В звании фрегатен-капитана (капитана 2 ранга), начиная с 1940 года, Хинтце плавал по всем морям от Шпицбергена на севере и до Африки на юге, выполняя обязанности штурмана у двух капитанов — сначала у капитана цур зее Германа Хейе, а затем — у капитана цур зее Вильгельма Майзеля. Он получил опыт плавания в условиях свирепых ветров в Норвежском море, а также штормов и обледенения в Датском проливе. Крещение огнем произошло у норвежских берегов, во время немецкого нападения на Тронхейм 9 апреля 1940 года; в этот день «Хиппер» потопил английский эсминец «Глоууорм», который в ходе короткого и кровопролитного боя пытался протаранить крейсер. В декабре 1940 года Хинтце вновь оказался в центре событий, когда его корабль вступил в бой с британским крейсером «Бервик», что произошло во время первого выхода «Хиппера» в Атлантику. Немецкий крейсер получил повреждения, а корабль союзников затонул. Следующий рейд, который был предпринят в феврале 1941 года, оказался более успешным. Недалеко от Мадейры «Хиппер» натолкнулся на конвой, который шел без прикрытия; вскоре семь транспортов были пущены на дно, а еще три получили серьезные повреждения. Затем семь месяцев продолжалось докование в Германии, и лишь после этого Хинтце вновь вернулся в Арктику. «Хиппер» был в составе отряда, который в июле 1942 года вышел из Альта-фьорда для того, чтобы атаковать конвой PQ-17, однако атака не состоялась, потому что флотилия была отозвана обратно. В конце лета 1942 года Хинтце был повышен в звании и стал капитаном цур зее, его назначили командиром Экспериментальной торпедной базы в Эккерн-фьорде, недалеко от Киля; теперь у него за плечами были три драматичных года, заполненных захватывающими событиями. Они дали ему богатый опыт боевой службы на крупных кораблях, а это означало, что его временное пребывание в Эккерн-фьорде было лишь промежуточной остановкой. Осенью 1943 года Хинтце узнал, что назначен капитаном линкора «Шарнхорст»; он не сомневался, что на это назначение благословили его прежние командиры на «Хиппере» Хейе и Майзель; оба в настоящее время были произведены в адмиралы и направлялись на ответственную штабную работу. Хейе стал начальником штаба группы «Норд» в Киле, а Майзель — начальником штаба Главного командования Кригсмарине
После этого назначения мечта всей жизни Хинтце осуществилась полностью. Вспоминая прошлое, Карин Вольтерсдорф рассказывает:
«Для него было большим счастьем — командовать одним из самых крупных и лучших кораблей военно-морского флота. Но он прекрасно понимал, что это — нелегкая задача, потому что знал о комплексе неполноценности Германии как морской державы и хорошо представлял трудности, связанные с его новой работой. Перед отъездом на Север он приехал к нам. Был холодный день октября 1943 года. Обычно наши встречи бывали веселыми и теплыми, но на этот раз мы прощались с ним, испытывая глубокую грусть. Мой крестный хорошо представлял, что его ждет, и это его совершенно не радовало».
Всего через три недели после прибытия Хинтце на военно-морскую базу в Альте произошло новое и очень неожиданное изменение в командном составе. Когда адмирал Оскар Кумметц обещал «воевать… и, если понадобится, то и умереть», ему разрешили вновь занять пост командующего эскадрой. Его деятельность в Норвегии, однако, была отнюдь не благополучной. Будучи командиром отряда, получившего задание оккупировать Осло в ночь с 8 на 9 апреля 1940 года, он умудрился утопить свой корабль «Блюхер» и с большим трудом спас себе жизнь, добравшись до берега каменистого островка в Осло-фьорде. Канун нового, 1942 года также был днем, который он хотел бы забыть. Теперь же, спустя восемь бездарно проведенных в Арктике месяцев, он просился в отпуск по состоянию здоровья, который и был ему предоставлен, а его обязанности исполнял контр-адмирал Эрих Бей — один из опытнейших капитанов эсминцев.
