Ранним утром внезапно адмирал услышал со стороны Генуи сильную пальбу. Встревоженный, он послал узнать их причину. Доклад вернувшихся лазутчиков был неутешителен: французы, извещенные об его приходе, решили бежать, пожертвовав для этого двумя оставленными в гавани галерами. Эти отданные «на заклание» галеры и палили во всю мочь, прикрывая пальбой шум весел уходящего французского флота. Вместе с собой Барбесбью увел и все находившиеся в гавани генуэзские купеческие суда. Это был серьезный удар не только по экономическим интересам Генуи, но и по личному престижу адмирала. Ведь он упустил противника прямо с порога своего дома, да еще позволил ему вывезти из него все, что тот только пожелал. «Дориа жалел, что не знал об этом прежде, — пишет биограф адмирала. — Он не сомневался, что если бы напал на французский флот во время его замешательства, то взял бы его весь. Как уже прошло довольное время, как французы ушли, то Дориа и не рассудил за ними гнаться и жертвовать неизвестностью погони, верному освобождению своего отечества, которое было его единственным предметом».
Тем временем к Дориа на галеру прибыли депутаты республиканского сената. Требования депутатов были просты: Дориа не рекомендовалось заходить в порт, ибо в таком случае французы запрутся в цитадели и будут сражаться до конца, подвергнув город разрушениям и грабежу. Во-вторых, адмиралу, во имя спокойствия республики, предлагалось попросить прощения у французского короля и не поднимать более вопроса о порте в Савонне. Выслушав депутатов, Андре Дориа сразу заподозрил неладное. Проводив их, он немедленно послал в Геную своих лазутчиков, которые уже через несколько дней вернулись и доложили адмиралу суть событий, происходящих в городе. А смысл происходящего сводился к тому, что ненавистный Дориа лидер профранцузской партии Тривульс принудил сенат послать к Дориа депутатов, чтобы обмануть адмирала и тем самым выиграть время, необходимое для прихода французской армии, расположившейся лагерем на реке Тесине. Взбешенный этим известием, Дориа немедленно собрал своих офицеров:
— Поспешим на помощь нашему отечеству! Время дорого сейчас как никогда! Если потребуется, прольем за родную Геную последнюю каплю своей крови!
Дядюшку поддержал стоявший тут же верный племянник Филипп:
— Смело пойдем, друзья! Наше дело правое, и Бог нам помощник!
Дориа немедленно разделил свой флот на три отряда. Подойдя к окрестностям Генуи с трех сторон, отряды высадили десант. Наступление на город началось одновременно. Сборным местом всех отрядов адмирал назначил центральную площадь Замка. Все произошло столь быстро, что никакого сопротивления нигде не было встречено. А располагавшиеся в центре города полсотни швейцарских наемников сдались адмиралу без всякого сопротивления. Однако всех поразило иное — город выглядел абсолютно безлюдным, словно вымершим. Улицы Генуи были непривычно пустынны, ставни окон наглухо заперты, а на площадях горели чадные костры — вестники беды. От плененных швейцарцев Дориа узнал, что по Генуе во всю гуляет чума, занесенная из-под Неаполя, а к самому городу сейчас спешат посланные Парижем свежие войска, с наказом короля Франциска жестоко покарать отступника-адмирала.
Некоторое время Дориа, отбросив в сторону все иные дела, занимался борьбой с заразой, устраивал карантины, укреплял городские стены, собирал ополчение.
В истории Генуи этот факт отмечен следующим образом: «Дориа полюбопытствовал взглянуть на свой дом и нашел в нем только одну старуху. Чума, опустошая весь город, с некоторого времени принудила почти всех жителей удалиться по деревням. Он велел звонить в большой колокол, чтоб собрать оставшихся граждан в городе и с ними посоветоваться о том, что должно предпринять в таких тесных обстоятельствах, но он сам не смел войти в башню, куда снесли проветрить все тюфяки и имущество умерших от чумы. Тогда Дориа пошел на площадь и сказал им: „Любезные граждане, мои желания исполнятся, когда увижу между вами согласие, тогда можете не страшиться чужеземного ига. Любовь к отечеству заставит умолкнуть честолюбие, и ни один из вас не станет домогаться верховной власти, прекратится в Генуе несогласие, которое, ослабляя государство, увеличивает силу его неприятелей, тогда граждане не станут презирать одни других, своих соотчичей и возбуждать справедливый гнев этих последних“. Слушавшие его были убеждены, что Дориа руководствует не частная выгода, но одна польза отечества и они обещались следовать его советам, которые даже станут почитать законом. Они переменили тотчас правителей, избрали двенадцать человек из главнейших граждан для наблюдения над управлением республикою и поклялись забыть прежние свои раздоры… Набрали воинов из окрестных деревень, вооружили всех граждан, которые в силах были носить оружие, и избрали Филиппа Дориа губернатором города от республики».
