Но когда греки заметили, что Писидии остались далеко позади, то стали догадываться о действительной цели похода. Они отказались идти вперед. Тогда Клеарх в самых мрачных красках изобразил им трудности отступления, а Кир снова привлек их на свою сторону увеличением жалованья и ложным заверением, что намерен воевать с враждебным ему сатрапом Сирии. Греки успокоились, и поход продолжался все далее на восток до города Тамсака на реке Евфрате.
Когда сделаны были приготовления к переходу и этой реки, то о дальнейшем сокрытии цели предприятия не могло быть более речи. Когда цель эта стала известна, раздалось множество недовольных голосов. Но теперь было ясно, что зайдя так далеко, не было уже возможности возвратиться назад без помощи Кира. Фессалиец Менон первым перешел реку со своим отрядом. Его примеру последовали остальные. Теперь направились Месопотамской равниной к Вавилону, чтобы помешать, если возможно, вооружениям Артаксеркса. Но Артаксеркс, получив от Тиссаферна известие о выступлении Кира, успел собрать из областей своего государства огромное войско.
Оба войска сошлись у Кунаксы, милях в десяти к северу от Вавилона. Боевые линии в своем протяжении были так неравны, что центр Артаксеркса далеко заходил за левое крыло Кира. На этом месте стояли Менон и начальник конницы — Арией. Клеарх, который командовал правым крылом, бросился на находившийся против него левый фланг неприятеля и обратил его в бегство. В то же время неприятельский центр, где был сам Артаксеркс и Тиссаферн, напал на греков. Чтобы прикрыть их, Кир бросился со своей конницей в ряды неприятеля. Вдруг он увидел перед собой своего брата. С криком: «Я вижу его», он кинулся на брата и, пробив мечом панцирь, нанес Артаксерксу рану в грудь. Рану эту впоследствии залечил врач Ктесий. Но в ту же минуту сам Кир, раненный дротиком в глаз, упал с лошади и был убит. Увидав его мертвым, персидские войска обратились в бегство, оставив свой лагерь на разграбление неприятеля. Затем Тиссаферн напал на греков. Но греки дали победоносный отпор, и нападающие обратились в бегство. Клеарх со своим войском спокойно вернулся в лагерь. Только на следующее утро греки узнали о смерти Кира. Положение их было опасным. Только смелость и решительность могли спасти их. Послам царя, потребовавшим сдачи оружия, Клеарх, принявший главное начальство, с гордостью отвечал: «Как друзья царя, греки нуждаются в своем оружии, чтобы иметь возможность служить ему; в качестве же врагов они нуждаются в оружии, чтобы сражаться против него». Вопрос о том, что надлежало теперь делать, был скоро разрешен принятием предложения Ариея, который вызвался провести греков домой другой, немного более дальней, но зато безопасной дорогой. Отступление по другому пути, вследствие недостатка жизненных припасов, было невозможно, в особенности в виду приближавшейся зимы. И вот, греки снова выступили в поход и направились против неприятеля. Это до такой степени напугало последнего, что Артаксеркс на следующее же утро предложил перемирие. На происходивших по этому случаю переговорах Клеарх решительным и уверенным тоном настолько сумел внушить послам уважение к своей особе, что Артаксеркс для того, чтобы он оставил его в покое, подарил грекам богатые запасы пшеницы, пальмового вина и фиников. Тиссаферн лично явился к грекам и уверил их в благоволении к ним царя. Вместе с тем он объявил, что имеет приказание сопровождать греков до самой Ионии, если они обяжутся во время похода по областям воздерживаться от всякого насилия и платить за все наличными деньгами.
Клеарх согласился, и договор был торжественно заключен и утвержден обращенными к богам клятвами. Но скоро обнаружилось скрывавшееся за ним коварство. Тиссаферн явился со значительным войском для прикрытия греков. Но первым делом его было отделить от них Ариея с его отрядом. Таким образом, три главных отряда Клеарха, Тиссаферна и Ариея выступили в поход, разобщенные друг с другом и не без недоверия один к другому. Пошли далее через Тигр и дошли до реки Цаба. Взаимные несогласия сделались нестерпимы. Тогда Клеарх отправился к Тиссаферну для открытых объяснений. Объяснения эти приняли с обеих сторон мирное направление. Было высказано обоюдное доверие, и Тиссаферн пригласил Клеарха приехать к нему снова на другой день со своими главными предводителями и другими начальниками, чтобы разыскать и устранить инстинных нарушителей мира. Клеарх совершенно справедливо предполагал, что виновником всех несогласий не мог быть никто иной, как коварный фессалиец Менон и заранее радовался скорому изобличению клеветника. Но едва Клеарх вошел с четырьмя другими военачальниками в шатер Тиссаферна, как они были схвачены и закованы в цепи; оставшиеся перед шатром начальники и около 200 простых воинов были умерщвлены. Затем пленных привели к царю, который приказал казнить их за исключением изменника Менона. Последний был умерщвлен после годичного тюремного заключения.