13 апреля 1886 г. в возрасте 66 лет Пётр Афанасьевич был произведен в вице-адмиралы. Это был его последний чин. Он уезжает на родную калужскую землю, где находилось его родовое имение. В сельце Аладино он занимается хозяйством, его новое любимое дело — разведение яблоневых садов. Заслуги старого боевого флотоводца не были забыты государством: в 1890 г. в связи с 50-летием его службы на флоте Пётр Афанасьевич получает еще одну награду — орден святого Владимира.
Умер вице-адмирал Чебышёв 29 января 1891 г. в родном Аладино. Как гласит его послужной список, всей службы — 54 года, с прибавкой за военное время — 62 года. 9 апреля 1891 г. вдова вице-адмирала Юлия Григорьевна Чебышёва обратилась с прошением в Управление Морского министерства о назначении ей в связи со смертью мужа пособия и пенсии. Просьба была удовлетворена.
Славные боевые традиции семьи Чебышёвых продолжил внук Петра Афанасьевича, тоже морской офицер, герой Русско-японской войны, Андрей Петрович Штер (1878–1907). Прах его покоится в одной могиле с прахом деда на кладбище села Субботники Сухиничского района.
За свою недолгую жизнь он тоже сумел оставить своё имя в славной истории Военно-морского флота России. Послужной список лейтенанта Андрея Петровича Штера гласит:
После — служба на брандвахтенной лодке «Горностай» во Владивостоке, на пароходе-ледоколе «Надежный», транспортах «Тунгуз», «Ермак», «Алеут», канонерской лодке «Манджур», крейсерах «Князь Пожарский», «Джигит», «Россия». И, наконец, служба с декабря 1903 по август 1904 г. вахтенным начальником на крейсере 2-го ранга «Новик», где капитанами были последовательно Н. О. фон Эссен и М. Ф. фон Шульц.
23 января 1904 г. Япония объявила России войну. Весь годный для боевых действий флот Японии был объединен под начало опытного вице-адмирала Того Хейхачиро. Как известно, японский военный флот застиг нашу Тихоокеанскую эскадру врасплох. Она была разделена на две части. Меньшая часть эскадры осталась во Владивостоке, большая, состоявшая из 7 линейных кораблей, 5 лёгких крейсеров (среди них «Новик»), 5 канонерских лодок и 25 миноносцев, находилась на рейде Порт-Артура. Именно эта российская эскадра и была атакована ночью 24 января 1904 г. японскими миноносцами.
Прибытие в Порт-Артур адмирала С. О. Макарова, сменившего вице-адмирала О. В. Старка, было воспринято моряками-тихоокеанцами с радостью. В течение всего одного месяца (столько было отпущено адмиралу судьбой) было сделано немало для укрепления крепости Порт-Артура и эскадры. Но 31 марта 1904 г. флагман «Петропавловск», взорвавшись на минах, в считанные минуты затонул. Вместе с главнокомандующим флотом погибло около 600 человек офицеров и матросов. Стратега, равного адмиралу Макарову, найти было невозможно, но трагедия сплотила лучших морских офицеров эскадры.
Среди русских кораблей, отличавшихся своими высокими боевыми качествами, крейсер «Новик», на котором служил внук адмирала Чебышёва Андрей Петрович Штер, успешно отбивал атаки японских миноносцев и других кораблей противника, стремившихся «закупорить» русские корабли в заливе.
Именно капитан 2-го ранга Н. О. фон Эссен, командовавший с декабря 1902 г. по март 1904 г. крейсером «Новик», предлагал решительные действия для прорыва русской эскадры во Владивосток, но заменивший адмирала Макарова адмирал В. К. Витгефт проявил нерешительность, чем позволил японцам создать внушительное преимущество на море. Результатом стало поражение ослабленной Тихоокеанской флотилии у мыса Шантунг.
Пробившись сквозь огневые заслоны вражеских кораблей, крейсер «Новик» под командованием капитана 2-го ранга Шульца взял курс на Владивосток. Недостаток угля заставил его зайти в порт Корсаковский, где и произошло последнее сражение «Новика». Первый бой с японским крейсером «Цусима» был успешным. Японский корабль был настолько поврежден после артиллерийской дуэли, что с трудом ретировался. Но появившийся второй японский крейсер не давал шансов на победу, поскольку «Новик» тоже получил серьезные повреждения и вырабатывал последние запасы угля. В этом бою лейтенант А. П. Штер был ранен.
В своем рапорте капитан крейсера «Новик» М. Ф. фон Шульц давал следующие сведения:
