В это же время впервые на Дальний Восток по Северному морскому пути проводилась подводная лодка. 14 марта 1940 года нарком Военно-Морского флота Н.Г. Кузнецов подал В.М. Молотову рапорт: «Возможность использования кораблей Северного флота кака резерва Тихоокеанского флота с переводом их по Северному морскому пути требует производства перевода в 1940 году в целях накопления опыта одной подводной лодки типа «Щ» из состава Северного флота на Тихий океан».
20 мая 1940 года постановлением Комитета Обороны СССР было принято решение о переводе одной подводной лодки с Северного флота на Тихий океан. В связи с этим началась подготовка «Щ-423» (в документах – «судно «Баржа») к переходу. Корпус лодки усилили деревянно-металлической обшивкой, бронзовые винты заменили на стальные со сменными укороченными лопастями, сняли носовые горизонтальные рули, сделали съемными кормовые, провели некоторые другие конструктивные изменения. 22-24 июля в Мотовском заливе (Кольский полуостров) провели испытания всех механизмов и устройств лодки.
5 августа 1940 года «Щ-423» под командованием опытного подводника капитана 3 ранга И.М. Зайдулина вышла из базы подводных лодок в Полярном и отравилась в путь. По данным ледовой разведки, в юго-западной части Карского моря был сплошной лед, поэтому лодка пошла через пролив Маточкин Шар, где встретилась с ледоколом «Ленин» и транспортом «А. Серов». Вместе они образовали 10-ю экспедицию особого назначения (ЭОН-10). Здесь же с помощью ремонтной бригады транспорта с лодки сняли кормовые горизонтальные рули.
12 августа в Карском море ледовая обстановка усложнилась, часто приходилось даже приостанавливать движение. По прибытии на Диксон был проведен водолазный осмотр судов экспедиции. На «Щ-423» не было особых замечаний, а вот у «А. Серова» обнаружили поломку одной лопасти гребного винта. После ремонтных работ, 17 августа ЭОН-10 продолжила движение на восток. По чистой воде лодка шла самостоятельно, а через пролив Вилькицкого – под проводкой ледокола «И. Сталин». На этом участке пути толщина льда достигала 3-4 метров. При сжатиях ледяные глыбы наползали на корпус лодки, создавая крен до 10°. Всем свободным от вахты морякам приходилось расчищать узкую обледеневшую палубу. Низкая температура воздуха и забортной воды, высокая влажность в отсеках осложняли условия жизни на корабле.
Вскоре транспорт «А. Серов» потерял еще 2 лопасти гребного винта. Пришлось в бухте Тикси перегружать имущество экспедиции на теплоход «Волга», который дальше должен был следовать в составе ЭОН-10 вместо «А. Серова». 31 августа рейс был продолжен. После Медвежьих островов из-за тяжелого многолетнего льда пришлось воспользоваться помощью ледокола «Л. Каганович». На некоторых участках ледоколы проводили «Щ-423» и «Волгу» на коротком буксире поодиночке. Так миновали пролив Лонга и вошли в Чукотское море. Дальше суда экспедиции благополучно достигли Берингова пролива, где их встретили подводные лодки Тихоокеанского флота «Л-7», «Л-8» и «Л-17». 9 сентября экспедиция вошла в бухту Провидения, закончив переход Северным морским путем. Сделав заходы в Петропавловск-Камчатский и Советскую Гавань, «Щ-423» 17 октября 1940 года пришла в бухту Золотой Рог. За ее кормой остались 7227 миль, из них 681 – ледовых.
Так как по времени ЭОН-10 совпадала с проводкой “Komet”, то это вызвало предположения об их взаимосвязи. Дескать, «Щ-423» должна была скрытно контролировать переход германского рейдера вдоль советских северных берегов и в случае возникновения военной или политической необходимости быстро и тайно потопить его. А в случае неудачи оставался резерв – три лодки ожидали «немца» на выходе из Берингова пролива. Однако, «Щ-423» явно не подходила для этой роли. Отсутствие горизонтальных рулей лишали ее возможности погружаться, то-есть скрытности, а импровизированный ледовый пояс не позволял пользоваться торпедными аппаратами.
В ходе Великой Отечественной войны ледоколы сыграли важную роль в обеспечении деятельности ВМФ и транспортных судов СССР, в первую очередь на Севере, Балтике и Тихом океане, а также связи с союзниками.
Обеспечении морских операций в Арктике было возложено на Главное Управление Северного Морского пути, начальником которого был известный полярник, дважды Герой Советского Союза И.Д. Папанин. 15 октября 1941 года И. Д. Папанин был назначен уполномоченным Государственного Комитета Обороны, с оставлением в должности начальника Главсевморпути. Ему была поручена организация приемки и быстрой разгрузки прибывающих в порты Мурманск и Архангельск союзных конвоев. Был создан специальный штаб Уполномоченного ГКО. Начальником штаба был назначен полярный капитан Герой Советского Союза К. С. Бадигин.