Федор учредил в Москве славяно-греко-латинскую академию, первое на Руси высшее богословское училище. В него принимались только русские и греки, но последние только после свидетельства от патриархии, что они исповедуют подлинную православную веру. Указ об открытии академии одновременно запрещал держать домашних учителей и обучаться дома греческому, латинскому и польскому языкам. Строго запрещалось хранить дома волшебные, чародейные, гадательные и прочие еретические книги.
Биограф Федора сообщает, что «первая политическая мысль юного царя была мысль возвратить Ингерманландию с частью Лифляндии, а в особенности Нарву». Можно усомниться в том, что первая «политическая мысль» Федора, едва достигшего 15 лет, обратилась в сторону Прибалтики, но давняя цель русской внешней политики не могла не интересовать его советников. К тому же, казалось, была возможность: Швеция, владевшая Нарвой, вела войну с Данией. Датчане очень уговаривали русских выступить против шведов, не жалея обещаний. Федор отправил 9 тыс. пехотинцев и конников к границам Швеции, но отозвал их, ибо события на Украине потребовали всех сил.
Турция, принявшая под свое покровительство правобережную Украину, готовилась к захвату левобережной Малороссии. В 1678 г. московские войска потерпели поражение под Чигирином. Одновременно не были урегулированы отношения с Польшей. Активная деятельность московской дипломатии, отправка посольства в Вену и Париж с целью получения поддержки в войне с Турцией, переговоры с поляками принесли результаты. В 1680 г. был подписан мирный договор с Польшей: делегация Речи Посполитой явилась в Москву и после 23 заседаний, «по истощении всех хитростей, уловок и дипломатических тонкостей»106 было достигнуто соглашение о перемирии на 13 лет. В 1681 г. в Бахчисарае было подписано соглашение о 20-летнем перемирии с Турцией. Москва соглашалась с уступкой правобережной Украины, за исключением Киева, султану.
Богемец Таннер, сопровождавший польское посольство в Москву, опубликовал в 1689 г. в Нюрнберге на латинском языке описание столицы царства Федора Алексеевича. Внимательный дипломат заметил и зарегистрировал множество деталей города и городской жизни. Он подробно описал роскошный прием послов, торжественный обед, во время которого было подано 200 блюд, но все из рыбы: из белужины было изготовлено с помощью муки множество гусей, кур, индеек и уток. Отметил наличие множества храмов (ему сообщили, что их 1700), купола которых придавали величественную красоту городу. Но только две улицы в Москве были вымощены деревянными брусьями: по одной из них царь выезжал из города, вторая вела от дворца к Посольскому приказу. «Все прочие, - сообщил наблюдатель, - устланы бревнами, а посему как летняя, так и зимняя езда там весьма неприятна». Зато в городе очень много извозчиков, которые возят за весьма умеренную плату и чрезвычайно искусны в своем деле. Приятно удивило дипломата множество жемчуга и драгоценных камней на Руси, которые продавались очень дешево.
Таннер побывал во всех уголках города, разговаривал с москвичами, пробовал их еду и напитки. Он заметил, что на всех концах улиц и перекрестках стоят квасники. Кроме меда и пива, делится наблюдениями богемец, русские делают яблочный квас, который весьма любят. «Да и я его вечно не забуду, - добавляет он, - напившись только однажды этого квасу, промучился я 12 суток в лихорадке». В. Берх, биограф Федора, подробно излагающий сочинение Таннера, упрекает его в излишнем натурализме: «Он судил о россиянах по тем людям, коих встречал на Вшивой бирже (гигантской парикмахерской под открытым небом); в бане и Толкучем ряду»107. Видимо, скромность историка не позволила ему вспомнить о том, что Таннер посетил также Красный кабак, находившийся за городом, куда собирались гуляки, чтобы «пировать с Бахусом и Венерой».
Смерть царя Федора 27 апреля 1682 г. никого не удивила - кончины болезненного государя ждали давно, но повергла в смятение. Отсутствие закона о престолонаследии породило ситуацию, напоминавшую тревожные дни после смерти Ивана Грозного. Снова необходимо было делать выбор между двумя сыновьями: 16-летним болезненным, поврежденным в уме, как осторожно выражались современники, Иваном и здоровым, но всего лишь 10-летним Петром.
В день смерти Федора патриарх Иоаким собрал светских и духовных сановников и предложил немедленно выбрать царя. Большинство было за Петра, но часть присутствовавших настаивала на правах старшего сына, Ивана. Патриарх предложил обратиться к народу. На площади перед Кремлем были собраны «все чины Московского государства», т.е. представители всех сословий. Они были вызваны в Москву в декабре 1681 г. на собор, который должен был рассмотреть в очередной раз порядок взимания налогов. Собор не состоялся, но выборные находились еще в Москве. Замечательный знаток XVII в. Сергей Платонов считает, что на площади были собраны «случайные люди». Называет процедуру избрания (народ кричал, что хочет Петра) «поспешной и сомнительной в моральном смысле»108.