В конце концов Ирина Годунова в соответствии с волей покойного мужа Федора Ивановича приняла пострижение. Она удалилась в Новодевичий монастырь. Началась ожесточенная борьба за власть. Боярами была пущена утка, что Федор хотел видеть на троне своих двоюродных братьев Федора и Александра Романовых. Глава Боярской думы князь Федор Мстиславский был правнуком Ивана III и претендовал на царский престол. Боярская дума раскололась. Романовы выступили с обвинениями в адрес Бориса Годунова, его они обвиняли в убийстве самого царя Федора. Явная клевета была рассчитана на то, что против Бориса удастся организовать «народный бунт». Годунов хорошо знал нравы и принципы бояр и ожидал от них самого худшего. Он перестал ездить в Боярскую думу. Сначала он укрылся на собственном подворье, а затем перебрался в Новодевичий монастырь. Бояре расценили это как отказ от исполнения обязанностей правителя страны.
Когда истекло время траура по Федору (17 февраля), начались процедуры выбора нового царя. Патриарх Иов на своем подворье собрал совещание сторонников Бориса Годунова. Там были бояре Годуновы, их родня Сабуровы и Вельяминовы. Присутствовали также некоторые младшие члены Думы. На соборном совещании было принято решение об избрании на трон Бориса Годунова. В то же самое время в Кремлевском дворце особое совещание по тому же вопросу созвало руководство Боярской думы. Вопрос престолонаследия был в компетенции Боярской думы, так как она была высшим государственным органом страны. Но в Боярской думе царили раздоры.
Занять царский трон желали не только Мстиславский и Романов, но и многие другие великородные бояре. Спорили до драки, но компромисса достичь не удалось. Поэтому решили, чтобы царская власть принадлежала всей Думе. От имени Думы к «народу» обратился лучший оратор дьяк Щелкалов. Но «народ» не одобрил такое решение, и затея лопнула. Ни Боярская дума, ни патриарх не смогли найти устраивающее всех решение. Осталась одна возможность — кто кого переплюнет в подкупе «народа» и очернении своих противников. Борис Годунов все это время находился в Новодевичьем монастыре. Сформированный Земский собор 20 февраля направил к Борису Годунову делегацию, а точнее шествие.
То что Борис Годунов отказывался от царского престола сплошная выдумка. Он занял царский трон как наследник и спокойно. Патриарх повел Бориса Годунова в монастырский собор и там нарек его на царство. Этот акт надо было оформить документально. Дьяки завершали работу над текстом утвержденной грамоты о соборном избрании Бориса на трон. Грамоту в законченном виде зачитали членам Земского собора. Все они поставили на ней свои подписи. Но грамоту должны были подписать и члены Боярской думы. Дума ответила невиданной интригой.
Случилось так, что крымские татары готовили поход на Русское государство. Борис Годунов считал своим долгом организовать оборону страны. Он считал это важным. Поход на татар возглавил, как и полагалось, глава государства — Борис Годунов. Полки были собраны к началу мая. Бояре должны были занять командные посты в воинских отрядах. Отказаться от обороны государства они не могли. Всё дворянское ополчение должно было собраться под Москвой. Годунов выехал в Серпухов, где формировались полки. В ожидании татарского войска русские отряды находились на Оке в полной боевой готовности. Одновременно военные воздвигли под Серпуховом целый город из белоснежных шатров. Были возведены невиданные башни и ворота. Когда стало ясно, что татары изменили свои планы и прекратили поход, Годунов снял войска и отправил их по домам. Но предварительно в военном лагере он устроил царский пир.
По традиции утвержденную грамоту должны были подписать члены Боярской думы. Присяга на верность новому царю всегда принималась в зале заседаний Боярской думы. При этом церемонией руководили старшие бояре. Дума всему этому противилась. Поэтому церемония была перенесена в церковь. Был составлен текст присяги. В нем содержался перечень обязанностей подданных по отношению к царю. Церемония венчания на царство Бориса Годунова проходила в сентябре в Успенском соборе в Кремле. Бояре вели себя двулично. Так, боярин Мстиславский осыпал Годунова золотыми монетами в дверях собора. Годунов обратился к присутствующим с краткой эмоциональной речью. Он сказал: «Отец мой, великий патриарх! Бог тому свидетель, не будет отныне в моем царстве нищих и бедных». Борис Годунов пообещал поделиться со всеми последней сорочкой. Он был искренен.
