К XIII веку накапливаются антиномии онтологии, и за их решение берутся лучшие умы эпохи: это время великих «сумм» и систем. При этом не только учитывается опыт ранней схоластики и арабского аристотелизма (Авиценна, Аверроэс), но и происходит пересмотр античного и патриотического наследия. Намечается разделение онтологической мысли на два потока: на аристотелевскую и августинианскую традицию. Главный представитель аристотелизма – Фома Аквинский – вводит в средневековую онтологию плодотворное различение сущности и существования, а также акцентирует момент творческой действенности бытия, сосредоточенной в полной мере в самом бытии (ipsum esse), в Боге как actus purus (чистый акт). Из традиции Августина исходит Иоанн Дунс Скот, главный оппонент Фомы. Он отвергает жесткое различение сущности и существования, полагая, что абсолютная полнота сущности и есть существование. В то же время над миром сущностей возвышается Бог, о котором уместнее мыслить с помощью категорий Бесконечности и Воли. Эта установка Дунса Скота кладет начало онтологическому волюнтаризму. Различные онтологические установки проявились в споре схоластов об универсалиях, из которого вырастает номинализм Оккама, с его идеей примата воли и невозможности реального бытия универсалий. Оккамистская онтология играет большую роль в деструкции классической схоластики и формировании мировоззрения Нового времени.
Философской мысли Ренессанса в целом чужда онтологическая проблематика, но в XV в. мы находим значительную веху в истории онтологии—учение Николая Кузанского, которое содержит и суммирующие моменты, и новаторские (см. учения о possest: о «бытии-возможности»; об абсолютном максимуме; о «неином»). Кроме того, далеко не бесплодно развивалась поздняя схоластика, и в XVI в. она создает в рамках томистских комментариев ряд утонченных онтологических построений (Капреол, Каетан, Суарес).
Философия Нового времени концентрирует свое внимание на проблемах познания, однако онтология остается непременной частью философской доктрины (в частности, у мыслителей-рационалистов). По классификации Вольфа она входит в систему философских наук вместе с «рациональной теологией», «космологией» и «рациональной психологией». У Декарта, Спинозы, Лейбница онтология описывает взаимоотношение субстанций и соподчинение уровней бытия, сохраняя некоторую зависимость от неосхоластики. Проблема субстанции (т. е. первичного и самодостаточного бытия) и связанный с ней «куст» проблем (Бог и субстанция, множественность и взаимодействие субстанций, выводимость из понятия субстанции ее единичных состояний, законы развития субстанции) становятся центральной темой онтологии. Однако обоснованием систем рационалистов является уже не онтология, а гносеология. У философов-эмпириков онтологические проблемы отходят на второй план (например, у Юма онтология как самостоятельная доктрина вообще отсутствует) и, как правило, решение их не сводится к систематическому единству.
Поворотным пунктом в истории онтологии явилась «критическая философия» Канта, противопоставившая «догматизму» старой онтологии новое понимание объективности как результата оформления чувственного материала категориальным аппаратом познающего субъекта. Бытие, таким образом, раскалывается на два типа реальности – на материальные феномены и идеальные категории – соединить которые может только синтезирующая сила Я. По Канту, вопрос о бытии самом по себе не имеет смысла вне сферы действительного или возможного опыта. (Характерна кантовская критика «онтологического аргумента», основанная на отрицании предикативности бытия: приписывание бытия понятию не прибавляет к нему ничего нового.) Предшествующая онтология, толкуется Кантом как гипостазирование понятий чистого рассудка. В то же время само кантовское разделение универсума на три автономных сферы (миры природы, свободы и целесообразности) задает параметры новой онтологии, в которой единая для докантовского мышления способность выхода в измерение истинного бытия распределена между теоретической способностью, обнаруживающей сверхчувственное бытие как трансцендентную запредельность, и практической способностью, открывающей бытие как посюстороннюю реальность свободы.
