В ходе Гражданской войны, когда большевики брали под свой контроль все больше и больше территорий, генерал Краснов, до тех пор делавший все, что было в его силах для «спасения» России, в конце концов утратил надежду на скорое освобождение всей страны. Будучи прагматиком, он пришел к мысли, что, если не удается спасти целое, надо спасать хотя бы часть. С этой идеей Краснов прибыл в Новочеркасск, где 3 мая 1918 года Круг спасения Дона избрал его атаманом. П.Н. Краснов считал, что для восстановления законной власти в России на территории Всевеликого Войска Донского должно быть образовано самостоятельное государство со всеми необходимыми институтами власти. В качестве естественного союзника в сложившейся в то время исторической и геополитической ситуации он рассматривал Германию. Генерал даже говорил: «Без немцев Дону не освободиться от большевиков»[8]. Краснов выступал против единого командования Белыми армиями на Юге России, так как не верил в повсеместную победу Белого движения, но был уверен, что она возможна в отдельно взятых казачьих областях. Он согласился подчиниться Деникину лишь после капитуляции Германии в ноябре 1918 года, когда на Дон прибыли представители держав Антанты, поддерживавших концепцию единого белого командования, но и тогда продолжал настаивать на сохранении автономии Донской армии. В конечном итоге П.Н. Краснов был вынужден сложить с себя полномочия Донского атамана, и Большой Войсковой круг передал атаманскую власть генерал-лейтенанту А.П. Богаевскому. Однако идея генерала П.Н. Краснова о том, что спасение России надо начинать, прежде всего, с казачьих земель, которые, ко всему прочему, было бы желательно сделать в той или иной степени независимыми от центральной власти, звучали в программных заявлениях многих казачьих организаций, созданных в эмиграции после окончания Гражданской войны.
К концу 1917 года казачество как военно-служилое сословие было представлено 12 казачьими войсками: Донским, Кубанским, Терским, Астраханским, Уральским, Оренбургским, Семиреченским, Сибирским, Забайкальским, Амурским, Уссурийским. Существовало также небольшое количество красноярских и иркутских казаков, образовавших в 1917 году Енисейское казачье войско и Якутский казачий полк Министерства внутренних дел[9].
Казачье население насчитывало к этому времени около 4,5 млн. человек (2,4 % от всего населения страны). В боевом строю к 1917 году находилось около 300 тысяч казаков[10]. В 1918–1922 годах казачество принимало активное участие в кровопролитной братоубийственной Гражданской войне, в ходе которой в основной своей массе выступило на стороне Белого движения. Во многих казачьих областях возникали независимые казачьи правительства, действовали белые казачьи атаманы и организовывались никому не подчиняющиеся казачьи армии. По различным данным, в рядах Красной армии оказалось от 20 до 40 % казаков, а в рядах белых — не менее 60–80 %. Все это привело к тому, что, выступив силой, альтернативной Советам в дни Октябрьской революции и в годы Гражданской войны, казачество вызвало негативное отношение к себе не только со стороны большевиков и их лидеров, но и со стороны основной массы простого населения, по тем или иным причинам поддержавшего Советскую власть.
Повсеместно отношения между казачеством и местными жителями (Северный Кавказ, Урал, Сибирь, Дальний Восток) ухудшались.