали его и там. Владыку едва не убили: он остался жив лишь благодаря заступничеству Троицкого игумена Алексея и князя Дмитрия Палецкого, которые именем Сергия чудотворца вырвали его из рук разбушевавшихся погромщиков. Иоасаф был сослан в Кириллов монастырь на Белоозеро, оттуда переведен в Троице-Сергиеву обитель, где и скончался. Бельского ждала та же участь: сосланный в Кирилло-Белозерский монастырь, он вскоре был убит там по приказанию Шуйских.
На митрополичий престол был возведен Новгородский архиепископ Макарий. Сам он в своем духовном завещании свидетельствует, что всеми силами противился этому назначению, однако был понужден принять сан не только всем собором святителей, но и самим благочестивым царем Иваном Васильевичем и не посмел ослушаться. Этот выбор был самый счастливый, и, если Шуйские приложили к нему руку, мы должны чистосердечно поблагодарить их за это.
Вновь наступило время засилья Шуйских. Правда, князь Иван Васильевич вскоре по болезни удалился от двора. Вместо него старшую линию рода возглавили князья Андрей и Иван Михайловичи Шуйские и Федор Иванович Скопин-Шуйский (дед знаменитого героя Смутного времени). Первенствовал князь Андрей так же нагло и свирепо, как и его предшественник, творивший все, что ему вздумается. Летопись характеризует его одним словом — «злодей»; для своего обогащения он пересматривал старые судебные дела, правя с ответчиков по сто рублей и больше, «а во Пскове мастеровые люди все делали для него даром и большие люди подаваша к нему дары».
Позднее Иван Грозный так описывал боярское самоуправство в годы своего малолетства: «Они наскочили на грады и села, ограбили имущество жителей и нанесли им многоразличные обиды, сделали своих подвластных своими рабами, и рабов своих устроили как вельмож; показывали вид, что правят и устраивают, а вместо того производили неправды и нестроения, собирая со всех неизмеримую мзду, и все творили… не иначе, как по мзде».
Летописец подтверждает его слова, приравнивая правление бояр к татарским набегам: «Тамо бо языцы поганые христиан губяху и воеваху, зде же бояре и воеводы мздами и налогами и великими продажами христиан губяху. Такожде и обычные дворяне и дети боярские и рабы их творяху, на господ своих зряше. Тогда же в градах и селах неправда умножися, и восхищения и обиды, татьбы и разбои умножишася, и буйства и грабления многие. И во всей земле бяше слезы и рыдания и вопль мног».
Теперь ни один боярский род не мог соперничать с Шуйскими. Опасность для них могла исходить не от влиятельной фамилии, а от людей, находившихся в непосредственной близости к государю, и они ревниво следили за окружением Ивана. Вскоре Шуйские с неудовольствием заметили привязанность тринадцатилетнего государя к молодому боярину Федору Семеновичу Воронцову.
9 сентября 1543 года во дворце разыгралась сцена, превосходящая всякое воображение. Трое Шуйских и их сторонники — князья Шкурлятев, Пронский, Кубенский, Палецкий и боярин Алексей Басманов — в столовой избе у государя, в присутствии самого Ивана и митрополита, схватили Воронцова, стали бить его по щекам, оборвали на нем платье и хотели убить — «за то, что его великий князь жалует и бережет». Митрополит Макарий пытался вступиться за Воронцова, но безуспешно; более того, один из буянов наступил на мантию владыки и разодрал ее. Только мольбы и слезы ребенка-государя удержали Шуйских от кровавой расправы над неугодным им человеком. Воронцова оставили в живых — «для государева слова» — и сослали в Кострому.
Но это было последнее безнаказанное боярское самовольство.
29 декабря того же года Иван неожиданно для всех велел схватить князя Андрея и отдать псарям, которые поволокли «злодея» к тюрьмам и по дороге убили его; изуродованный труп «лежал наг в воротах два часа». Пособники Шуйских были разосланы по городам. Жестокая расправа со всемогущим князем привела бояр в оцепенение. «С этих пор, — говорит летописец, — начали бояре от государя страх иметь и послушание».
Молодой сокол расправил крылья. Хищник вкусил крови, и пища пришлась по вкусу.