Предшественникам Бориса на московском троне прощали все. Ему не только ничего не прощали, его обвиняли во всех бедах и преступлениях, случившихся в его время. Распространялись слухи, что это Борис привел татар под Москву; поджег столицу; организовал голод. Когда царь открыл царские амбары, чтобы кормить голодных, его упрекали за то, что слишком много голодающих пришло в Москву, всем хлеба не хватало и тысячи умерли с голоду. Но главные обвинения носили «династический» характер: Борис убил Дмитрия, сына Грозного, по его приказу умертвили годовалую дочь Федора Феодосию и ослепили старого Симеона Бекбулатовича, некогда объявленного Иваном московским царем. Создавалось впечатление, что Борис, не имеющий в своих жилах царской крови, уничтожает всех, кто ее имеет, и тем самым добивается права на престол.
Борису приписывали даже идею Самозванца. Приказав убить царевича, он, якобы, приготовил двойника, которого, в случае необходимости, готов был предъявить народу, возвести на трон и править вместо него.
Имеются политические причины, объясняющие нараставшую непопулярность царя Бориса. При дворе Федора правитель, продолжая политику ослабления силы княжат, был признанным главой дворцовой знати, старомосковского дворянства. На пути к трону Борис встретил не потомков Рюриковичей и Гедиминовичей, а своих союзников Романовых и Вельских. После избрания Борис щедро наградил высшими думными чинами княжескую аристократию, но не приобрел ее благосклонности, поскольку не поступился своей самодержавной властью. Его главными противниками стали прежние друзья. Годунов оказался в полном одиночестве, его поддерживали только родственники, которыми он заполнил думу.
Одиночество порождало страх и подозрительность. Родственник царя Семен Годунов возглавил политический сыск и очень поощрял доносы, которые превратились в подлинную страсть. Современник отмечает, что доносили еще больше, чем при Грозном, «доносили друг на друга попы, чернецы, пономари, просвирни; жены доносили на мужей, дети на отцов; от такого ужаса мужья от жен таились, в этих окаянных доносах много крови пролилось неповинной, многие от пыток померли, других казнили, иных по тюрьмам разослали и со всеми домами разорили». По доносу казначея Александра Романова было начато «дело» против семьи Романовых. Все обвиняемые (обвинение гласило: «Злодеи, изменники хотели царство достати ведовством и кореньями») были осуждены: Федор Никитич был пострижен в монахи, что исключало возможность мечтать о царском венце, и сослан на Северную Двину, была пострижена и его жена; дети, братья и родственники сосланы в далекие монастыри.
Был осужден Богдан Вельский. Попал в опалу дьяк Андрей Щелкалов, игравший выдающуюся роль в руководстве государством.
Политические причины не объясняют все более шаткого положения Бориса. Первого русского «избранного» царя не считали настоящим царем. Ему не хватало необходимой легитимности. Понимая свою слабость (отсутствие в венах царской крови), Борис решил пригласить к участию в выборах народ. Странное словосочетание «популярность царя» становится возможным, ибо Борис ищет популярности как новую базу легитимности. Итальянский историк Гильельмо Ферреро говорит, что принцип легитимности является оправданием власти, т.е. права командовать.166 Еще при Иване III оправданием власти московского государя стало божественное происхождение его власти. Этот принцип утвердился при Василии III и не вызывал уже никаких сомнений при Иване IV. Божественное происхождение царской власти исключает необходимость в народном голосовании. Более того, обращение к народу свидетельствует о неуверенности избранника, вызывает подозрения в его «праве командовать». Пушкин приписывает Борису Годунову внутренние мучения, вызванные угрызениями совести: «мальчики кровавые в глазах». Ферреро задает вопрос: «Не обладает ли власть, захваченная путем государственного переворота, дьявольской способностью наполнять ужасом прежде всего того, кто власть захватил, а уже потом других?» Борис Годунов пришел к власти законным путем, но он был выскочкой. Возможно, поэтому он жил в страхе. Все знали, и он в том числе, что дело на царском престоле не чисто.
Убиенный много и восставый, Двадцать лет со славой правил я Отчею Московскою державой, И годины более кровавой Не видала русская земля.
