По мере того как Государственный Комитет Обороны и Народный комиссариат обороны принялись за реорганизацию войсковой структуры Красной армии в боевых условиях, ГКО также взялся за централизацию тылового обеспечения Красной армии с целью улучшить обеспечение продовольствием, боеприпасами, оружием и прочим оборудованием. При этом все тыловые, железнодорожные и дорожные коммуникации, транспортные и медицинские службы передавались под контроль недавно учрежденного Главного управления тыла РККА, начальником которого был назначен генерал-лейтенант интендантской службы А.В. Хрулев. Такая реорганизация освободила Генеральный штаб от обязанностей, связанных с обеспечением тыловых функций, которые он в любом случае не смог бы эффективно выполнять27. В состав Главного управления тыла вошли штаб начальника тыла, Управление военных сообщений, Автодорожное управление Красной армии, Инспекция начальника тыла, а также Главное интендантское управление, Управление снабжения горючим, Санитарное управление и Ветеринарное управление. В руках соответствующих руководителей армейских подразделений и их управлений остались лишь поставка боевого и технического оборудования. Во время этой реорганизации Сталин также назначил Хрулева одним из 16 заместителей наркома обороны. Последующие указы ГКО, от 31 июля и 1 августа соответственно, расширили эту реформу на действующие войска, в которых были учреждены должности заместителей командиров по тылу, и связали между собой управления и отделы на фронтовом и армейском уровне. При этом вся реорганизация должна была осуществиться в течение 48 часов28.
Вводя эти изменения, в дополнение к своей склонности делить ответственность среди подчиненных, Сталин также полагал, что эффективное ведение боя требует жесточайших мер по обеспечению войск, осуществляемых диктаторскими методами как на фронтах, так и в тыловых районах. Поскольку тыловые службы Красной армии проявили себя крайне плохо и оказались совершенно неэффективными перед лицом немецкого вторжения, требовались огромные и порой безжалостные усилия, чтобы наладить их бесперебойную работу. Хотя Сталин и его ключевые командно-административные органы положили в этом направлении неплохой задел в июле и августе 1941 г., результаты этих реформ начали приносить свои плоды намного позже.
Вместе с его катастрофическими поражениями на фронтах и огромными территориальными потерями, ошеломляющие потери Красной армии в личном составе и боевой технике не могли не сказаться на снижении морального духа ее солдат. «Проявления дезорганизации, беспорядка и потеря бдительности» требовали строгих мер для усиления политической преданности, боевого духа и дисциплины в рядах советских Вооруженных сил29. Сталин использовал и военную субординацию, и партийную структуру в Вооруженных силах, чтобы восстановить контроль, дисциплину и боевой дух, при необходимости применяя силу и карательные меры. Например, 14 июля Ставка выпустила директиву, согласно которой потеря солдатом оружия в бою приравнивалась к преступлению, равному измене Родине и караемому смертью. При этом даже раненые должны были забирать с собой оружие во время их эвакуации с поля боя30.
Чтобы еще более ужесточить политический контроль, по предписанию Центрального комитета партии Лев Мехлис, недавно назначенный руководитель Главного политического управления Красной армии (ГПУ), выпустил два указа. Согласно первому из них политические комиссары должны были на личном примере усилить политическую работу и активно помогать в укреплении дисциплины личного состава. Частям, отрезанным от своих войск или окруженным, оказавшимся в тылу немецких войск, предписывалось продолжать борьбу в качестве вспомогательных подразделений РККА и активно разрушать организацию тыла противника. Второй указ требовал, чтобы в тяжелых и кризисных ситуациях члены коммунистической партии и комсомольцы служили вдохновляющей, цементирующей и организующей силой армии31.
Фактически, поскольку Сталин больше не верил в то, что Вооруженные силы способны эффективно выполнять поставленные задачи, 17 июля он отменил единоначалие в армии и повторно учредил должности политических комиссаров. Отныне эти комиссары считались «представителями партии и правительства», и на них, как и на военачальника, возлагалась полная ответственность за действия подразделения в бою и его «решимость сражаться до последней капли крови с врагами нашей Родины». Комиссарам было поручено безжалостно бороться с «трусами, паникерами и дезертирами»32. Через три дня Сталин официально вступил в должность комиссара обороны, а 7 августа – в должность Верховного главнокомандующего. Таким образом, в час наиболее серьезной опасности Сталин стал верховным лидером, вождем страны в Великой Отечественной войне.
