По результатам загранкомандировок ему было присвоено специальное звание лейтенанта государственной безопасности (соответствовало воинскому званию капитана). В конце 1938 года без объяснения причин был уволен из органов. Поступил на работу во Всесоюзную торговую палату. Позже перешел на авиапромышленный завод, где работал до начала Великой Отечественной войны.
В сентябре 1941 года вернулся в НКВД, был зачислен во вновь созданное подразделение, занимавшееся организацией боевых разведывательно-диверсионных групп и партизанских отрядов в тылу врага. В этот период сблизился с товарищем по работе Рудольфом Ивановичем Абелем.
После войны становится сотрудником внешней разведки органов госбезопасности и зачисляется в ее нелегальное подразделение.
В октябре 1948 года под оперативным псевдонимом «Марк» направлен в США в спецкомандировку, которой суждено было продлиться 14 лет.
Так в Нью-Йорке появился свободный художник и фотограф Эмиль Роберт Голдфус, гражданин США, родившийся в семье немца-маляра и прибывший с Запада Америки в поисках лучшей жизни.
Условия конспирации до сих пор не позволяют раскрыть многие операции, в которых участвовал «Марк», однако уже в августе 1949 года за конкретные результаты он был награжден орденом Красного Знамени.
В 1952 году Центр направил ему в помощь радиста Р. Хейханена (оперативный псевдоним «Вик»), оказавшегося человеком слабым и психологически неустойчивым. В 1956 году «Марк» поставил перед Центром вопрос о его отзыве. Приказ о возвращении в СССР «Вик» воспринял болезненно и пошел на предательство. 21 июня 1957 года «Марк» был арестован ФБР.
Почему арестованный в США Вильям Генрихович Фишер назвался Рудольфом Ивановичем Абелем? Сейчас, по прошествии времени, можно с уверенностью сказать, что советский разведчик-нелегал давал понять Центру, что в тюрьме оказался именно он. Во внешней разведке довольно быстро разобрались что к чему.
После объявления приговора «Марк» сначала находился в одиночной камере следственной тюрьмы в Нью-Йорке, а затем был переведен в федеральную исправительную тюрьму в Атланте.
10 февраля 1962 года на мосту Глинике, через который проходила граница между Западным Берлином и ГДР, был произведен обмен «Рудольфа Ивановича Абеля на осужденного в Советском Союзе американского летчика Френсиса Гарри Пауэрса», совершившего 1 мая 1960 года разведывательный полет над советской территорией.
После лечения и отдыха Вильям Генрихович вернулся к работе в центральном аппарате внешней разведки.
Заслуги почетного сотрудника госбезопасности полковника Фишера были отмечены орденом Ленина, тремя орденами Красного Знамени, двумя орденами Трудового Красного Знамени, орденами Отечественной войны I степени, Красной Звезды и многими медалями. Но до конца своих дней сотрудник внешней разведки оставался для домашних и сослуживцев Вильямом Фишером, а для всех остальных — Рудольфом Абелем. Легенде было уготовано оставаться легендой, а тайне — тайной.
15 ноября 1971 года Вильяма Генриховича Фишера не стало.
18 декабря 2014 года на доме 8 по улице Молодогвардейской в Самаре была открыта мемориальная доска, посвященная легендарному советскому разведчику. В этом доме Вильям Фишер жил в 1941–1942 годах, работая в куйбышевской разведшколе 4-го управления НКВД СССР.
