28 ноября 1877 г. на заседании отделений С. Ю. Раунер сделал интересное сообщение о применяемых методах укрепления и облесения летучих песков в некоторых странах Западной Европы (Франции, Пруссии, Венгрии и др.) и о том, как этот опыт можно использовать в России. И. В. Мушкетов предложил С. Ю. Раунеру участвовать в составлении программы для наблюдений над песками. К этой работе были привлечены также Н. А. Соколов и М. А. Рыкачев. И уже 18 декабря 1877 г. на заседании отделений была доложена программа наблюдений над песками, составленная комиссией, куда входили И. В. Мушкетов, Н. А. Соколов, М. А. Рыкачев и С. Ю. Раунер, и постановлено опубликовать эту программу. Окончательно отредактированная И. И. Стебницким и Ю. М. Шокальским с рядом их дополнений,, эта работа под названием «Инструкция для исследования характера и распространения летучих песков» была опубликована в Известиях Географического общества в 1888 г.
10 октября 1889 г. по предложению А. А. Тилло на заседании отделений была создана комиссия по организации и обработке водомерных наблюдений на берегах морей, на реках и озерах. В нее были избраны А. А. Тилло, И. В. Мушкетов, О. Э. Штубендорф, Н. Л. Пущин, Н. В. Каульбарс, К. И. Михайлов, С. Д. Рыльке, А. К). Сокович, И. Б. Шплиндер и Ю. М. Шокальский. 24 апреля 1890 г. была принята к печати «Инструкция для наблюдений над колебаниями уровней вод морей», разработанная _И. Б. Шплиндером и одобренная комиссией.
20 ноября 1890 г. на заседании отделений А. А. Тилло доложил о наводнении, происшедшем в Петербурге в ночь с 16 на 17 августа 1890 г., когда уровень воды на 9 футов превысил средний уровень воды у Адмиралтейства. В связи с этим была учреждена Комиссия для обсуждения мер к ограждению столицы от наводнений. Первое заседание этой Комиссии состоялось 19 февраля 1891 г.,и на нем было признано, что помимо изучения причин, приводящих к повышению уровня в Финском заливе у устья р. Невы, необходимо произвести также особые исследования для выяснения взаимосвязи колебаний уровней почвенных (грунтовых) вод в Петербурге с подъемом воды в р. Неве. В 1895 г. А. А. Тилло обобщил и опубликовал имевшиеся материалы по подъему грунтовых вод в Петербурге во время наводнений.
В 1892 г. И. В. Мушкетов опубликовал в Известиях Географического общества «Краткую программу для наблюдений ледников России», составленную им по поручению Общества. Еще 28 ноября 1889 г. на заседании отделений А. И. Воейков поднял вопрос о необходимости создания наставления для наблюдений над ледниками. Тогда же было решено поручить это И. В. Мушкетову и А. И. Воейкову. Но поскольку А. И. Воейков был перегружен другими срочными делами, И. В. Мушкетов один подготовил эту программу. Она широко использовалась при изучении ледников в различных районах России в конце 90-х годов.
В конце 1894 г. Управление по сооружению Сибирской железной дороги обратилось в Географическое общество с просьбой издать возможно скорее указания по наблюдению над вечной мерзлотой, столь широко распространенной в Сибири. 20 декабря 1894 г. И. В. Мушкетов на заседании отделений ознакомил присутствующих с письмом Управления, содержащим эту просьбу. Ввиду большой важности этого вопроса было решено немедленно создать особую комиссию для разработки достаточно полной программы наблюдений над мерзлотными явлениями. В состав этой комиссии под председательством И. В. Мушкетова вошли: К. И. Богданович, А. И. Воейков, Э. А. Коверский, В. А. Обручев, М. А. Рыкачев, Э. В. Толль, Ю. М. Шокальский, И. Б. Шпиндлер и Л. А. Ячевский. К участию в своих работах она привлекала некоторых горных инженеров (Г. В. Адрианова, Л. Л. Тове и др.). В результате всестороннего обсуждения Комиссия пришла к мнению, что инструкция должна быть возможно подробной, сочетать в себе требования для строго научного познания мерзлотных явлений и одновременно способствовать правильному решению запросов практики. В инструкцию было включено изучение не только вечной (многолетней), но и временной (сезонной) мерзлоты. Мерзлотная комиссия работала весьма продуктивно, и уже 31 января 1895 г. на заседании Отделений И. В. Мушкетов представил к печати «Инструкцию для изучения мерзлоты почвы в Сибири», которая вышла в свет под его редакцией в феврале 1895 г. в Известиях Географического общества, где наряду с ней была опубликована разработанная И. В. Мушкетовым «Инструкция горной партии Амурского участка при изысканиях Сибирской железной дороги», содержащая ряд рекомендаций по освещению инженерно-геологических и гидрогеологических условий изучаемой трассы железной дороги и прилегающих местностей.
И. В. Мушкетов в середине 90-х годов.
В эти годы И. В. Мушкетов участвовал в работе еще нескольких комиссий Географического общества, как-то:
