К нему в Сузы явился раб Гистиея и попросил обрить себе голову. На коже ее были вытравлены слова, в которых Аристагору предлагалось побудить ионян отложиться от персов. Гистией рассчитывал при этом на то, что Дарий, узнав о восстании, пошлет его в Милет для восстановления порядка. Аристагор тотчас приступил к делу. Эллинские города Малой Азии были весьма склонны к отпадению. Лишь только Аристагор сложил с себя власть в Милете и возвратил народу свободу, как тотчас же восстали все города и острова от Геллеспонта до Карий, изгнали тиранов, вооружили корабли и войска и учредили у себя народное правление. Недоставало только участия европейских греков. Для достижения этого Аристагор сел на корабль и отправился сначала в Спарту. Держа в руке медную доску с вырезанной на ней картой, он доказывал, что властителям Гредии должно быть близко к сердцу освобождение потомков этой страны от рабства. При этом он показал царю Клеомену на карте персидские провинции и описал их богатства, плодородие их земель, чтобы побудить его к действиям надеждой на прибыль.
Но когда на вопрос, как далеко от Ионического моря до персидского царя в Сузах, он ответил, что на поход туда потребуется три месяца, то Клеомен тотчас же прервал переговоры, сказав: «Удались, добрый друг из Милета и покинь Спарту еще до солнечного заката. Ты совсем не дело говоришь спартанцам, предлагая совершить им столь далекий поход».
Однако Аристагор сделал еще попытку. Он вошел к царю в дом и застал его с девятилетней дочерью его Горго. Он обещал Клеомену десять талантов, если тот переменит свое решение. Тщетно. Аристагор довел свое предложение до пятидесяти талантов. «Отец, — сказала тогда маленькая Горго, — уйди, а то он тебя подкупит». После этих слов царь навсегда отказал милетцу.
Затем Аристагор отправился в Афины, которые, как об этом рассказано выше, только что изгнали от себя тиранов и опасались вражды персидского сатрапа в Сузах, вследствие наговоров находившегося там Гиппия. Они тем легче склонились на предложение Аристагора, что он напомнил им о племенном родстве жителей Милета с афинянами, говорил о богатствах персов и представил войну с ними как общую борьбу за достижение и сохранение свободы. Они обещали ему двадцать кораблей, к которым жители острова Эвбеи прибавили еще пять своих. «Эти обещания и корабли были началом всех зол для греков и варваров», — говорит Геродот.
Как только весь этот флот прибыл в Эфес, Аристагор послал войско против Сард. Жители не оказали сопротивления, и город, а затем и крепость, защищаемая Артаферном, были взяты. Большая часть тамошних домов была построена из тростника или покрыта им. Поэтому, когда один греческий воин бросил в ближайший дом горящую головню, весь город вместе с храмом богини Кибелы запылал огнем. Это заставило лидийцев отступить от греков и для борьбы с ними соединиться с персами и Артаферном. Стоявшие по сю сторону реки Галиса персы, узнав о случившемся, пришли на помощь к лидийцам, но не застали уже греков и преследовали их вплоть до Эфеса. Здесь произошло сражение, в котором ионийцы были совершенно разбиты. Их союзники, афиняне, удалились, а остальные греки рассеялись.
Но так как борьба была начата, то ионийцам приходилось продолжать ее, и прибытие карийцев и киприотов, также ртложившихся от персов, казалось, могло возместить потерю афинской помощи. Однако содействие Кипра продолжалось недолго. Персы тотчас поспешили к Кипру с сухопутными и морскими силами, чтобы завладеть этим важным пунктом. Хотя ионийцы поспешили на помощь и разбили персидско-финикийский флот, но персы успели высадить войско на самый остров, одержали полную победу и принудили восставших к покорности. Карийцы после двух поражений продолжали держаться только благодаря помощи ионян, и главный виновник восстания, Аристагор, начал сомневаться в его счастливом исходе. Потеряв мужество, он недостойно отказался от борьбы и удалился во Фракию, где Гистией уже хотел основать колонию с целью устроить там убежище для жителей Милета в случае их поражения. Аристагор вскоре был убит тамошними жителями. Еще худшая участь постигла Гистиея. При первом известии о восстании в Сардах он, как и предполагал, был вызван к Дарию. Гистией сумел защитить себя от всякого подозрения в участии в восстании, так что царь послал его в Сарды, чтобы он оказал содействие в подавлении восстания. Но в Сардах Гистией не мог долго играть двойную роль. Персидский наместник Артаферн знал о его участии в восстании и прямо упрекнул его в измене. Гистией поспешил спастись бегством и удалился к ионянам. Они приняли его как виновника своих бедствий; у жителей Милета, которые не имели никакого желания снова иметь над собой тирана, и были весьма довольны бегством Аристагора, он также должен был опасаться за свою жизнь. После долгих скитаний Гистией нашел наконец убежище у жителей острова Лесбос. Получив от них восемь кораблей, он пустился с ними в море, но не принимал участия в большом сражении, решившем судьбу ионян.