До нее только дважды в русской истории женщины управляли государственными делами: Ольга в Киеве и Елена Глинская регентша при малолетнем сыне - Иване IV, будущем Грозном. После Петра на протяжении большей части XVIII в. на русском троне будут восседать женщины. Правление Софьи как бы открывает эпоху преобладания «слабого пола» в истории России. Годы царствования императриц не будут - в целом - ни лучше, ни хуже времени царствования императоров. Немалую роль будут играть советники цариц, но это относится в такой же степени и к царям.
Правление Софьи началось 16 мая 1682 г., когда она назначила главных министров. Начальником Посольского приказа, канцлером стал князь Василий Васильевич Голицин. «Милый друг» царевны еще в царствование Федора, Василий Голицин был самым образованным человеком своего времени, горячим сторонником западной культуры. Стрелецкий приказ возглавил князь Иван Хованский, а Иноземский, Рейтарский и Пушкарский приказы (т.е. армию) - дядя царевны князь Иван Милославский.
Удовлетворение всех требований стрельцов не погасило недовольства, жившего давно и поощряемого очевидной слабостью правительства, неясностью положения на троне, где теснились два царя и правительница. Советские историки-марксисты старались представить стрелецкий бунт выражением классового недовольства народа угнетателями - боярами и помещиками. Фактический материал не подтверждает этот взгляд. В Москве помнили казнь в июне 1671 г. Степана Разина, который в течение двух лет во главе казаков и крестьян вел войну с боярами. Его подвиги и бесчеловечная жестокость стали уже сюжетом легенд и песен, но московские холопы не поднялись за стрельцами, которые пытались увлечь их за собой, соблазняя освобождением. В. Ключевский замечает: «Холопы, которых в боярской столице было вдвое больше стрельцов, ждали только знака от своих господ на усмирение мятежников и не дождались»112.
Нерешительность власти выразилась и в отношении к духовному кризису, переживаемому в стране. Раскол в церкви продолжал волновать умы. Историки отмечают необычайное оживление в обществе: «В Москве в богатых хоромах и в бедных избах, на улицах, на площадях… раздавались горячие толки и споры, суждения и рассуждения о том, как веровать, как спасти себя; толковали и спорили о правой вере, о старом благочестии и о новом нечестии; о том, как складывать персты, сколько раз говорить аллилуйя, сколько просфор употреблять в служении, сколько концов должно иметь изображение креста, как писать имя Иисус…»113. Симеон Полоцкий констатировал, что о богословии говорят взрослые и дети, что споры идут в лесах и на ярмарках, не говоря уже о кабаках. В спорах участвуют, с удивлением регистрирует учитель Федора и автор хвалебных стихов в честь Софьи, даже женщины.
Склонность нового начальника стрельцов князя Хованского к старому обряду сделало ситуацию взрывной. Стрельцы, добившись удовлетворения всех требований, поднялись вновь, на этот раз в защиту старого благочестия. Под нажимом стрельцов Софья согласилась на проведение диспута между патриархом и староверами, которых представлял Никита Пустосвят, в Грановитой палате Кремля при огромном стечении народа. Не закончившийся ничем диспут в Кремле продолжался на улицах. Софья решила действовать энергично. Пригласив к себе стрельцов, дав им денег и вина, правительница добилась их нейтралитета. «Нам нет дела до старой веры», - объявили они Софье и вернулись к себе в слободу. Правительница велела схватить Никиту Пустосвята и казнить его на Красной площади.
Новая опасность пришла со стороны князя Хованского. Начальник стрелецкого приказа, как считали Милославские, начал вести себя слишком заносчиво, появилась угроза военной диктатуры. Князь Хованский считался человеком глупым, москвичи звали его «Тараруй». Но в его руках была военная сила. Двор покинул Москву и переехал в Коломенское. Кремль захватили стрельцы. Опера Мусоргского «Хованщина» вводит некую логику в поведение Ивана Хованского, стрельцов и раскольников, которую трудно обнаружить в событиях. Софья призвала на помощь дворянское ополчение. Хованский был приглашен в Коломенское, перехвачен по дороге и на месте казнен вместе с сыном. Автор «Истории Петра Великого» А. Брикнер объясняет: «Нужно было действовать быстро, решительно, даже пренебрегая правилами нравственности»114. Оказавшись без командующего, сидевшие в Кремле стрельцы одумались, явились к Софье с повинной, захватив с собой плаху и топор. Казнив несколько верховодов, правительница помиловала мятежников, но столб на Красной площади, памятник первому бунту и победе, был сломан. Начальником стрелецкого приказа был назначен думный дьяк Федор Шакловитый, человек решительный, которому Софья доверяла. 6 ноября 1682 г. двор вернулся в Москву, началось правление Софьи. Оно длилось около семи лет.