Сестра Альфонсо, Санча, не стала скрывать свои чувства, когда бургундец и француз рассорились из-за знамени и бургундец вызвал француза на дуэль. Когда Чезаре услышал об этом, он предложил бургундцу 20 дукатов, платье из парчи и новое знамя при условии, что он откажется от дуэли. Предложение было отвергнуто, 9 апреля дуэль состоялась, и бургундец победил. В знак неповиновения Чезаре Санча одела двенадцать своих оруженосцев в ливрею с крестом Святого Андрея в честь бургундца. «Говорили, — писал Бурхард, — что он [Чезаре] скорее потеряет 20 тысяч дукатов, чем увидит побитых французов». Роман Чезаре с Санчей давно закончился: в то лето он вступил в связь с красивой, богатой и умной куртизанкой, флорентинкой Фьямметтои де Мишли. У Фьямметты в Риме было три дома, включая один возле пьяцца Навона, названный в ее честь, а также вилла за городом. Ее можно назвать типичной представительницей высшего класса куртизанок, любивших продемонстрировать свои интеллектуальные способности. Фьямметта говорила на латыни, декламировала наизусть Овидия и Петрарку, замечательно пела, аккомпанируя себе на лире. О ее взаимоотношениях с Чезаре всем было известно, и даже ее завещание, сохранившееся в городских архивах, озаглавлено «Завещание Фьямметты иль Валентино». Лукреция, однако, приняла сторону сестры любимого мужа. Она не готова была отказываться от своей привязанности и следовать за отцом и старшим братом. Зная, что отец по-прежнему ее любит, она была уверена в том, что сможет защитить Альфонсо.
В конце июня 1500 года Борджиа пережили драматические события: папа чудом избежал смерти, когда на Ватикан налетела страшная гроза, вызвавшая обрушение крыши тронного зала, где в то время находился понтифик.
Сиенский банкир Лоренцо Чиги, с которым он в то время разговаривал, погиб на месте. Кардинал Капуи и тайный папский камерарий Гаспар Пото спаслись тем, что укрылись в оконных нишах. Александра уберег балдахин, висевший над папским троном, однако понтифик получил удар по голове и потерял сознание. В апартаментах этажом ниже Чезаре покинул комнату незадолго до обрушения, а вот три человека, оставшиеся в помещении, погибли. Разнесся слух, что папа умер, и вооруженные люди сбежались в Ватикан, но, несмотря на то, что Александр потерял тринадцать унций крови, он быстро поправился. Санудо, первый посторонний человек, посетивший папу после трагедии, обнаружил его в окружении семьи — Лукреции, Санчи, Чезаре и Жофре. Если там и был Альфонсо Бисельи, хронист его не упомянул. Однако он заметил возле кровати семидесятилетнего понтифика одну из фрейлин Лукреции, фаворитку папы. Молодые Борджиа осознали в этот раз, насколько их судьба зависела от жизни отца. Несмотря на необычайную энергию, Александр был подвержен обморокам и лихорадкам, должно быть, он страдал от высокого кровяного давления. Плохо только, что эта его слабость стала общеизвестна.
Через две недели, в среду 15 июля, на Альфонсо Бисельи напали «неизвестные люди» прямо на ступенях базилики Святого Петра. Франческо Капелло сообщил во Флоренцию на следующий день:
