Тем временем нарастала угроза для самого Севастополя. Враг стремительно продвигался по Крыму, а войска Приморской армии ещё не подошли к городу. Необходимы были экстренные меры. 30 октября в Севастополе было созвано совещание командиров, военкомов, начальников политотделов соединений и начальников служб флота. Совещанием руководил оставшийся за командующего начальник штаба флота контр-адмирал И.Д. Елисеев. На нем присутствовали члены Военного совета флота — дивизионные комиссары Н.М. Кулаков и И.И. Азаров и контр-адмирал Г.В. Жуков, который незадолго перед тем был назначен на вновь созданную должность заместителя командующего флотом по обороне главной базы. Гавриил Васильевич уже имел опыт руководства обороной Одессы и поэтому уверенно взялся за решение такой же задачи в Севастополе.
Совещание выработало ряд мер по укреплению обороны Севастополя.
К 30 октября войска, готовые оборонять главную базу, состояли из двух батальонов местного стрелкового полка, 2-го и 3-го полков морской пехоты, гарнизонов долговременных огневых точек (дотов) и нескольких артиллерийских подразделений. Всего это было около 12 тысяч человек, из них почти 700 — лица командного состава. В полной боевой готовности находились батареи береговой обороны.
Чтобы отразить первый натиск противника, следовало по крайней мере удвоить численность войск. Ближайшими резервами являлись учебный отряд Черноморского флота, училище береговой обороны, аэродромные части ВВС, школа НКВД. Все они сразу получили указание немедленно формировать батальоны морской пехоты. Это составило около трех с половиной тысяч человек.
31 октября ждали из Новороссийска 8-ю бригаду морской пехоты (около трех с половиной тысяч бойцов), а с тендровского боевого участка — батальон Дунайской военной флотилии. Но даже с этим пополнением все равно не хватало ещё около 5 тысяч человек. Следовало немедленно формировать новые части из состава эвакуированных в Севастополь гарнизонов, но для них на месте не было оружия.
Еще 30 октября за подписью И.Д. Елисеева и Н.М. Кулакова пошла телеграмма в адрес командира военно-морской базы Туапсе. В ней предлагалось срочно, «сегодня же», отобрать в частях и направить в Севастополь на эсминце «Сообразительный» 1500 винтовок.
В тот же день — 30 октября — произошло событие, с которого началась 250-дневная героическая оборона Севастополя. Береговая батарея э 54 под командованием старшего лейтенанта И.И. Заики, расположенная в районе деревни Николаевки, немного севернее города, в 16 часов 35 минут открыла огонь по колонне вражеских танков. Противник временно прекратил продвижение, но, подтянув свежие силы, возобновил атаки. Вскоре в бой вступили и другие защитники Севастополя. Береговые батареи продолжали успешно отражать натиск врага.
1 ноября бои против гитлеровцев вела уже не только артиллерия, но и авиация и части морской пехоты. Береговая батарея э 30 обстреливала скопления войск противника в Бахчисарае и Альма-Тамаке. Открыла огонь и береговая батарея э 10. Береговая артиллерия флота замыкалась на генерал-майора П.А. Моргунова. Его опыту многим обязан Севастополь с самых первых дней борьбы. Комендант береговой обороны генерал Моргунов был фактическим хозяином на рубеже. В дни ноябрьского штурма именно он командовал не только артиллерией береговой обороны, но также батальонами дотов и дзотов, батареями ПВО и всеми сухопутными флотскими частями: бригадами, полками, отрядами.
В тот же день наша авиация совершила 33 боевых вылета, штурмуя вражеские войска в районе Николаевки, Альма-Тамака, станции Альма-Тархан.
Вернувшийся в Севастополь 2 ноября командующий Черноморским флотом Ф.С. Октябрьский взялся за укрепление обороны города и подготовку к новым боям.
Пополнялась Приморская армия, которая к тому времени, после жестоких боев с наступавшим противником на севере Крыма, потеряла немало людей. Уставшая и малочисленная, она не могла успешно отражать натиск врага: это пришло позднее. Генерал И.Е. Петров 5 ноября на Военном совете флота признал, что только «на базе созданного уже флотом с приходом Приморской армии Севастополь можно держать».
В Приморскую армию влились части, только что прибывшие в Севастополь, несколько тысяч бойцов из Севастопольского гарнизона и 7-й бригады морской пехоты. Не считаясь со смертельной усталостью, доблестные бойцы Приморской армии занимали оборонительные рубежи вокруг города. К 9 ноября 1941 года сухопутная оборона была организована. Оборонительный район был разбит на четыре сектора.
Надо сказать, что командование не ожидало столь быстрого прорыва противником Ишуньских позиций, и Черноморский флот, естественно, не готовился даже к частичной эвакуации главной базы. По решению Военного совета флота следовало эвакуировать лишь население и часть тылового имущества. Но эвакуация шла медленно. В Севастополе оставалось ещё много кораблей, которые невозможно было использовать для обороны базы.
