Важнейшее значение в изменении стратегической обстановки имела Крымская наступательная операции, решающую роль в которой сыграл 4-й Украинский фронт. С овладением Крымским полуостровом резко изменились условия действий Черноморского флота. Перебазировавшись в порты Крыма, он стал полностью контролировать Черноморский бассейн. Вражеский флот оказался прижатым к западному Черноморскому побережью, а его порты Констанца, Варна, Бургас подвержены воздействию советской авиации и подводных лодок. В силу этого балканский стратегический фланг врага стал весьма уязвимым как с суши, так и с моря.
Однако самые грандиозные изменения стратегической обстановки на южном крыле советско-германского фронта произошли в результате победы войск 2-го и 3-го Украинских фронтов, поддержанных Черноморским флотом и Азовской военной флотилией, в Ясско-Кишиневской операции. Полный разгром группы армий «Южная Украина» предопределил дальнейшие успехи войск фронтов. Войска 2-го и 3-го Украинских фронтов завершили прорыв стратегического фронта противника на протяжении 500 километров и продвинулись на глубину до 750 километров, глубоко охватив южный стратегический фланг противника. Из войны на стороне Германии были выведены Румыния и Болгария. Оба государства объявили гитлеровскому рейху войну, выставив против него свои вооруженные силы.
В результате Белградской операции немецко-фашистское командование было лишено возможности отводить свои войска из группы армий «Е» на север по удобным коммуникациям вдоль рек Южная Морава и Морава, чем были обеспечены благоприятные условия для действий армий левого крыла 2-го Украинского фронта на будапештском направлении. Важным результатом операции явилось установление тесного оперативного взаимодействия между Народно-освободительной армией Югославии и Красной Армией. Выход основных сил 3-го Украинского фронта на подступы к Будапешту и последовавшее вслед за этим наступление привели к окружению 188-тысячной группировки противника в венгерской столице. Отразив затем три мощных контрудара противника на внешнем фронте окружения, войска 3-го Украинского фронта обеспечили необходимые условия для уничтожения противника в Будапеште. Большое значение для изменения стратегической обстановки в пользу советских войск имели и последующие операции.
На заклюительном этапе Великой Отечественной войны Толбухину приходилось решать задачу по надежному обеспечению южного стратегического фланга советских войск. Выполнение этой непростой задачи достигалось прежде всего разгромом действовавших там вражеских войск. В одних случаях это выливалось в проведение отдельных операций, как это было при разгроме 17-й немецкой армии и освобождении Крыма, при захвате приморской части Болгарии, в ходе проведения Белградской, Будапештской, Венской и Грацко-Амштеттинской операций, в других – наступлением отдельных соединений, а также высадкой морских десантов. Так, в ходе Ясско-Кишиневской операции на крайнем левом фланге 3-го Украинского фронта действовала специально созданная группа генерала А.Н. Бахтина (две бригады морской пехоты, части укрепленного района, мотоциклетный полк и специальные подразделения общей численностью более 8 тысяч человек). При поддержке кораблей Черноморского флота и Дунайской флотилии группа форсировала 11-километровый Днестровский лиман, вышла к реке Когильник и совместно с основными силами 46-й армии окружила 3-ю румынскую армию.
При проведении наступательных операций на приморских направлениях обеспечение фланга достигалось также организацией и поддержанием тесного взаимодействия с Черноморским флотом и Дунайской военной флотилией. Это было особенно необходимо при организации противодесантной обороны побережья, например в Болгарии.
Своеобразно обеспечивался 3-м Украинским фронтом южный стратегический фланг при проведении Белградской и последующих операций. Дело в том, что южнее 57-й армии в 240-километровой полосе, вплоть до границы с Грецией, действовали 2, 1 и 4-я болгарские армии, находившиеся в оперативном подчинении командующего войсками 3-го Украинского фронта. В последующих операциях левый фланг советских войск граничил с Народно-освободительной армией Югославии, которая действовала самостоятельно. С ее войсками увязывалось оперативное, а иногда и тактическое взаимодействие. Толбухин внимательно следил за обстановкой в полосе союзной армии, с тем чтобы при необходимости оказать ей своевременную помощь и обезопасить от ударов свои войска. В целом же противник был напрочь лишен возможности использовать свой южный фланг для осуществления каких-либо серьезных угроз Красной Армии. Более того, южный стратегический фланг с лета 1943 года и до конца войны оставался сильнейшей «головной болью» для гитлеровского генералитета.