Компания предпочитала, чтобы население было немногочисленным и работало непосредственно на нее. Несколько независимых людей могли вести небольшое хозяйство или заниматься личной торговлей, но при условии, что они продавали свои меха или продукцию компании и покупали все товары в фирменном магазине. Один из первых губернаторов, Питер Минуит, который прославился тем, что якобы купил весь Манхэттен за шестьдесят гульденов торговых товаров, был отозван в Амстердам, потому что он недостаточно эффективно сдерживал растущую частную торговлю мехами. В этой торговле участвовали почти все поселенцы, чтобы увеличить свои скудные заработки, несмотря на все усилия компании положить этому конец.
К концу 1630 года население Нового Амстердама составляло всего четыреста человек. Он был запущен и обветшал, укрепления пришли в негодность, а пять ферм компании "пустовали и пришли в упадок; на указанных буверах не было ни одного живого животного, принадлежащего компании". Город уже затмил более молодую общину Бостона в Новой Англии; он не смог процветать из-за пренебрежения и скупости компании, и многие боялись, что все предприятие будет потеряно для англичан, чьи североамериканские колонии Виргиния и Новая Англия были жизненно важны и расширялись. (Из-за Гражданской войны в Англии пуритане бежали в Америку, чтобы основать свое идеальное общество, и за несколько лет английское население значительно увеличилось). С неохотой компания ослабила ограничения на количество новых поселенцев, сохраняя при этом жесткий контроль над их гражданскими свободами и вольностями. Вновь прибывшие, хотя и являлись якобы свободными гражданами, должны были признать суверенитет голландской Вест-Индской компании, выплачивая ежегодные сборы или налоги.
Уже через два десятилетия Новый Амстердам напоминал процветающий голландский город с двускатными крышами, ветряными мельницами, каменной церковью, несколькими большими каменными домами, расширенным фортом, резиденцией губернатора и школой. Но поскольку их главной целью было получение прибыли для своих работодателей, губернаторы Новых Нидерландов не очень охотно откликнулись на желание поселенцев создать гражданское общество. Они жестко распоряжались поселенцами, перемещая и продвигая их по прихоти, и облагали их такими налогами, что один из первых поселенцев жаловался, что "при короле с нами не могли бы обращаться хуже". Многие жили в атмосфере недовольства, и в результате община и соседние поселения не процветали. Историки Джордж Дж. Ланкевич и Говард Б. Фурер в книге "Краткая история Нью-Йорка" отмечают, что "хотя физически город был "на манер Голландии", в плане амбиций и прибыли он был совсем не голландским". Иными словами, инициатива и энергия были в дефиците. Этот недостаток энергии может показаться удивительным, если учесть, что город и колония управлялись акционерным обществом с единственной целью - получать прибыль; но так ли уж странно, что люди, чья личная свобода и возможность продвижения вверх были ограничены, могут не допрыгнуть до назначенных им задач?
Один жестокий губернатор в начале 1640-х годов, амстердамский купец по имени Виллем Кифт, сумел развязать войну с коренными жителями нижней части долины Гудзона, потребовав от них дань. Его непродуманная схема получения доходов привела к ужасной резне туземцев, гибели десятков колонистов и разрушению или оставлению форпостов компании за пределами Нового Амстердама, который в то время был наводнен беженцами. Совет из восьми ведущих граждан колонии направил в Амстердам Девятнадцати доклад, в котором говорилось о катастрофическом положении, в которое поставили предприятие необдуманные действия Кифта: многие "скрываются, с женами и маленькими детьми, которые еще выжили, в нищете вместе, в форте и вокруг него в Манхаттах, где мы не находимся в безопасности ни часа".
В 1643 году Кифт нанял группу английских "индейских бойцов" во главе с Джоном Андерхиллом, чтобы они напали на все окрестные туземные деревни.
Они замучили и убили 1600 туземцев и привели десятки пленников в форт Амстердам, где Кифт, по преданию, "от души смеялся, потирая правую руку и громко хохоча", пока солдаты зверствовали и убивали их. Один из пленников умер самой ужасной смертью, когда похитители "повалили его на землю, засунули ему в рот отрезанные части тела, пока он был еще жив, после чего положили его на мельничный камень и отбили ему голову". Неудивительно, что жестокость и жадность Кифта "за короткое время едва не свели эту страну к нулю". Действия купца-воина Кифта шли вразрез с желаниями подавляющего большинства жителей Новых Нидерландов. Однако именно эти люди больше всего пострадали от агрессии Кифта, когда наступила неизбежная расправа. Подобные войны, в ходе которых уничтожалось имущество компании и истреблялись ее предполагаемые клиенты и поставщики, были вредными для бизнеса.
