Во главе руководства восстановительными работами была поставлена городская комиссия из шести человек. Одним из членов этой комиссии был Кристофер Рен, уже знавший, что его идеальному Лондону не суждено воплотиться в жизнь. Для рассмотрения исков, связанных с владением землей и недвижимостью, был создан особый «Пожарный суд». В феврале следующего года парламент санкционировал предложения комиссии. Некоторые улицы были расширены, но в целом, как и следовало ожидать, изменений оказалось очень мало. Родилась новая улица Кинг-стрит, а узенькую дорожку расширили и назвали Куин-стрит, чтобы к Гилдхоллу можно было попасть прямиком с берега Темзы. Более серьезные изменения касались размеров будущих зданий и материала для их постройки. В согласии с повелением короля, теперь их можно было строить только из кирпича и камня, причем «для большего порядка, единообразия и изящества» все дома должны были относиться к одному из четырех типов. В частности, комитет решил, что дома на основных улицах должны иметь по четыре этажа, тогда как для переулков и боковых улочек достаточно двух. В других отношениях старый облик города предполагалось восстановить без перемен.
Потом началось строительство. Горожане и владельцы частных домов были вынуждены ограничиться собственными средствами, в то время как общественные работы — например, восстановление церквей — финансировались за счет налога на битумный уголь. К весне 1667 года будущие улицы были размечены, и власти обратились с призывом «ко всем соотечественникам, которые желают помочь и обеспечить нашу столицу деревом, кирпичом, известью, камнем, стеклом, сланцем и прочими материалами для строительства». Это повлекло за собой большие перемены в составе городского населения.
Можно предположить, что многие из тех, кто жил в городе до Великого пожара, так и не вернулись на свои пепелища. Одни уехали в провинцию, другие отправились в Соединенные Штаты; почти во всех случаях решающими факторами оказывались наличие родственников и надежда получить работу. Но когда началось восстановление города, в него потянулись тысячи новых людей. Это были землекопы и производители кирпича, извозчики и литейщики, жившие прямо за городскими стенами; кроме них, в город, потерявший половину своих рынков и большинство магазинов, хлынули сотни лоточников и торговцев. Конечно, пришли и строители, которые пользовались ситуацией и на скорую руку сооружали целые улицы. Роджер Норт описал, как самый известный из этих ловкачей, Николас Барбон, постепенно преобразовал часть Лондона, «покрывая голую землю улицами и домиками и наращивая их число за счет максимального уменьшения фасада». Барбон оценил преимущества простоты и стандартизации. «Не стоит заниматься мелочами, — как-то заметил он, — на это способен и простой каменщик». Но и простые каменщики были по горло загружены работой.
За два года после пожара были построены тысяча двести домов, а в следующем году — еще тысяча шестьсот. Процесс восстановления не был таким стремительным и бурным, как полагают некоторые историки, и в течение нескольких лет Лондон выглядел сильно разрушенным, но все же он постепенно поднимался из руин.
Карта, составленная Джоном Огилби в 1677 году, то есть всего через одиннадцать лет после катастрофы, отражает новый облик города. Большая его часть была восстановлена, хотя отдельных церквей на карте не хватает, а план широкой реконструкции набережных Темзы так и не удалось привести в исполнение. Новые кирпичные дома с узким фасадом изображены в виде прямоугольников; они расположены довольно близко друг к другу, а между ними тонкими ниточками тянутся переулки и узкие проходы. Ко многим из этих домов примыкают сзади дворики или садики, но общее впечатление тесноты и скученности от этого не пропадает. Если бы вы в ту пору прошли на восток по Леденхолл-стрит, то на участке длиной в сотню ярдов — а именно от Биллитер-лейн до пересечения с Фенчерч-стрит — вы миновали бы не меньше семи переулочков (Джон Страйп характеризует их либо как «относительно недурные», либо как «тесные, мерзкие и жалкие»), которые обыкновенно кончались тупиками или крохотными двориками. Большая часть площади здесь закрашена серым цветом, обозначающим маленькие жилые здания из кирпича и камня.