В феврале 1993 года участвовал в работе Московской областной партийной организации в Ивантеевке, 1 мая того же года вместе с Крючковым и Янаевым — в первомайской демонстрации. Тогда Генеральная прокуратура даже обратилась в Верховный суд с просьбой изменить меру пресечения с подписки о невыезде на заключение под стражу. Пытались обвинить в том, что они «начали активно заниматься политической деятельностью, дестабилизируя обстановку в обществе… Последняя из демонстраций с их участием прошла в Москве 1 мая и закончилась массовыми беспорядками». Однако суд отклонил ходатайство прокуратуры.
23 февраля 1994 года постановлением Госдумы амнистирован в числе всех членов и сторонников ГКЧП, уголовное дело было прекращено.
На свободе стал заниматься политикой. В декабре 1993 года был избран депутатом Госдумы первого созыва по одномандатному округу от своей родной Смоленской области. Переизбран в 1995 и 1999 годах. Был членом и председателем думских комитетов.
В августе 1995 года на вопрос, могли ГКЧП победить, ответил: «В августе 1991 года вопрос о победе не ставился. Просто надо было предотвратить подписание Союзного договора. Товарищи, которые подписали известное обращение, рассчитывали на поддержку, но…»
В 1998 году ответил так:
— ГКЧП никогда не был ни переворотом, ни путчем. Все события длились 72 часа. Если это заговор, то где вы видели такой заговор, чтобы заговорщики поехали к тому, против кого заговор. Если это был путч, то должен был произойти слом всех структур. Здесь же осталось все: и правительство, и Верховный Совет…
Переворот — изменение социального строя. Где вы видели переворот в защиту строя, который есть?.. Это был отчаянный, очень плохо организованный шаг в защиту Союза, против его развала с помощью Союзного договора. Никаких сил в Москву практически не вводилось, никаких жертв не было, кроме трех человек, практически жертв автокатастрофы. Не было ни захвата радиостанций, ни захвата правительства. 21 августа свободно ко мне приехали Руцкой и Хасбулатов. Потом все поехали к Горбачеву договариваться…
О Горбачеве:
— Это типичный комсомольский деятель, который сам ничего не привык решать. Решать всегда должны были коммунисты или работники исполнительного аппарата… Я ни в коем случае не склонен думать, что он заранее что-то предугадывал в событиях. Ничего он не предугадывал. Тяжелейшая шинель власти в этой стране была не по его комсомольским плечам. Вот и все…
В 1994–2000 годах Лукьянов был членом Президиума ЦК КПРФ, с 2000 года — председатель Консультативного совета при ЦК КПРФ. Профессор юридического факультета МГУ им. Ломоносова.
Обвинялся в измене Родине в форме заговора с целью захвата власти в связи с событиями 19–21 августа 1991 года.
Проявил твердость духа и непоколебимость характера, хотя и не был членом ГКЧП. В его биографии было памятное событие — в 1945 году участвовал в Параде Победы, нес боевое знамя. Находясь в следственном изоляторе, узнал, что 31 августа освобожден от должности заместителя министра обороны и Главкома Сухопутных войск. Не выступал с покаянными письмами и заявлениями.
14 декабря 1992 года его освободили из СИЗО под подписку о невыезде. Отказался принять амнистию, объявленную Госдумой 23 февраля 1994 года, и потребовал, чтобы его судили. Варенников был единственным из 12 подсудимых по делу ГКЧП. 11 августа 1994 года суд оправдал его за отсутствием состава преступления по всем пунктам предъявленного ему обвинения.
В оправдательном приговоре Военной коллегии Верховного суда РФ было сказано: «Совершая инкриминированные ему действия, он не располагал достоверными данными, позволяющими считать, что происходящие события фактически противоречат воле Президента СССР — Главнокомандующего Вооруженными Силами государства. Мотивами и целью содеянного им были не корыстные побуждения или иная личная заинтересованность, а сохранение и укрепление своего государства, что соответствовало воле народа, высказанной на референдуме 17 марта 1991 г.»
Суд счел ошибочной квалификацию действий В. Варенникова в августе 1991 года как «измена Родине». «Умысла в нанесении ущерба суверенитету, территориальной неприкосновенности или государственной безопасности и обороноспособности» в действиях подсудимого суд не нашел. В приговоре отмечалось, что «Варенников руководствовался только интересами СССР».
Суд также пришел к выводу, что в действиях В. Варенникова не было состава должностного или другого преступления.
Невиновным признан он был и в том, что в результате ввода войск в Москву в августе 1991 года погибли три человека. Не усмотрен состав преступления и в телеграммах, которые Варенников направлял в адрес ГКЧП из Киева.
Анализируя показания Михаила Горбачева, суд сделал вывод, что «Горбачев, если и не одобрял, то и не возражал против того, чтобы спасти страну введением чрезвычайного положения».
Варенников потребовал, чтобы на процесс в качестве свидетеля вызвали Горбачева. И суд удовлетворил это ходатайство. Варенников задал ему вопрос:
