Ночью подошли к крейсеру русские баржи, которые и перевезли на берег всю команду. Сам крейсер «Новик» был затоплен недалеко от берега на глубине 28 футов.
Вскоре после окончания войны Андрею Петровичу Штеру предстояло освоить совершенно новое для себя дело, которое поручалось лишь самым лучшим офицерам: создавать боевые экипажи первых российских подводных лодок. С марта по май 1905 г. он был помощником командира подводной лодки «Дельфин» лейтенанта Г. С. Завойко, а потом стал поочередно командиром подводных лодок «Форель» и «Сом». В связи с началом Русско-японской войны, к концу лета 1905 г., с Балтики во Владивосток было транспортировано по железной дороге 13 подводных лодок.
Центральный государственный архив Военно-морского флота (ЦГА ВМФ, ф. ГМШ, 1906, ф. 28006, л. 177) хранит следующие сведения об этом периоде службы на подводном флоте Андрея Петровича Штера:
Подводная лодка «Сом» проявляла большую активность. За шесть месяцев боевых действий 1905 г. она имела 65 съемок с якоря, прошла под водой 1318 миль, удаляясь от Владивостока на 120 миль. Несмотря на свои пока еще низкие технические качества, первые подводные лодки России сыграли немалую роль морального фактора: само их наличие заставляло японцев держаться осторожно, сковывало их активность. Благодаря подводникам японскому флоту так и не удалось блокировать русский флот в бухтах Владивостока, несмотря на все свои победы.
В апреле 1906 г. по приказанию Морского министерства Андрей Петрович Штер вернулся в Петербург и принял под начало миноносец, состоявший в балтийской эскадре. Скоро этот боевой корабль стал образцовым.
В феврале 1907 года Андрей Петрович Штер возвращается во Владивосток, где в возрасте 29 неполных лет становится командиром контрминоносца «Скорый». На флоте было неспокойно. Раздувая недоверие младших чинов к офицерскому составу после поражения в Русско-японской войне, революционеры ведут антиправительственную агитацию и провоцируют беспорядки. Таковые и вспыхнули в феврале 1907 г. во Владивостоке. Мятеж перекинулся на некоторые боевые корабли. Пытаясь навести порядок среди возбужденных матросов, лейтенант Андрей Петрович Штер поплатился за это жизнью: был застрелен из револьвера 17 октября 1907 г. матросом — минным содержателем Яковом Пойловым.
В самом конце октября 1907 г. цинковый гроб с телом лейтенанта А. П. Штера прибыл в сопровождении моряков-дальневосточников на железнодорожную станцию Сухиничи из Владивостока. При гробе был венок от сослуживцев покойного и от команды крейсера «Новик», где стояла подпись бывшего командира Андрея Петровича Штера — капитана первого ранга Н. О. фон Эссена.
От родового имения Чебышёвых сельца Ададино, которое тогда находилось на территории Козельского уезда (ныне — Сухиничский район) до села Субботники, где был похоронен адмирал Пётр Афанасьевич Чебышёв, гроб с телом его внука, героя Русско-японской войны, несли на руках. Дед и внук нашли упокоение в одном склепе, в ограде храма во имя Чудотворца Николая, который, как известно, является покровителем всех моряков.
