Так, например, в 1886—1887 гг. действовала Комиссия по составлению программы наблюдений над озерами. Она возникла в связи с обсуждением на заседании отделений сообщения Н. М. Ядринцева об усыхании озер в Арало- Каспийской низменности и Западной Сибири. Было постановлено избрать комиссию, в состав которой вошли И. В. Мушкетов (председатель), И. И. Стебницкий, А. А. Тилло, Ф. Б. Шмидт, Ю. М. Шокальский, А. И. Воейков, Н. М. Ярдинцев, И. Д. Черский, а позже были приглашены В. Д. Аленицин, Н. А. Соколов и Г. Н. Потанин. Благодаря содействию А. И. Воейкова, находившемуся в то время за границей, И. В. Мушкетов установил связь с известным исследователем озер швейцарским ученым Ф. А. Форелем, который прислал изданную им на французском языке инструкцию для исследования озер. Переведенная Ю. М. Шокальским на русский язык, она была Комиссией рассмотрена, одобрена и представлена к печати в виде приложений к Известиям Географического общества. Кроме того, Комиссия поручила В. Д. Аленицину к концу 1887 г. подготовить небольшое наставление по вопросам методики наблюдений и устройства наиболее простых приборов, а также подготовила к печати «Программу для собирания сведений об усыхании озер». Эти программы и инструкции наблюдений над озерами Ф. А. Фореля, опубликованные в 1888 г., были разосланы от имени Общества в различные губернские органы (статистические комитеты и др.), а Комиссия этим завершила свою деятельность.
В 1886—1888 гг. существовала Комиссия по составлению программы наблюдений над динамическими явлениями, происходящими на берегах морей. 'На заседании отделений 29 апреля 1887 г. после сообщения И. В. Мушкетова о нежелательных задержках в работе Комиссии, в то время как эти наблюдения имеют не только большой научный, но и практический интерес, было постановлено поручить И. В. Мушкетову и Н. А. Соколову составление этой программы, к чему они привлекли и других членов Отделений. 26 января 1888 г. на объединенном заседании отделений эта Комиссия в составе И. И. Стебницкого, И. В. Мушкетова, М. Н. Герсеванова, Н. А. Соколова, Д. Ф. Жаринцева, Н. А. Богуславского, А. Н. Нюберга, А. А. Бранда и Ю. М. Шокальского представила «Программу для исследований морских берегов». Рецензия на нее была возложена на Н. В. Каульбарса, А. А. Тилло и К. М. Михайлова. По содержанию программы замечаний у рецензентов не было, но они внесли ряд дополнений, которые были учтены. К печати программа была принята 7 мая 1888 г. и вышла в свет в том же году.
31 октября 1887 г. на объединенном заседании отделений по предложению И. В. Мушкетова была организована Сейсмическая комиссия. На том же заседании А. И. Воейков сделал сообщение о деятельности физико-географических учреждений ряда стран Западной Европы. В частности, он сообщил, что Парижская академия наук создала специальную Сейсмическую комиссию в связи с происшедшим крупным Андалузским землетрясением.
И. В. Мушкетов в своем выступлении указал на очевидную недопустимость почти полного отсутствия сейсмических наблюдений в России, что подтвердило еще Верненское землетрясение 1887 г. Экспедиции, направляемые для изучения последствий землетрясений, способные оценить лишь общий характер явления, не могут выявить приуроченности или связи его, например, с метеорологическими или даже космическими факторами. На этом основании И. В. Мушкетов предложил немедленно создать Сейсмическую комиссию, в которую на том же заседании были избраны он сам (председатель), И. И. Стебницкий, Ф. Б. Шмидт, Г. Д. Романовский, К. Д. Краевич, А. И. Воейков, П. И. Броунов, И. Б. Шплиндер, И. Д. Черский, Э. Ю. Петри, М. А. Рыкачев и Ю. М. Шокальский (секретарь).
В 1888 г. И. В. Мушкетов привлек к работам Сейсмической комиссии А. П. Орлова, директора Казанского реального училища, уже много лет приватно занимавшегося вопросами сейсмологии. Тот взял на себя труд составить программу сейсмических наблюдений и каталог русских землетрясений, но в начале 1889 г. скончался. Совет Географического общества 13 мая 1889 г. по предложению И. В. Мушкетова обратился к семье А. П. Орлова с просьбой передать Обществу его рукописи для использования и публикации, а в начале октября 1889 г. они уже были переданы И. В. Мушкетову.
