Фихте, Шеллинг и Гегель, опираясь на открытие Кантом трансцендентальной субъективности, отчасти вернулись к докантовской рационалистической традиции построения онтологии на основе гносеологии: в их системах бытие является закономерным этапом развития мышления, т. е. моментом, когда мышление выявляет свое тождество с бытием. Однако характер отождествления бытия и мысли (и соответственно – онтологии, и гносеологии) в их философии, делающей содержательной основой единства структуру субъекта познания, был обусловлен кантовским открытием активности субъекта. Именно поэтому онтология немецкого классического идеализма принципиально отличается от традиционной онтологии Нового времени: строение бытия постигается не в статичном созерцании, а в его историческом и логическом порождении; онтологическая истина понимается не как состояние, а как процесс.
Для западноевропейской философии XIX в. характерно резкое падение интереса к онтологии как самостоятельной философской дисциплине и критическое отношение к онтологизму предшествующей философии. С одной стороны, достижения естественных наук послужили основой для попыток нефилософского синтетического описания единства мира и позитивистской критики онтологии. С другой стороны, философия жизни пыталась свести онтологию (вместе с ее источником – рационалистическим методом) к одному из побочных прагматических продуктов развития иррационального первоначала («воли» у Шопенгауэра и Ницше). Неокантианство и близкие к нему направления форсировали гносеологическое понимание онтологии, намеченное еще в классической немецкой философии, превращая ее, скорее, в метод, чем в систему. От неокантианства идет традиция отделения от онтологии аксиологии, предмет которой – ценности – не существует, но «значит».
