В числе островов, которые подчинились персам, находилась Эгина, имевшая значительный флот. Афиняне утверждали, что эгинцы поступили так единственно из ненависти к ним и желая получить возможность напасть на них вместе с персами, а потому и обвинили эгинцев пред спартанцами в измене всей Греции. Спарта тотчас послала на Эгину царя Клеомена и потребовала от эгинцев выдачи предводителей персидской партии. Эгинцы, подстрекаемые другим спартанским царем, Демартом, не исполнили это требование. Но Клеомен ложно обвинил Демарата в незаконном рождении; Демарат был лишен царского достоинства и бежал в Персию. Вторым царем был провозглашен Леотихид. Клеомен вторично выступил вместе с ним против Эгины и принудил ее жителей выдать афинянам заложников в доказательство верности всему общему делу Греции.
Вскоре господствовавшее в Спарте мнение об Эгине изменилось, и эгинцы при посредничестве Леотихида потребовали возвращения заложников. Так как Афины в этом отказали, то между ними и Эгиной вспыхнула война, которая велась нерешительно, и афиняне под конец должны были отступить. Клеомен покончил с собой.
Между тем Дарий окончил подготовку к войне. Были назначены два новых полководца — Датис и Артаферн, которых царь считал более способными и благоразумными, чем Мардоний. Чтобы на этот раз миновать опасный Афонский мыс, все войско, состоявшее из 100.000 пехоты и 10.000 всадников, было посажено на 600 военных кораблей и множество транспортных судов. Весь этот флот от острова Самоса направился через Эгейское море к Кикладским островам. Сохранившие еще свою независимость острова принуждены были покориться. Такая участь прежде всего постигла Наксос. Жители этого острова не стали дожидаться прибытия персов, но спаслись в горы. Лишь немногие из них были захвачены персами в плен. Город и храм были преданы огню.
На острове Делосе жители также искали спасения в бегстве. Однако варвары пощадили здесь жилища и храмы из уважения к месту рождения Аполлона и Артемиды. При этом Датис в виде жертвоприношения сжег на алтаре триста фунтов ладана. Все остальные близлежащие острова покорились добровольно и выдали заложниками своих знатнейших граждан. Затем флот направился к южной оконечности Эвбеи. С неистовством накинулись персы на ослушников, предали все огню и мечу и не оставили в Эретрии целым ни одного дома. Множество жителей искало спасения в горах, многие были изрублены, остальные обращены в рабство. Затем персы снова сели на корабли и поплыли к Аттике. Гиппий указывал им путь, надеясь с помощью варваров вернуть потерянную власть над Афинами.
Афиняне не без страха узнали о приближении неприятеля. Они поспешно отправили гонца Федиппида к спартанцам с просьбой о помощи.
Хотя спартанцы и были на то согласны, но не могли послать помощь немедленно, так как у них, по древнему обычаю, нельзя было выступать в поход раньше полнолуния в месяце Карнее (соответствующем нашим августу — сентябрю). Только платейцы, жители одного города в Беотии, поспешно отправили к ним на помощь тысячу человек. Афиняне наскоро сделали все, что только было в их силах, но не могли собрать более 10.000 человек. С войском из 11.000 человек выступили они к Марафону навстречу неприятелю, который после высадки расположился здесь лагерем, так как эта местность была удобна для действий персидской конницы.
Из десяти греческих предводителей пятеро находили опасным нападать на столь превосходящие силы противника, тем более что спартанцы еще не пришли на помощь. Мнения разделились, и Каллимах, облеченный властью полемарха, должен был решить спор, Мильтиад, один из десяти предводителей, был убежден, что именно здесь, при Марафоне, необходимо дать сражение. Он обратился к Каллимаху и старался убедить его всей силой своего пламенного красноречия. Мильтиад доказывал Каллимаху, что от него одного зависит повергнуть Афины в рабство или доставить им свободу, а самому себе заслужить славу. Он говорил: «При настоящем положении дел Афины находятся в величайшей опасности. Если ты последуешь моему совету, то отечество наше останется свободным и сделается первым государством в Элладе. Если же согласишься с мнением других, которые отвергают битву, то тебе известно, какая участь постигнет нас с возвращением Гиппия».
Каллимах объявил, что совершенно согласен с Мильтиадом, и было решено сражаться здесь. Договорились, что каждый предводитель будет начальствовать по очереди один день. Но Мильтиад настолько превосходил всех умом, что, по совету Аристида, остальные девять предводителей добровольно передали ему главное руководство всем делом.
Но Мильтиад дождался дня своей очереди и только в этот день вступил в битву. По приказанию Мильтиада, войско быстро устремилось на врага, чтобы меньше пострадать от многочисленных стрелков и предоставить как можно меньше времени для действия неприятельской конницы.
