Марчуку также предстояло разрешить кризис, связанный с действиями президента Крымской Автономии Юрия Мешкова, направленными на отделение полуострова от Украины и присоединение его к России. Марчук сделал ставку на постепенное подогревание антимешковских настроений.
В сентябре 1994 года в Крыму начиналось противостояние. 7 сентября Верховный Совет АРК утвердил изменения к закону «О президенте Республики Крым», ограничив полномочия президента лишь функциями главы исполнительной власти, лишив функций главы государства. 8 сентября Мешков выступил по телевидению и назвал действия парламента государственным переворотом. Мешков приостановил деятельность парламента и правительства Крыма, а парламент осудил его действия как антиконституционные.
Так и происходило противоборство ветвей власти, пока 21 февраля 1995 года Кучма не издал указ «О некоторых указах президента Автономной Республики Крым». Это было началом конца. Однажды утром в резиденцию Мешкова вошла группа спецназовцев, и он был отправлен самолетом в Москву…
Спецпредставителем президента в Крыму был Евгений Марчук, и этот кризис ему удалось разрешить успешно. 8 февраля 1995 года Марчук и Олег Сосковец парафировали украинско-российский Договор о дружбе, сотрудничестве и партнерстве. Видимо, судьба Мешкова была неотъемлемой, хотя и тайной частью этих соглашений.
Весна 1995 года характеризовалась очередным противостоянием между президентом и Верховной Радой. Леонид Кучма требовал себе больших полномочий, нежели имел. В то же время парламент предлагал, чтобы именно президент возглавил исполнительную власть и нес ответственность за экономическую ситуацию в государстве. Тогда Кучма 1 марта назначил Марчука исполняющим обязанности премьер-министра, и тот оставался в этом качестве 97 дней.
Когда же 8 июня Александр Мороз и Леонид Кучма подписали Конституционный договор, в котором пришли к ряду компромиссов, в тот же день президент назначил Евгения Марчука премьер-министром, без обидной приставки и.о.
Почему Кучма все же назначил Марчука, которому до конца не доверял? Вот что пишет Леонид Кравчук: «Кучме не удавалось быстро найти личность, которая отвечала бы некоторым критериям, и к тому же имела реальные шансы быть утвержденной парламентом. Скорее всего, Марчук воспринимался президентом как переходная фигура, как своеобразный временный заменитель. Леонид Данилович желал выиграть время, нужное ему для дальнейшего поиска».
А вот как первый президент оценивает профессиональные качества Марчука: «Профессиональный премьер из него не вышел». Опытный Марчук, оказавшись в не совсем привычных для себя условиях, начал допускать непонятные ошибки. Безусловно, ошибкой стала демонстрация своих амбиций. Это не было просто неосторожностью, это было превышением служебных полномочий. Не надо забывать, что тогда премьер не был первым лицом отдельной ветви власти, он был подчиненным президента, только и всего. А президент не привык прощать своим подчиненным подобную недисциплинированность.
Сходно и мнение самого Кучмы: «Именно его я назначил первым „своим“ главой Кабинета. И именно на заседаниях этого Кабинета я впервые заметил новые для меня черты Марчука. Оказавшись за столом председательствующего, Евгений Кириллович проявил полное отсутствие вкуса к ежедневной хозяйственной работе и желанию ее выполнять, неугомонную страсть к многословию. Заседания Кабмина длились по 6 - 8 часов, и при этом половина вопросов, рассматривавшихся на них, постоянно переносилась на следующий раз. Сначала я относил это на счет желания Марчука самому разобраться во всех проблемах совершенно, как он любит говорить, „с лабораторной точностью“, собрать о них исчерпывающую информацию. Но вскоре начал подозревать, что он просто не хочет, просто боится принимать решения, а страх этот базируется на непонимании экономических механизмов, попытках дистанцироваться от любых непопулярных шагов. Очевидно, длительная работа в КГБ научила Евгения Кирилловича только собирать информацию (причем для того, чтобы на ее основе решения принимали другие!), но внедрять собранное в интересах экономики он не умел.
На дворе лето, потом осень 1995 года. Впервые начинают накапливаться значительные задолженности по пенсиям и зарплатам, которые растут из месяца в месяц. Производство падает. А Кабмин явно не успевает за ситуацией, изыскивая возможности заморозить ее, тормозит с принятием решений, неадекватно реагирует на проблемы промышленности и сельского хозяйства. Возможно, это - элементарная некомпетентность? Такая же, как, например, решение председателя Государственной комиссии по денежной реформе Марчука осенью 1995 года, вопреки рекомендациям экспертов, все же не вводить гривню?