8 июня 1945 года Высший совет на своем заседании правильно оценил время и место возможной высадки американского десанта. Было принято решение готовиться к затяжным сражениям, бросить все силы на защиту прибрежных районов страны. Основу решающего сражения за Японию составляла стойкая оборона ключевых участков побережья, где располагались важные как в стратегическом, так и в экономическом отношении густонаселенные районы с широкой сетью железных и шоссейных дорог. Здесь же находились и главные японские авиабазы. Все это усложняло оборону островов.
В начале решающего сражения японское командование планировало нанести удары авиацией и малыми подводными лодками. При приближении американских транспортов с десантом на расстояние 300 километров к берегам Японии их ждали массированные атаки камикадзе с воздуха и лодок-малюток из-под воды. Только камикадзе, по оценкам императорского флота, своими ударами потопят от 30 до 50 процентов американского десантного флота. Если же транспорты противника все же достигнут берега, то их встретит огонь дальнобойной береговой артиллерии, установленной на скрытых позициях в прибрежных скалах.
Гористая, сильно пересеченная территория острова Кюсю как нельзя лучше подходила для организации обороны. Четырнадцать дивизий и пять бригад должны были удержать побережье острова любой ценой. Японское командование считало, что в целом условия для обороны Кюсю были значительно благоприятнее, чем при обороне Иводзимы или Окинавы.
Японская пехота испытывала большой недостаток противотанковых средств. Эта проблема решалась чисто по-японски — в каждой роте были созданы специальные группы истребителей танков. Они должны были предпринимать так называемые "близкие атаки", используя взрывные заряды, мины, различные варианты зажигательных смесей.
Поставив своей целью максимально затянуть войну и создать возможности для выхода из нее на основе формального или фактического компромисса, японское командование отдало войскам приказ заставить противника заплатить как можно дороже за каждый квадратный километр территории, отнятой у них. Даже на самых отдаленных островах — Маршалловых, Бугенвиле, Новой Гвинее, а также в центральной Бирме и на других территориях окруженные японские гарнизоны продолжали ожесточенное сопротивление. В Новой Гвинее, например, только 13 мая австралийские войска смогли овладеть гаванью Вейвек, но и после этой даты бои там продолжались.
Командование японского флота в 1945 году было вынуждено сконцентрировать свои усилия лишь на обороне островов собственно Японии. Понеся огромные потери, Императорский флот стал попросту не в состоянии достойно противостоять значительно более сильному и многочисленному флоту союзников. Более того, он не мог в короткие сроки восполнить потери в корабельном составе из-за блокады метрополии и нарастающих воздушных бомбардировок. Еще 11 января 1945 года японское военное руководство, проанализировав ситуацию, приняло решение использовать все остающиеся ресурсы для производства самоубийственного оружия. К концу этого месяца все предприятия и военные организации обязали направить свои усилия исключительно на обеспечение этим оружием экипажей военных кораблей и на организацию необходимых для этого работ. Вот почему военно-морское командование Японии основной упор сделало на массовом производстве специальных боевых средств, управляемых смертниками, — взрывающихся катеров, карликовых подводных лодок и человеко-торпед. Всего к концу 1945 года японское командование планировало создать 3,3 тысячи человеко-торпед и взрывающихся катеров.
Замысел главного морского штаба состоял в том, что рассредоточенные вдоль побережья, укрытые и замаскированные человеко-торпеды и катера по приказу свыше совершат самоубийственные атаки против американских кораблей, предпринимающих высадку десанта.
В марте ставкой был принят план под кодовым наименованием «Тэн», согласно которому все военно-воздушные силы армии и флота в пределах империи концентрировались в районе Восточно-Китайского моря: на островах Тайвань и Рюкю, в Восточном Китае и в Корее. Главными целями были определены транспорты с войсками противника. При этом упор делался на массовое использование камикадзе.
С конца мая по приказу ставки стали спешно создаваться новые авиационные самоубийственные подразделения для защиты собственно территории Японии. Были сформированы дополнительно 187 дневных и 43 ночных части. На острове Хонсю размещалась 1000 обычных самолетов и 1600 самолетов смертников. В Корее, Маньчжурии и Северном Китае дислоцировались 500 самолетов для камикадзе.