Сергей Соловьев пишет: Петр поехал от крови и возвратится к крови. Царь уехал, казнив стрелецкого полковника Цыклера, он приехал, когда стрелецкий мятеж был разбит, чтобы судить бунтовщиков.
В конце мая высланные из Москвы стрельцы решили вернуться в столицу, чтобы «разорить Немецкую слободу и побить немцев за то, что от них православие закоснело, побить и бояр…государя в Москву не пустить и убить за то, что почал веровать в немцев…». Навстречу стрельцам было выслано правительственное войско под командованием Шеина. 18 июня произошло сражение, артиллерия Патрика Гордона сыграла в нем решающую роль. Разбитые стрельцы были арестованы: после первых допросов Ромодановский казнил 56 бунтовщиков. В ответ на письмо «князя-кесаря» о мятеже Петр ответил: «Пишет ваша милость, что семя Ивана Михайловича растет: в чем прошу вас быть крепким; а кроме сего ничем сей огнь угасить не можно». Царь извещал, что вернется немедленно, хотя это означало, что он вынужден отказаться от поездки в Венецию.
Имя Ивана Михайловича Милославского, который представлялся Петру организатором первого стрелецкого мятежа и казней, свидетелем которых был 10-летний царь, пугало его. Когда Петр расправлялся с Цыклером, он приказал вырыть труп Ивана Милославского и казнить покойника. Оказалось, что его семя растет. Приехав в Москву, Петр решил покончить со стрельцами, которые 12 лет колебали трон. Поскольку он всегда старался во всем участвовать, он участвовал в расследовании причин стрелецкого бунта, искал его связи с Софьей, присутствовал при пытках. Историки расходятся во мнениях относительно личной роли царя в казнях. Сергей Соловьев, поверив австрийским дипломатам, пишет, что Петр отрубил головы пятерым стрельцам и заставил Ромодановского, Голицина. Меншикова последовать его примеру. Главным источником сведений о подавлении стрелецкого мятежа был - и остался - дневник секретаря императорского посольства, Иоганна-Георга Корба, посланного Леопольдом I в Москву в 1698 г. Дневник был издан в Вене на латинском языке, но вскоре после публикации книгу уничтожили по требованию русского правительства. По-русски дневник Корба был опубликован в 1866-1867 гг. Написал о своих впечатлениях и глава посольства Игнатий-Христофор Гвариенти. Однако австрийцы рассказывали о казнях не как очевидцы, но со слов русских знакомых. Это дало основания некоторым историкам отрицать личное участие Петра в казнях.
Петр вряд ли был более жесток, чем его отец, жесточайшим образом подавляющий многочисленные бунты. Петр не был более жесток, чем стрельцы, рубившие на куски бояр и иноземцев в 1682 г. Но в 1698 г. имелось больше свидетелей, в том числе иноземцев. Личная заинтересованность царя в искоренении мятежного стрелецкого семени создавала впечатление особой жестокости. Впрочем, даже по тогдашним нравам, наказание было суровым: в сентябре и октябре число казненных доходило до тысячи. В феврале 1699 г. было казнено еще несколько сот человек. В июне 1699 г. Петр раскассировал все 16 стрелецких полков и разослал стрельцов, лишив оружия, по разным городам страны, откуда они не имели права отлучаться.
Следов связи стрельцов с Софьей, которые Петр усердно искал, не обнаружили. Тем не менее бывшая правительница была пострижена под именем Сусанны и оставлена в том же Новодевичьем монастыре, где она жила, под усиленной охраной, до смерти 3 июля 1704 г.
В третий раз началось царствование Петра. На этот раз по-настоящему: царь взял всю возможную власть в свои руки.
Александр Пушкин рассказал о том, как «мужала Россия» в поэме, посвященной битве под Полтавой, где была разбита шведская армия, долгое время считавшаяся лучшей в Европе. Поэт не оставляет сомнений в имени творца победы, утверждая, что Россия крепла в тяжелых испытаниях «с гением Петра». Немецкий биограф Петра назвал главу о войне со Швецией - «Война как судьба». Для этого имеются основания. Петр становится подлинным, не только по титулу, царем России в конце 1698 г. В 1700 г. началась Северная война - это была самая длинная война XVIII в. - она закончилась в 1721 г. Петр умер в 1725 г. Война со Швецией заняла практически все его царствование, была осью, на которую нанизывались все реформы. Война была причиной всех изменений: она изменила границы государства, оказала влияние на администрацию, финансы, экономику. Подавление последнего стрелецкого мятежа, ликвидация стрелецкого войска завершили историю Московского государства. В Северной войне рождается империя: титул императора подносят царю в 1721 г. после подписания Ништадского договора, регистрирующего победу над Швецией.
