Мы в таком положении, что нам очень трудно оказать сопротивление. Нас ставят в такое положение, что мы должны сделать первый выстрел... Было бы очень легкомысленно ввергнуть нашу страну в военный конфликт. Мы должны сделать все, чтобы спокойно выйти из этого положения".
Примерно в таком же духе выступали и многие другие участники заседания. Президент и член Государственного совета В. Пяте, как бы подытоживая дискуссию, сказал: "Кажется, мы можем избрать лишь один путь. Надежды на помощь нет. Если начнется война, то погибнет все наше государство и вся наша интеллигенция. Мы погубим много народного богатства и множество людей"22.
Посол Эстонии в Москве А. Рей, также присутствовавший на заседании, сказал, что не следует воспринимать всю ситуацию столь трагически, в данной ситуации нет возможности выбора другого пути, иначе страну постигнет участь Польши. По его мнению, реальным противовесом России могли бы быть Польша и Германия и никто другой. Британская мощь сюда не дойдет. Не в состоянии этого сделать и Франция. Но теперь и Германия нейтрализована пактом с Россией. Он сослался также на слова Молотова о том, что в Эстонии сохранится парламент, правительство и т.п.
В итоге участники заседания высказались за принятие советских требований и просили министра иностранных дел продолжать бороться за улучшение условий договора23.
27 сентября в Москве возобновились советско-эстонские переговоры. Сразу же Молотов сослался на то, что в Лужской бухте замечены перископы двух подводных лодок, это еще более обостряет обстановку, и в таких условиях Москва увеличивает свое требование о праве разместить в Эстонии не 25 тыс., о чем шла речь ранее, а уже 35 тыс. человек.
Последовала трудная и долгая дискуссия по этому и другим вопросам и формулировкам. К переговорам присоединился Сталин. В его присутствии Сельтер назвал требование о размещении на территории Эстонии 35 тыс. человек "военной оккупацией". Сталин включился в дискуссию и сказал: "Ввод частей Красной Армии в Эстонию безусловно необходим. Заверяю Вас, что без этого заключение договора невозможно, и мы были бы вынуждены искать другие пути для укрепления безопасности Советского Союза"24. В конце дискуссии Сталин пошел на уступку, и число войск было уменьшено до 25 тыс.
Острой темой на переговорах стало и требование Москвы включить в число мест, где будут размещаться военные базы, столицу страны. После долгих споров Сталин согласился исключить Таллин (он был заменен на базу в Палдиски) и в качестве компромисса предложил упомянуть в протоколе таллинский порт, куда советские суда будут заходить для снабжения провиантом и топливом и для стоянки.
В итоге тексты Пакта о взаимопомощи и Конфиденциального протокола были согласованы и подписаны. Обращаясь к Сельтеру, Сталин сказал: "Соглашение достигнуто. Могу Вам сказать, что правительство Эстонии действовало мудро и на пользу эстонскому народу, заключив соглашение с Советским Союзом. С Вами могло бы получиться как с Польшей. Польша была великой державой. Где теперь Польша? Заверяю Вас откровенно, что Вы действовали хорошо и в интересах своего народа"25.
Отметим, что во время одного из перерывов на переговорах советские представители сделали так, чтобы, выходя из зала, эстонская делегация увидела Риббентропа, ожидающего встречи со Сталиным. Этим самым как бы еще раз было подчеркнуто, что эстонцам нечего ждать поддержки из Берлина.
В целом подписание Пакта и Конфиденциального протокола с Эстонией становилось для Москвы прецедентом, открывая путь к заключению аналогичных договоров с Латвией и Литвой. Пакт устанавливал за Советским Союзом право иметь на эстонских островах Сааремаа (Эзель), Хийумаа (Даго) и в г. Палдиски (Балтийский порт) базы военно-морского флота и несколько аэродромов для авиации на правах аренды. В целях охраны этих баз и аэродромов СССР получил право держать на этих базах гарнизоны в общей сложности до 25 тыс. человек наземных и воздушных вооруженных сил"26.
Первые же отклики на советско-эстонский пакт подтвердили соображения эстонской стороны о том, что, несмотря на беспокойство многих стран Запада, Эстонии неоткуда было ждать какой-либо помощи и поддержки.
Во время переговоров эстонский представитель по поручению директора политической полиции посетил Берлин, где ответственный германский деятель заявил, что "пребывание советских войск в Эстонии может рассматриваться как временное"27.