В январе 1918 года Борис Михайлович тяжело заболел — открылась язва желудка, которую он «заработал» в тяжёлых боевых условиях. Его положили в госпиталь. Армия продолжала «разваливаться» и офицер Шапошников, вероятно, не видел возможности её сохранить. Он подал ходатайство об отставке по причине слабого здоровья и отправился в северо-восточном направлении в сторону родного дома. Однако в Казани ему пришлось остановиться, необходимо было позаботиться о семье в связи с грядущим пополнением (сын Игорь, впоследствии генерал-лейтенант Советской армии, родился у Шапошниковых в декабре 1918‐го). Пришлось устроиться секретарём в народный суд. Но положение в стране было таково, что отсидеться в «тёплом месте» невозможно. Он понимал, что безопасных мест не будет. Как боевой офицер Шапошников видел своё будущее в армии. Но вот вопрос: в какой? Русская армия уже фактически была разделена на несколько частей. Красную, Белую и войска национальных окраин. Его сослуживцы тоже разделились. В Добровольческой и других антибольшевистских армиях оказались многие, с кем доводилось вместе служить: Дроздовский, Щербачёв, Алексеев…
Штаб Красной армии возглавил генерал-майор М.Д. Бонч-Бруевич, с которым судьба сводила дважды. Во время учёбы в Академии Генерального штаба Михаил Дмитриевич читал лекции и был руководителем группы. В штабе Северо-Западного фронта при управлении генерал-квартирмейстера, Шапошников служил штаб-офицером под его началом.
Помощником на правах начальника штаба был генерал Лукирский, с которым он служил ещё в штабе Варшавского округа, где Сергей Георгиевич возглавлял разведывательное отделение.
В Красной армии уже начал службу его сокурсник генерал Николай Александрович Сулейман в должности начальника Оперативного управления штаба.
Что же предопределило выбор Бориса Михайловича Шапошникова? Враги России. В земли нашей родины уже начали «вгрызаться» и противники по Первой мировой и бывшие союзники. Значительная часть русского офицерства приняла сторону тех, кто противостоял захватчикам.
Вот как определил свой выбор генерал Д.П. Парский в беседе с М.Д. Бонч-Бруевичем: «Я мучительно и долго размышлял о том, вправе или не вправе мы сидеть, сложа руки, когда немцы угрожают Питеру. Вы знаете, я далёк от социализма, который проповедуют ваши большевики. Но я готов честно работать не только с ними, но с кем угодно… лишь бы спасти Россию от немецкого закабаления…»
Примерно о том же говорил и сам генерал Бонч-Бруевич: «Я был с большевиками лишь постольку-поскольку, да и штаб Верховного главнокомандующего я согласился возглавлять лишь потому, что его назначением было руководить противостоящей австро-германцам русской армией»[101].
Защита родной земли от захватчиков была самой главной причиной прилива в Красную армию «бывших». Русский офицер и русский генерал не может спокойно наблюдать за тем, как его Родину топчет вражеский сапог.
Опять же главной причиной негативного отношения к Добровольческой армии, провозгласившей идею «Единой и неделимой России», была в том, что она получала оружие и финансы от иноземцев. И очень часто действовала совместно с захватчиками. В России этого не любят.
Среди военспецов идейных большевиков было немного, а вот сочувствующих чаяниям народа немало. Желающих послужить защите Родины от нашествий иноплеменных — большинство.
В это время в Самаре был учрежден Приволжский военный округ. Начальником штаба был назначен генерал-майор Николай Вячеславович Пневский[102].
23 апреля Борис Михайлович направил ему письмо: «Господин генерал!
Прочитав в газетах об учреждении военного округа и о Вашем назначении начальником штаба Приволжского военного округа, я решил обратиться к Вам с этим письмом.
Как бывший полковник Генерального штаба, я живо интересуюсь вопросом о создании новой армии и, как специалист, желал бы принести посильную помощь в этом серьёзном деле.
Сожалея, что предыдущая моя служба не дала мне возможности лично быть Вам известным, я позволю себе привести некоторые данные о ней.
Произведенный в 1903 году в офицеры из Московского военного училища, я в 1910 году окончил академию, а затем, откомандовав два года ротой, начал в 1912 году службу Генерального штаба в должности старшего адъютанта штаба 14‐й кавалерийской дивизии. Пробыв шесть месяцев войны в этой должности, я последовательно занимал должности помощника старшего адъютанта штаба 12‐й армии, и. д. штаб-офицера для поручений при управлении генерал-квартирмейстера штаба Северо-Западного фронта и с ноября 1915 года получил сначала штаб отдельной казачьей бригады, а затем и штаб 2‐й Туркестанской казачьей дивизии. Пробыв в этой должности около двух лет, я в конце сентября 1917 года был назначен командиром 16‐го гренадерского Мингрельского полка, а в начале декабря того же года был выбран на должность начальника Кавказской гренадерской дивизии, на какой находился до 16 января 1918 года, а затем по болезненному состоянию был эвакуирован и с 16 марта с.г. по демобилизации уволен в бессрочный отпуск.