В 1949 году ЦК ВКП(б) принял решение укрепить специальную службу. Было создано Главное управление специальной службы (ГУСС) при ЦК, и все части вошли в подчинение этого главка. Развернулось строительство городков для частей службы, в промышленности заказана новая спецтехника с повышенными возможностями, дивизионы пополнялись высококвалифицированными офицерами — выпускниками военных академий, установлены повышенные оклады и дополнительные льготы.
В общем, золотое время спецслужбы. Как нередко шутили тогда, мол, «гусь (ГУСС) был жирным». Однако главк просуществовал только до 1953 года. Но все это случилось потом. А в конце 1949 года Бондаренко возглавил 5-й отдельный дивизион спецслужбы, который располагался в Берлине, а потом в местечке Штансдорф, что в десятке километров от Потсдама.
Через три года Владимир Иванович получил повышение. Его назначили командиром 2-го отдельного ордена Александра Невского полка спецслужбы. Часть дислоцировалась под Одессой.
Вскоре в полк на должность заместителя по технической части прибыл однокашник Бондаренко — Георгий Дмитрюк.
Надо отметить, что в ту пору они были достаточно молодыми людьми. Командиру исполнилось 34 года, а зампотеху и того меньше — 33. А столкнулись офицеры с немалыми трудностями. Полк был далек от хороших показателей.
Двум однокурсникам и их коллегам потрудиться пришлось немало, чтобы вывести полк из прорыва. А через год на соревнованиях частей по скоростному приему на слух полк занял первое место и завоевал переходящий кубок.
Успешная работа командира полка Бондаренко была по достоинству оценена руководством. Летом 1956 года ему предложили возглавить недавно созданный центральный радиоузел специальной службы, дислоцировавшийся в поселке Нерастанное в Подмосковье. Заместителем по технической части к нему назначили Георгия Дмитрюка.
Самым знаменательным событием была борьба коллектива за присвоение высокого звания «отличная часть». В эту работу включились все смены, радиоцентры и отделы. И в 1962 году руководство 8-го Главного управления присвоило узлу звание «отличная часть». Начальник узла полковник Бондаренко получил орден Красной Звезды и звание «Почетный сотрудник Госбезопасности».
В 1964 году Владимир Иванович был назначен заместителем начальника 8-го Главного управления. Он руководил службами радиоразведки и контрразведки, а так же частями спецслужбы.
В 1966 году полковник Бондаренко стал генерал-майором. Он оказался первым офицером из частей спецслужбы, которому было присвоено генеральское звание.
С 1972 по 1988 год генерал Бондаренко возглавлял технический факультет Высшей школы КГБ.
Одним из тех, кто долгое время командовал воинской частью, а точнее, радиоузлом специальной службы КГБ СССР в Закавказье, был еще один слушатель «особого» отделения — полковник Иван Кравченко.