В целом занятие Бессарабии и Северной Буковины прошло спокойно. Деморализованные румынские солдаты отступали, не оказывая сопротивления. Имевшие место столкновения были, как правило, следствием «энтузиазма» советских командиров, не обращавших внимания на мелочи вроде соблюдения условий соглашения с румынской стороной. И то сказать, румын Красная Армия не боялась, не то что немцев. 28 июня при продвижении 15-й стрелковой дивизии за Кишинев румынской стороной был обстрелян передовой батальон, в получасовой перестрелке погибли два бойца. 29 июня 138-й противотанковый дивизион 58-й стрелковой дивизии в районе станции Рогозка встретил вооруженное сопротивление румынской конной группы из 20–30 человек. В результате подучасовой перестрелки был ранен красноармеец. Румынские солдаты разбежались, потеряв, по донесению командира дивизии, двух человек убитыми. При попытке головной заставы той же дивизии подойти к приштинским высотам, передовой батальон 321-го мотополка был обстрелян румынским пулеметом; погибли 6 бойцов и 8 было ранено. По донесению командира дивйзии, ответным огнем были уничтожены 12 румынских солдат и 16 человек было ранено. Расследуя произошедший инцидент, командир 14-го румынского стрелкового корпуса генерал Д. Карлаонец заявил, что «советские солдаты, не соблюдая оговоренных правил, опережают румынские колонны, в которых возникают волнения и беспорядки». Он указал, что «румынским солдатам отданы приказы открывать огонь по советским бойцам, если они будут и дальше неотступно следовать за румынскими колоннами». 29 июня у поселка Сергиены на пути продвижения батальона 60-й стрелковой дивизии румынской стороной была устроена засада, из которой были убиты 2 советских солдата. 30 июня передовой батальон 58-й стрелковой дивизии натолкнулся на конный румынский разъезд из 30–40 человек, который оказал сопротивление. Согласно донесению командира дивизии, во время Непродолжительной перестрелки румынская сторона потеряла двух солдат. В тот же день в районе Кориешти части 15-й стрелковой дивизии были обстреляны из засады. В результате погибли 4 красноармейца и 6 были ранены. С румынской стороны потери, как указано в донесении, составили 8 человек убитыми.
30 июня румынская сторона обратилась с протестом по поводу инцидента, произошедшего в деревне Дорохове, недалеко от новой границы. В заявлении указывалось, что «советские солдаты, придя в тамошнюю деревню, застрелили румынского офицера и нескольких солдат, а затем углубились дальше установленной демаркационной линии». В той же телеграмме румынское руководство» ссылаясь на незаконные действия советской стороны, связанные с появлением танкового десанта на прутской переправе, выдвинуло протест по поводу события, произошедшего у города Кетрушина. Здесь советский танковый батальон 46-й танковой бригады полковника М.Е. Катукова атаковал румынскую кавалерийскую бригаду в момент, когда командир последней договаривался о переправе на левый берег реки Прут.
Румынское правительство потребовало, чтобы советское руководство приняло «срочные меры, для того чтобы успокоить советских военачальников». «Мы не находимся в состоянии войны, а осуществляем мирную эвакуацию, следовательно, — указывалось в телеграмме, — военные действия, убийства и разоружения румынских солдат являются в сложившейся ситуации совершенно недопустимыми». Москва выдвигала встречные претензии, указывая, что «подобные обращения в дальнейшем она будет считать попыткой запугать советскую сторону».
Вооруженные инциденты продолжались. 30 июня румынской засадой была обстреляна колонна 25-й стрелковой дивизии, погиб один красноармеец. Во избежание дальнейших «провокаций» солдаты дивизии разоружили в соседней деревне батальон 37-й румынской пехотной бригады. Вечером батальон 321-го мотополка, посланный для обеспечения переправы, был дважды обстрелян с левого прутского берега. В ту же ночь команда телеграфистов 53-го отдельного батальона связи подверглась обстрелу в районе юго-западнее Тырлица. В начале перестрелки был убит боец, четверо оставшихся, по донесению командира 131-й стрелковой дивизии, в течение трех часов отражали нападение румын. На следующий день недалеко от переправы была обстреляна колонна машин 321-го мотополка. 2 июля румынский пулеметчик обстрелял батальон 74-й стрелковой дивизии; погибли 3 бойца. Командование отмечало в донесениях и происшествия иного рода. Из-за отсутствия контакта с соседними дивизиями 14-й мехполк на перекрестке дорог наскочил на разведывательный дивизион 131-й стрелковой дивизии, не разобравшись в обстановке, солдаты дивизии открыли огонь. В результате 4 красноармейца дивизиона получили тяжелые ранения. В другом случае передовые батальоны 15-й моторизованной дивизии перепутали маршрут и врезались в колонны соседней 140-й стрелковой дивизии, получасовая перестрелка закончилась гибелью солдата. В третьем случае кавалерийский разъезд 44-й кавалерийской дивизии по недоразумению был обстрелян батальоном 4-й танковой бригады.
