Считалось, что ее портрет был лишь эскизом к несуществующей картине, но современные итальянские исследователи обнаружили в частной швейцарской коллекции полотно, схожее с наброском «Маркизы». Изучив составы грунтовки и пигмента картины, ученые установили, что они идентичны материалам, которые Леонардо да Винчи использовал в работе над «Джокондой». Это дало основания сделать вывод о том, что портрет Изабеллы д’Эсте принадлежит кисти Леонардо да Винчи.
Одним из последних рисунков Леонардо да Винчи, посвященных природной тематике, является «Ливень над Альпийской долиной». Это хрестоматийная работа: художник мастерски демонстрирует, как следует показывать проливной дождь. Над альпийской долиной изображены движущиеся темные тучи, из которых льются дождевые струи, нарисованные быстрыми резкими штрихами.
Рисунок головы пожилого мужчины «Старик» относится к серии этюдов по карикатурным мотивам, на что указывают гротескные черты лица. Несмотря на это, глаза, казалось бы, комичного персонажа полны безысходности.
«Портрет цыгана» является самым большим по размерам рисунком Леонардо. Принято считать, что на нем изображен цыганский барон по имени Скараммучья. Такие выразительные гротескные лица привлекали художника, и он изображал их без преувеличения и иронии. Для Леонардо они были противоположностью красоте, и так же он считал их достойными внимания… По следам уколов можно судить о том, что рисунок подготавливался для перенесения на холст.
На эскизе «Голова женщины» изображена голова святой Анны в три четверти оборота. Автор показал ее молодой, чистой и невинной. Глаза прикрыты в полном умиротворении. От ее лица, кажется, исходят лучи света. Головной убор колышется на ветру, что добавляет образу божественную легкость.
На рисунке да Винчи «Голова мужчины» соблюдены все пропорции лица персонажа, выверена каждая морщина. Рисунок детально прорисован пастелью, что делает его приближенным к изображению, выполненному красками.
В «Трактате о живописи» (первое издание — 1651 год) Леонардо подробно описывает лицо побежденного солдата: «…
Кудрявые волосы человека на рисунке «Голова человека и льва» окаймлены венком из плюща, а на плече висит шкура с головой льва — эти атрибуты во времена Леонардо считались принадлежностями бога вина Бахуса. В данном эскизе они играют роль деталей, подчеркивающих храбрость персонажа.
Леонардо в этот период творчества чаще, чем раньше, обращается к мифологической тематике. Интерес к ней демонстрирует его картина «Леда и лебедь», на которой изображена Леда, обнимающая Зевса в образе лебедя рядом с их общими детьми. Полотно не сохранилось, до нас дошли лишь наброски.
В 1506 году Леонардо возвращается в Милан, где задерживается на несколько лет. Новый период и новый покровитель — французский наместник Шарль д’Амбуаз, для которого Леонардо создал проект сада. В это время да Винчи в большей степени отдается инженерной деятельности, проектированию каналов и проходов через труднодоступные скалы. Одновременно Леонардо вновь занялся работой над статуей лошади — на сей раз для французского кондотьера Джана Джакомо Тривульцио, которая, как и статуя для Франческо Сфорца, так и не была отлита.
