Советская сторона предложила немедленно подписать соглашение о том, что 28 июня «советские войска должны занять определенные пункты» и за три-четыре дня всю остальную территорию. Румыния должна гарантировать сохранность предприятий, железных дорог, аэродромов, телеграфа и телефона, государственного и частного имущества, а позднее «советско-румынская комиссия сможет договориться о деталях реализации намеченных соглашений».
Давидеску отказался подписать соглашение, сославшись на отсутствие у него необходимых полномочий. Тогда ему была передана новая советская нота, в которой отмечалась уклончивость ответа румынского правительства, «ибо в нем не сказано прямо, что оно принимает предложение Советского Союза о немедленной передаче Советскому Союзу Бессарабии и северной части Буковинй». Однако, принимая во внимание разъяснения румынского посланника в Москве, советское правительство предложило:
«1. В течение 4 дней, начиная с 2 часов дня по московскому времени 28 июня, очистить румынским войскам территорию Бессарабии и северной части Буковины.
2. Советским войскам за этот же период занять территорию Бессарабии и северной части Буковины.
3. В течение 28 июня советским войскам занять пункты: Черновицы, Кишинев, Аккерман.
4. Королевскому правительству Румынии взять на себя ответственность за сохранность и недопущение порчи железных дорог, паровозного и вагонного парка, мостов, складов, аэродромов, промышленных предприятий, электростанций, телеграфа.
5. Назначить комиссию из представителей сторон для урегулирования спорных вопросов по эвакуации румынских войск и учреждений». Ответ должен был поступить в Москву не позднее полудня 28 июня.
В Бухаресте продолжали обсуждение сложившейся обстановки, не исключая вероятности оказания сопротивления. Однако поздно вечером 27 июня, реально оценив свои возможности и опасаясь социальных потрясений в случае войны с СССР, Коронный совет 27 голосами против 11 решил согласиться на уступку требуемых Москвой территорий. Как позднее заявил в парламенте Татареску: «Мы решили отступить из Бессарабии и Верхней Буковины, чтобы спасти сегодня румынское государство и уберечь от опасности будущее румынской нации».
В 11 часов 28 июня румынское правительство заявило, что, стремясь «избежать серьезных последствий, которые повлекли бы применение силы и открытие военных действий в этой части Европы, видит себя обязанным принять условия эвакуации, предусмотренные в советском ответе». Румынская армия получила приказ организованно отойти к новой границе согласно плану «Тудор», не оказывая сопротивления Красной Армии, и организовать оборону по реке Прут. Войскам предписывалось эвакуировать вооружение, технику и сугубо военное имущество и оборудование. Офицеры и служащие имели право взять с собой лишь самые необходимые личные вещи. Например, мебель увозить запрещалось. Категорически запрещалось уничтожение складов, аэродромов, заводов, электростанций, средств связи, железнодорожного подвижного состава. При этом Румыния просила продлить срок исхода, «принимая во внимание, что эвакуацию территории было бы крайне трудно осуществить в течение четырех дней вследствие дождей и наводнений, которые попортили пути сообщения». Москва изъявила желание не откладывать дело в долгий ящик и начать восстановление исторической справедливости в 14 часов того же дня. Сторонами были оговорены последовательность занятия важнейших городов Бессарабии и Северной Буковины, а также дистанция между румынским арьергардом и советским авангардом в пять-десять километров. Новую границу договорились закрыть в 14 часов 3 июля.
Поскольку дело решилось «полюбовно», войска Южного фронта получили приказ осуществить операцию по второму варианту. В Бессарабию и Северную Буковину вводилась лишь часть сосредоточенных войск. От 12-й армии — 4-й кавалерийский корпус с 23-й танковой бригадой и 2-й кавкорпус с 5-й танковой бригадой, 60-я, 58-я, 131-я стрелковые и 192-я горнострелковая дивизии. От 5-й армии — 36-я, 49-я танковые бригады, 80-я, 169-я стрелковые дивизии. От 9-й армии — 5-й кавкорпус, 4-я танковая бригада, 15-я мотострелковая, 95-я, 25-я, 74-я, 140-я стрелковые дивизии. Кроме того, предусматривалось использование 201-й и 204-й воздушно-десантных бригад фронтового подчинения. Все остальные войска оставались на старой границе в полной боевой готовности.
28 июня войска получили указание Политуправления РККА, которое требовало разъяснить всему личному составу, что «благодаря мудрой сталинской внешней политике мы избавили от кровопролитной войны трудящихся Бессарабии и Северной Буковины и решили вопрос о возвращении Бессарабии в могучую семью Советского Союза мирным путем». Войскам приказывалось сохранять бдительность и вести активную политработу среди местного населения.
В 14 часов танковые и кавалерийские части Южного фронта хлынули через границу и в тот же день заняли Черновицы, Хотин, Бельцы, Кишинев и Аккерман.
