На самолеты этой модификации ставили моторы Jumo 213Е, оснащенные системой форсирования MW 50 (использовалась водно-метанольная смесь) и четырехлопастные деревянные винты. Размах крыльев увеличили до 21.935 мм за счет установки внутренних сегментов крыльев от Ju 188. Вооружение оставалось то же, что и у Ju 88G-6. Радиооборудование состояло из радара FuG 220 SN-2 с антенной Morgenstein или радара FuG 240 Berlin. Экипаж три или четыре человека. Самолет не выпускали серийно. был изготовлен прототип Ju 88V112 (W.Nr. 621045), прототип Ju 88V113 (W.Nr621044), оснащенный GMI и еще два прототипа V114 и V115. Два первых прототипа были уничтожены во время налета союзнической авиации. Самолеты Ju 88G-7 получили неофициальное название Mosquitojaeger («охотник на Mosquito»).
Это была версия самолета Ju 88G-6, оснащенная дополнительными топливными баками. Фюзеляж был удлинен на 2235 мм.
Весной 1945 года была построена небольшая серия этих самолетов, которые были использованы в качестве составной части конструкции «Mistel».
Весной 1942 года RLM выдал техническое задание на самолет-разведчик дальнего радиуса действия, предназначенного для полетов над Атлантикой. Юнкерс представил модификацию самолета Ju 88D. которую назвали Ju 88Н. У нового разведчика фюзеляж был удлинен на 2575 мм и увеличен размах крыльев. Подфюзеляжную гондолу убрали. Экипаж самолета насчитывал три человека. Силовая установка состояла из двух двигателей БМВ 801. Самолет оснастили тремя фотокамерами Robot Rb 70/30 и 50/30, а также радаром FuG 200 Hohentweil. Вооружение самолета состояло из двух пулеметов MG 8, расположенных под фюзеляжем в сдвинутой влево установке WT 81Z, одного MG 811. установленного в правом лобовом окне и одного MG 811 в задней установке.
Прототип Ju 88Н-1, которым был Ju 88V89 (RCi+RP. W.Nr. 430820) с двигателями BMW 801 ML, поднялся в небо 2 ноября 1943 года. В том же месяце был облетан и второй прототип Ju 88V90 (W.Nr. 430821).
Серийные самолеты Ju 88Н-1 имели дальность полета от 4680 до 5130 км. На самолеты устанавливали радар FuG 220 Lichtenstein SN-2 и двигатели BMW 801D.
Самолет Ju 88Н-2 был дальним истребителем (Zerstoerer). На самолеты этой модификации не ставили радаров и фотокамер. В цельнометаллической носовой части фюзеляжа устанавливали две пушки MG 151/ 20 и еще четыре MG 151/20 подвешивались в контейнере, под фюзеляжем.
На заводе в Мерсенбурге изготовили по десять самолетов Ju 88H-I и Ju 88Н-2.
В 1944 году появились очередные модели Ju 88Н. У Ju 88Н-3 и Ju 88Н-4 фюзеляж был удлинен на 3157 мм (встроен еще один сегмент). Образовавшийся внутренний объем был занят дополнительным топливным баком. На самолеты установили двигатели Jumo 213А-12 мощностью 1305 кВт/ 1776 л.с., оснащенные форсирующим устройством MW 50. Самолет Ju 88Н-3 был предназначен для разведки, а Ju 88Н-4 должен был стать истребителем.
Бои на Восточном фронте выявили значительный численный перевес советских танковых войск над Панцерваффе. Среди многих мер, принятых для исправления ситуации, немцы создали несколько моделей самолетов-истребителей танков. Одним из таких самолетов стал Ju 87G, созданный на базе пикирующего бомбардировщика. Кроме того, появилась соответствующая модификация и Ju 8В. Были сформированы специальные эскадрильи истребителей танков (Panzerjaegerstaffeln). Первыми самолетами, направленными в эти эскадрильи стали серийные Ju 88А-4, вооруженные пушкой KwK 39 L/50 калибра 75 мм (это была немного модифицированная серийная пушка). Пушку устанавливали в подфюзеляжной гондоле и оснащали противооткатным устройством и дульным тормозом. Боезапас разместили в бомбоотсеке. «Глаз жука» остался без изменений, но кабина получила дополнительное бронирование.
