Он сильно переживал за коллектив КГБ. Мучился от того, что над людьми с Лубянки навис карающий меч. Уже в тот же день, 24 августа, узнав о назначении Бакатина председателем КГБ, обратился к нему с письмом в надежде, что под горячую руку не попадут невиновные люди.
«Уважаемый Вадим Викторович, — выводил он рукописные строчки, — обращаюсь к Вам как к Председателю Комитета госбезопасности СССР и через Вас, если сочтете возможным довести до сведения, к коллективу КГБ со словами глубокого раскаяния и безмерного переживания по поводу трагических августовских событий в нашей стране и той роли, которую я сыграл в этом. Какими бы намерениями ни руководствовались организаторы государственного переворота, они совершили преступление.
Разум и сердце с трудом воспринимают эту явь, и ощущение пребывания в каком-то кошмарном сне ни на минуту не покидает».
Отмечал, что в течение своей полувековой трудовой жизни отдавал себя полностью служению Отчизне. А теперь Комитет госбезопасности оказался в сложнейшей и тяжелой ситуации.
«Мне сказали, что в КГБ СССР была Коллегия, которая осудила попытку государственного переворота и мои действия как председателя КГБ. Какой бы острой ни была оценка моей деятельности, я полностью принимаю ее». Просил не оценивать всю свою жизнь только по августу 1991 года.
На другой день, 25 августа, обратился с письмом к Горбачеву. Объяснял, что забота у ГКЧП была одна — как-то помочь стране. «Что касается Вас, то никто не мыслил разрыва с Вами, надеялись найти основу сотрудничества и работы с Б.Н. Ельциным. Кстати, в отношении Б.Н. Ельцина и членов российского руководства никаких акций не проводилось. Это было исключено.
В случае необходимости полагали провести временное задержание минимального числа лиц — до 20 человек. Но к этому не прибегли, считали, что не было нужды».
С учетом своего положения заключенного, на встречу он питал слабую надежду. Но на всякий случай просил подумать о встрече и разговоре с личным представителем Горбачева.
Увы, ни на одно обращение ответа не было.
26 августа его перевели из г. Кашина в следственный изолятор «Матросская Тишина». В камере было двое.
«Я представился, — рассказывал Крючков. — Удивлению их, казалось, не было предела. По-моему, на какое-то время они лишились дара речи. Переспросили. Я еще раз повторил. Предложили согреть воды, достали сухари, сахар, конфеты, помогли освоить немудреное камерное хозяйство. Попросили разрешения закурить, кратко объяснили порядки. Рассказали, что пару дней назад в камере было шесть человек. Срочно отделили четверых, оставив только двоих».
Свои тюремные ощущения вспоминал как тяжелый, навязчивый сон. «Постоянная тревога за родных, чувство горькой вины перед сослуживцами, да и вообще перед народом за то, что не получилось так, как хотелось, ради чего рисковал. Но, пожалуй, самое гнетущее — это смерть людей, с которыми очень многое связывало, которых хорошо знал и глубоко уважал». Крючков имел в виду главу МВД Пуго, маршала Ахромеева. О тюремных буднях: «Радиоточка да одна-две газеты — вот и весь источник информации. Узнать можно многое, однако объем информации — голодный паек по сравнению с тем, что несколько дней назад было в моем распоряжении. Счет ведется на недели, от бани до бани. Тюремные радости — лишняя газета, хороший матрац, второе одеяло, чудом полученная весточка от родных и друзей. Вот, пожалуй, и все. Иногда даже не знаешь, то ли радоваться им, то ли печалиться».
Первый раз обвинение ему было предъявлено 31 августа 1991 года. Постановление за подписью заместителя Генерального прокурора РСФСР Е. Лисова. Статья 64, пункт «а» УК РСФСР — измена Родине.
Второй раз обвинение предъявили 13 декабря того же года.
Крючкова и всех проходивших по делу ГКЧП уведомили, что Генпрокуратура России приняла решение о прекращении уголовного дела по факту измены Родине — по статье 64, пункт «а». Основание — отсутствие состава преступления, которое подпадало бы под статью об измене Родине. Теперь им инкриминировался заговор с целью захвата власти. Статья оставалась прежняя — 64-я, но обвинение было другое.
На допросе 17 декабря 1991 года показал: «Поступали сведения о глубоко настораживающих задумках в отношении нашей страны. Так, по некоторым из них, население Советского Союза якобы чрезмерно велико, и его следовало бы разными путями сократить. Речь не шла о каких-то нецивилизованных методах. Даже производились соответствующие расчеты. По этим расчетам, население нашей страны было бы целесообразно сократить до 100–150 млн человек. Определялся срок — в течение 25–30 лет. Территория нашей страны, ее недра и другие богатства в рамках общечеловеческих ценностей должны стать достоянием определенных частей мира. То есть мы должны как бы поделиться этими общечеловеческими ценностями.
Докладывалось ли все это высшему руководству страны? Регулярно!»