• подбор и переброска квалифицированных агентов на оккупированную территорию в целях дальнейшего проникновения в Германию и другие европейские страны;
• направление в оккупированные районы маршрутной агентуры с разведывательными и специальными заданиями;
• подготовка и переброска в тыл врага специальных разведывательно-диверсионных групп, подчиненных Центру, для выполнения заданий особой важности, обеспечение надежной связи с ними;
• минирование по приказу Ставки и ГКО промышленных предприятий и стратегических объектов с целью вывода их из строя в районах, находящихся под угрозой вторжения противника;
• организация в этих районах резидентур из числа преданных и проверенных на оперативной работе сотрудников;
• обеспечение разведывательно-диверсионных групп, одиночных агентов, специальных курьеров вооружением, боеприпасами, продовольствием, средствами техники и связи и соответствующими документами прикрытия.
«Организация агентурного подполья в Москве, — вспоминает П. А. Судоплатов, — имела свои принципиальные отличия. Намечалось создать два агентурных аппарата. Один — на базе связей и контактов людей из партийносоветского актива. Другой аппарат должен был подбираться из людей, совершенно не контактировавших с этим активом в прошлом. Двум независимым друг от друга резидентурам предписывалось оперативные и боевые задачи решать самостоятельно. Меркулов предложил вначале, чтобы я стал главным нелегальным резидентом НКВД по Москве в случае занятия ее немцами. Я дал согласие, однако Берия аргументированно возразил Меркулову. Было принято (не оформленное приказом по наркомату) решение назначить на эту работу начальника центрального аппарата контрразведки П. Федотова с подчинением ему всех резидентур, которые создавались по линии НКВД и партийно-советского актива. Это решение сейчас кажется спорным. Ведь ни в коем случае не следовало давать какую-либо, даже минимальную возможность немецким спецслужбам захватить фигуру такого уровня. Берия обосновал это назначение тем, что Федотов лично хорошо знал партийно-советский актив столицы и большую часть агентуры НКВД, которую намечалось оставить на подпольной работе. Это обстоятельство, конечно, позволяло бы Федотову в экстремальной обстановке принимать решения об использовании оперсостава и агентуры с учетом деловых качеств лично ему известных людей».
Отдельная мотострелковая бригада особого назначения НКВД СССР (ОМСБОН) и партизанские диверсионные соединения сыграли важную роль в срыве операции «Тайфун» по окружению, захвату и затоплению Москвы. Судоплатов в своих воспоминаниях приводит дневниковые записи командующего группой армий «Центр» генерал-фельдмаршала Ф. фон Бока, рвавшегося к Москве: «…налицо недооценка силы сопротивления врага, его людских и материальных резервов… Русские сумели настолько усилить наши транспортные трудности разрушением почти всех строений на главных железнодорожных линиях и шоссе, что фронт оказался лишенным самого необходимого для жизни и борьбы…» — по сути, это было признанием роли диверсионных операций чекистов. «Кардинальное изменение обстановки под Москвой в нашу пользу, — пишет далее Павел Анатольевич, — поставило перед органами НКВД новые задачи. <…> спецназ, несмотря на понесенные потери, по-прежнему был высокобоеспособной ударной силой, которая могла действовать теперь на коммуникациях отступающего противника. Особенно обернулось колоссальным плюсом то, что мы не растеряли наши кадры подрывников и диверсантов в горниле Московской битвы. Ведь именно они позднее проявили себя блестяще и в партизанской войне».
Восемнадцатого января 1942 года Л. П. Берия подписал приказ № 00145, который гласил:
«Для проведения специальной работы в тылу противника, а также организации и осуществления мероприятий по выводу из строя и уничтожения промышленных предприятий и других важнейших сооружений на территории, угрожаемой противником, приказываю:
1. Организовать IV Управление НКВД СССР.
2. Расформировать 2-й отдел НКВД СССР, обратив его штабы и личный состав на укомплектование IV Управления НКВД СССР.
3. Передать в IV Управление НКВД СССР 9-е отделение 4-го спецотдела со всем личным составом и техническим оборудованием».
I (Разведывательное) Управление НКВД, вспоминает П. А. Судоплатов, разделилось на IV Управление («бывшая Особая группа, а затем 2-й отдел во главе со мной»), которое вело «разведывательно-диверсионную работу против немцев и Японии как на нашей территории, так и в оккупированных странах Европы и Ближнего Востока»; и собственное I Управление, «сфера действий которого распространялась на США, Англию, Латинскую Америку, Индию, Австралию»; возглавил его П. М. Фитин.
Итак, начальником IV Управления был назначен старший майор ГБ П. А. Судоплатов, его заместителями стали старший майор ГБ Н. Д. Мельников и майор ГБ В. А. Какучая. Чуть позже, 20 августа 1942 года, после возвращения из Турции, заместителем был также назначен старший майор ГБ Н. И. Эйтингон.