«Время отдыха от погромов и страхов опричнины», как называет Ключевский царствование Федора, было нарушено событием, потрясшим современников, но трагическое значение которого стало ясно лишь позднее. 15 мая 1591 г. в Угличе погиб царевич Дмитрий, последний сын Ивана Грозного. Поскольку детей у Федора не было, пресеклась династия Калиты, династия Рюриковичей. Вслед за Николаем Карамзиным, в особенности вслед за Александром Пушкиным, посвятившим «Бориса Годунова» «драгоценной для россиян памяти Николая Михайловича Карамзина»156, виновность правителя в убийстве царевича мало у кого вызывает сомнения. Разве не признается в трагедии Пушкина Борис, став уже царем: «Как молотком стучит в ушах упрек, И все тошнит, и голова кружится, И мальчики кровавые в глазах…».
Новейшие исследования обстоятельств одной из самых таинственных в русской истории смертей, повлекшей десять лет спустя в начавшейся гражданской войне бесчисленные жертвы, опровергают версию убийства царевича по приказу Бориса. Р.Г. Скрынников приходит к парадоксальному выводу, что следственные материалы свидетельствовали о непричастности Бориса к смерти царевича. Именно поэтому историки отказывались верить в их истинность. Предвзятое отношение к Борису определило точку зрения Карамзина и пошедших за ним историков.
Следственная комиссия, отправленная из Москвы в Углич, установила факты, допросив свидетелей (очевидцев смерти Дмитрия не было). Комиссию возглавлял Василий Шуйский, один из главных противников Бориса, который приказал убить одного из братьев Василия, сослать в монастырь, где он умер. Сам Василий лишь недавно вернулся из ссылки. Потом Василий Шуйский будет несколько раз менять рассказ о смерти царевича, в зависимости от политических обстоятельств, что посеяло серьезные сомнения в результатах деятельности следственной комиссии. Вывод комиссии был категоричен: мальчик, подверженный эпилепсии, играл во дворе дома, где он жил, в ножички, во время внезапного приступа он упал на нож и перерезал себе горло. Мать царевича Мария, ее братья Нагие, все их родственники моментально объявили о том, что царевич убит людьми Бориса. В Угличе вспыхнул бунт, было убито 15 сторонников Бориса, это дало правителю повод расправиться с Нагими: Мария была сослана в монастырь, братья казнены.
Главный довод сторонников виновности Бориса: убийство царевича было ему выгодно. Став совершеннолетним, Дмитрий мог бы претендовать на трон. Главный довод новейших исследователей: никакой выгоды убийство царевича Борису не давало. Еще не исчезла возможность рождения законного наследника в семье Федора. В 1592 г. Ирина оправдала надежды и родила дочь Феодосию, которая, правда, вскоре умерла (в ее смерти не замедлили обвинить Бориса). Из ближайших родственников царя после смерти Дмитрия наибольшие шансы на престол имели Романовы, а не Годунов. Положение в стране, ожидавшей вторжения шведов и татар, было напряженным, и любой инцидент мог вызвать волнения.
Патриарх Иов подтвердил своим авторитетом выводы комиссии: непричастность Бориса, виновность Нагих, поднявших бунт против правителя и царя. Пятнадцать лет спустя, когда царевич Дмитрий был провозглашен святым, церковь объявила смерть мальчика убийством, ибо святой не мог, даже случайно, убить себя сам.
Важное событие, добавившее горючий материал для грядущих смутных времен, произошло на территории Речи Посполитой за пределами Московского государства. Его значение для России не будет полностью исчерпано и в конце XX в. В октябре 1596 г. в Бресте Литовском собор части православных епископов Польши и Литвы принял решение об унии православной и католической церквей. Православная церковь сохраняла свои обряды, но принимала верховенство папы. В декабре 1595 г. львовский епископ Кирилл Терлецкий и Волынский епископ Ипатий Потей принесли в Риме присягу Клименту VIII. Собор в Бресте узаконил действия епископов. Одновременно в Бресте собрались православные епископы, отказавшиеся принять унию. Православная церковь в юго-восточной Руси распалась: униаты связали себя с католицизмом, православные обратили взоры в сторону Москвы, ставшей недавно патриархией. Уведя из православной церкви часть верующих, Речь Посполитая восстановила против себя всех тех, кто отказался принять верховенство папы римского. Положение на Украине резко обострилось. Сигизмунд III, ревностный католик, воспитанник иезуитов, возглавивших контрреформацию, не удовольствовался унией, он принял административные меры для укрепления новой церкви, активно преследуя православных. Польский историк Павел Ясеница, рассматривающий унию как политическую ошибку, последствия которой для Польши были трагическими, пишет: «Сигизмунд III, христианин от деда-прадеда, меньше понимал и меньше сочувствовал христианской церкви, чем язычник Ольгерд и родившийся в язычестве Витольд.
Они изо всех сил старались создать в пределах Литвы православную Церковь, он бессердечно ее уничтожал»157.
