И не случайно идейный замысел романа он отражает в оформленной им самим обложке. По диагонали ее пересекает заглавие, напечатанное прямо на тексте посвящения родителям: «Когда я писал эту книгу, я постоянно думал о вас, внушивших мне первые чувства и первые идеи; вам я посвящаю этот труд моей молодости как доказательство любви. Берлин, 21 февраля, 1887». Вверху изображено все лучшее, что есть на Филиппинах: женский силуэт (верность и нежность), надгробный крест (вера), увитый лавром (слава), цветок помело (символ чистоты — на Филиппинах его дают жениху и невесте при венчании), подсолнух, тянущийся к солнцу (молодежь, тянущаяся к знаниям), и бамбук (стойкость). Внизу все худшее: едва прикрытые сутаной волосатые ноги в монашеских сандалиях, шлем гражданского гвардейца, плеть и наручники. Символика заимствована Рисалем частично из филиппинских народных верований, частично из христианства, частично из масонства — тайной всемирной организации, возникшей в XVIII веке, которую в XIX веке в своих целях использовала буржуазия.
Содержание романа таково. Герой, Хуан Крисостомо Ибарра, после семилетней учебы в Европе возвращается на Филиппины и появляется в доме Сантьяго де лос Сантоса, местного богача, в образе которого Рисаль — впервые в филиппинской литературе — вывел продажного дельца.
Его дочь Мария Клара — нареченная невеста Ибарры. За год до описываемых событий его отец умер в тюрьме, куда был брошен из-за происков местного священника (явная аллюзия с биографией самого Рисаля — его мать тоже томилась в тюрьме) францисканца Дамасо. Ибарра отправляется в родной город Сан-Диего, в котором легко узнается Каламба, родной город Рисаля. Туда же приезжает Мария Клара с подругами. Местный священник отец Сальви тайно влюблен в Марию Клару. Молодые люди с друзьями отправляются на прогулку по озеру. Их таинственный рулевой, который оказывается разыскиваемым разбойником, вступает в схватку с кайманом (крокодилом), и Ибарра спасает его.
В Сан-Диего живет мудрый философ Тасио, подвергающий сомнению католическое вероучение. Свои мысли он записывает иероглифами и объясняет это так: «Я пишу не для своего поколения, а для людей будущих времен. Если бы мои современники смогли бы прочитать эти записи, они сожгли бы мои книги, труд всей моей жизни, но те люди, которые сумеют расшифровать эти знаки, будут принадлежать к иному поколению, они поймут меня и скажут: «Не все наши предки спали той темной ночью».
Ибарра делится с Тасио своими планами построить школу (проявление чрезмерной веры Рисаля в силу образования), и тот советует ему пойти на поклон к местным властям, прежде всего к священнику. Ибарра, однако, не считает, что все зависит от церкви, и выражает надежду на помощь правительства. Но Тасио предупреждает: «Настанет день, и вы это увидите, вы услышите народ, и тогда горе тем, кто обретает силу благодаря невежеству и фанатизму простого народа! Горе тем, кто наживается на обмане и творит темные дела под покровом ночи, полагая, что все спят! Когда же настанет день и чудовища тьмы предстанут в обнаженном виде, произойдет нечто страшное! Сколько подавленных вздохов, сколько яда, собиравшегося по капле, сколько сдерживаемых веками сил вырвется наружу! Кто оплатит тогда счета, что народы время от времени предъявляют, а история хранит для нас на своих окровавленных страницах?» Отметим, что народное восстание для Рисаля, типичного илюстрадо, «нечто страшное».
Здесь в повествование вставлена мелодраматическая история бедной женщины Сисы и ее сыновей, Криспина и Басилио, отданных в служки в церковь. Их обвиняют в краже приходских денег, младшего насмерть избивает монах. Басилио же убегает домой под градом жандармских пуль. Жандармы приходят за Сисой и с позором препровождают ее в узилище (опять перекличка с биографией Рисаля — так вели его мать). После унижений бедную женщину отпускают, она возвращается домой и, не найдя сыновей, сходит с ума.
Мария Клара заболевает. Элиас отправляется к разбойнику (тулисану) Пабло, мстящему за несчастье, обрушенное на его семью отцом Дамасо. Пабло собирается предать город огню, Элиас отговаривает, ссылаясь на то» что пострадают невинные люди, и предлагает добиваться правды законным путем, действуя через Ибарру. Ибарра встречается с Элиасом по просьбе последнего. Элиас предлагает ему возглавить всех обиженных и обездоленных, потребовать радикальных реформ. Ибарра отказывается, отказывается он и выступить против монашеских орденов. «Разве Филиппины забыли, чем они обязаны монашеским орденам? Разве забыли, что должны быть вечно благодарны тем, кто вывел их из тьмы заблуждений и дал веру?.. Элиас возражает: «И вы называете верой эти показные обряды; религией — эту торговлю четками и ладанками; истиной — эти сказки, которые мы слышим каждый день?»
