Структура IV Управления состояла из руководства, секретариата, финансовой группы, информационно-учетного отделения, четырех отделов, отдельных подразделений. Штат управления был определен в 113 человек.
1-й отдел (зарубежный) состоял из четырех отделений:
• 1-е — европейское;
• 2-е — Африка, Дальний Восток;
• 3-е — Афганистан, Иран, Турция, Ирак, Ближний Восток;
• 4-е — работа по военнопленным и интернированным.
2-й отдел (оккупированные и угрожаемые территории СССР) состоял из девяти отделений:
• 1-е — Москва и Московская область;
• 2-е — Украина, Молдавия, Крым;
• 3-е — Белоруссия;
• 4-е — области РСФСР, Карело-Финская ССР;
• 5-е — Литва;
• 6-е — Латвия;
• 7-е — Эстония;
• 8-е — вербовка спецагентуры из числа заключенных лагерей;
• 9-е — учетное.
3-й отдел состоял из трех отделений и двух отрядов взрывников:
• 1-е — технической подготовки;
• 2-е — оперативное;
• 3-е — материально-технического снабжения;
• 1-й и 2-й отряды взрывников.
4-й отдел состоял из четырех отделений:
• 1-е — «Д»;
• 2-е — «ТН»;
• 3-е — подготовки;
• 4-е — материально-техническое.
Штаб истребительных батальонов и партизанских отрядов в составе двух отделений:
• 1-е — истребительные батальоны;
• 2-е — партизанские отряды.
Войсковые подразделения IV Управления:
• Отдельная рота саперов;
• Отдельная мотострелковая бригада особого назначения (ОМСБОН).
Организационно ОМСБОН состоял из управления; политотдела; двух мотострелковых полков — 1-го (четырехбатальонного состава) и 2-го (трехбатальонного состава); батальоны организационно состояли из трех мотострелковых рот, а те, в свою очередь, — из трех мотострелковых и одного пулеметного взводов; двух батарей — минометной и противотанковой; инженерно-саперной (также именовалась саперно-подрывной) роты; роты парашютно-десантной службы; роты связи; автомобильной роты; школы младшего начальствующего состава; подразделений материально-технического обеспечения.
Возглавили эти подразделения настоящие профессионалы своего дела — яркие, смелые и неординарные личности, такие как Я. Серебрянский, М. Маклярский, В. Дроздов, П. Гудимович, М. Орлов, Г. Мордвинов и другие.
Перед IV Управлением НКВД стояли следующие задачи.
1. Организация и проведение диверсий на коммуникациях, промышленных предприятиях, сооружениях и аэродромах противника.
2. Сбор военной, экономической и политической информации в интересах руководства страны и Красной армии.
3. Организация партизанских отрядов, помощь партийным и советским органам в развитии партизанского движения.
4. Учет, выявление и уничтожение представителей оккупационных властей. германской агентуры, предателей, пособников оккупантов.
5. Борьба против антисоветских националистических формирований.
6. Инженерно-саперные и иные работы на территории, угрожаемой противником.
«Начало войны, — докладывал впоследствии П. А. Судоплатов наркому внутренних дел Л. П. Берия, — застало аппарат разведки неподготовленным к ведению большой диверсионной работы.
Отсутствие подготовленных кадров разведчиков-диверсантов, организаторов диверсионных актов и руководителей диверсионных групп, радистов задержало развитие успешной работы в тылу противника. Это сказалось на качестве подготовки первых групп, заброшенных в тыл противника в 1941 году и в первый месяц 1942 года. Отсутствие навыков конспирации, заранее подготовленных технических баз привело к ряду провалов в работе».
«При колоссальной потребности в людях, — пишет Павел Анатольевич, — мы очень взвешенно и бережно использовали ценную агентуру из числа иностранцев и политэмигрантов. Я категорически выступил против немедленной заброски в тыл противника ценных агентов — немцев, австрийцев, итальянцев, венгров, поляков, кто мог работать в экстремальных условиях и хорошо знал обстановку в странах Европы, оккупированных немцами. Неразумно было распоряжаться ими для затыкания дыр. Поэтому в составе нашего спецназа они всегда держались в особом резерве, на самый крайний случай. (Только испанцы приняли участие в составе ОМСБОНа в боях под Москвой.) Интернациональную часть спецназа мы приберегали и потому, что приходилось считаться с возможностью развязывания против нас военных действий с территорий стран, поддерживающих фашистскую Германию, которые еще не были вовлечены в войну».
«В связи с организацией в 1942 году Центрального штаба партизанского движения нами были переданы в его распоряжение многочисленные отряды и группы. Особую роль наш аппарат сыграл в организации конспиративного обеспечения массового партизанского движения в Белоруссии, Прибалтике, на Украине.
Вместе с тем, как следовало из директивы НКВД СССР от 13 июля 1942 года, штабам партизанского движения не подлежали передаче разведывательно-диверсионные группы специального назначения, действовавшие в тылах противника, разведывательная агентура, курьеры и связники, резиденты в немецком тылу, а также переписка по партизанским формированиям (сводки, донесения, доклады, радиограммы и т. д.)».