Самолеты этого типа сменили на конвейере предыдущую модель. Отличительной чертой самолетов Ju 88R-2 были двигатели BMW 801D мощностью 1250 кВт/1700 л.с. система охлаждения этих двигателей была переделана. Кабина была защищена дополнительной броней. Самолеты оснащались радарами FuG 202 Lichtenstein ВС и FuG 212 Lichtenstein С- 22. Дополнительно устанавливали устройство IFF типа FuG 25 и радиостанцию FuG 16 ZY. На выхлопные трубы самолетов устанавливали пламегасители.
Из-за нехватки двигателей BMW 801 (которые также ставили и на истребители Фокке-Вульф Fw 190А) выпуск самолетов Ju 88R-2 прекратили в начале 1944 года.
В середине 1942 года воздушный комиссариат приказал доработать серийный самолет Ju 88А-4. При этом основные элементы планера должны были быть сохранены. Построенный прототип Ju 88SV-I (Ju88V93) сохранил неизмененными фюзеляж и оперение бомбардировщика Ju 88А-4. Вместо двигателей Jumo 211 на самолет поставили BMW 801D. Вместо винтов VS-11 использовали трехлопастные VDM. Дополнительной модификацией было использование брони, защищающей кабину пилота, как это практиковалось на самолетах Ju 88С и Ju 88G. С самолетов сняли воздушные тормоза. автомат вывода из пикирования и бомбодержатели ЕТС. Самолет брал бомбы только на внутреннюю подвеску. Оборонительное вооружение состояло из пулемета MG 811, установленного в лобовом окне (этот пулемет обслуживал штурман). MG 131 в задней установке и MG 81Z в подфюзеляжной гондоле.
В Ju 88S были переделаны 146 бомбардировщиков Ju 88А-4 на заводе фирмы Хеншель (Берлин-Шёнефельд) и еще 30 Ju 88А- 4 переделали в мастерских Люфтганзы (DHL. Берлин-Штаакен).
Ju 88S-1 был очередной модификацией самолета. Из конструкции убрали подфюзеляжную гондолу, оборонительное вооружение сократили до одного MG 131 в задней установке. Также уменьшили бронезашиту кабины пилота. На самолетах этой модификации вновь вернулись к внешней подвеске бомб – под крыльями установили бомбодержатели ЕТС 1000. В заднем бомбоотсеке можно было устанавливать дополнительный бензобак. Двигатели BMW 801D заменили на BMW 801G- 2, оснащенные устройством форсирования GM I. которое впрыскивало в топливную систему двигателя окись азота (N2O). Ее впрыскивание позволяло поддерживать мощность двигателей на больших высотах. Баллоны с N2O помещали в заднем бомбоотсеке. Использование GM 1 позволило увеличить скорость самолета на 45 км/ч, а потолок на 1400 метров. На самолеты устанавливали радары FuG 217 Neptun R-l, которые сообщали о том, что самолет попал в сферу действия локатора самолета противника. Радиооборудование дополняло устройство опознания «свой- чужой» FuG 25, радиоальтиметр FuG 101 и УКВ-радиостанция FuG 16ZY.
Весной 1944 года выпустили небольшую серию самолетов Ju 88S-2. Как и самолет Ju 88A-15, новый бомбардировщик был оборудован расширенным бомбоотсеком, позволяющим принимать до 3000 кг бомб. Бомбодержатели ЕТС 1000, форсирующее устройство GM 1 и дополнительные топливные баки были сняты. Fla самолетах использовали двигатели BMW 801TJ с турбонаддувом. Оборонительное вооружение усилили двумя пулеметами MG 811, неподвижно укрепленными в хвостовой части бомбоотсека.
Это был последний вариант бомбардировщика, таких самолетов было построено совсем немного. Двигатели БМВ заменили на Jumo 213. Винты VS 111. Форсирующее устройство GM I и турбонаддув позволяли развивать мощность 1691 кВт/2300 л.с. и достичь максимальную скорость 621 км/ч.
Вместе с бомбардировщиками Ju 88В, немецкие конструкторы создали новый разведывательный самолет Ju 88Т.
