Помпей преследовал бежавшего Митридата вплоть до реки Фасис. Затем он обратился против Тиграна и разбил свой стан в трех милях от его столицы Артаксаты. Тигран опасался, как бы Помпей не лишил его престола в пользу сына, которого также звали Тиграном, и, отчаявшись в дальнейшем сопротивлении, отправился в стан победоносного проконсула. С царской короной на голове, сняв с себя пурпурную мантию, пеший Тигран вступил в римский лагерь, передал меч и коня ликтору и.преклонил колени перед восседавшим на высоком кресле Помпеем. Увидав, как «царь царей» униженно положил свою корону у его ног, Помпей поднял его и посадил возле себя. Тигран вынужден был купить мир ценой уступки Сирии, Финикии, Галатии и Каппадокии и уплатить 6.000 талантов военной контрибуции. Тигран Младший получил области Софену и Гордиену. Рассчитывая занять престол отца, Тигран Младший громко выразил свое неудовольствие по поводу такого распоряжения. Тогда Помпей приказал заключить его под стражу с тем, чтобы сохранить царского сына для участия в своем триумфе.
После этой, одержанной без особого труда, победы Помпей решил преследовать Митридата. Он направился к северу, проник в долину реки Кироса (Куры) и в горные долины Кавказа. Здесь он покорил воинственных иберов и албанов. Одна из жен Митридата, Стратоника сдала ему горную крепость Симфорион со всеми находившимися в ней сокровищами. Помпей выбрал самое ценное и оставил для будущего триумфа, а остальное возвратил Стратонике. Однако настичь бежавшего Митридата не удалось. Из-за тяжелых условий похода Помпей не стал продолжать преследование и предпочел вернуться. Таким образом народы, жившие по ту сторону Кавказского хребта, избегли римского ига.
Во время римско-армянской войны в Сирии возникли большие беспорядки. Придя туда, Помпей занял города Карры, Дамаск и Антиохию, объявил враждовавших между собой потомков Селевкидов потерявшими свои наследственные права и в 64 году обратил Сирию в римскую провинцию. Отсюда он был призван в Палестину решить спор о престоле. Здесь поссорились между собой два брата из рода Маккавеев: Гиркан и младший — Аристобул. Гиркан опирался на придерживавшихся истинной веры и старинного закона фарисеев, а Аристобул — на свободомыслящих саддукеев. Аристобул победил Гиркана и отнял у него звание первосвященника и светскую власть. Гиркан бежал. Оба брата обратились к третейскому суду римлян. Помпей потребовал от Аристобула сдачи Иерусалима и других крепостей. Аристобул воспротивился. Тогда Помпей приказал заключить его в темницу и выступил против Иерусалима. Партия Аристобула заняла Храмовую гору и защищалась с мужеством отчаяния. Помпею пришлось действовать тяжелыми осадными машинами. Лишь после трехмесячной осады удалось взять эту возвышенность. Началось страшное избиение. Священников убивали на алтарях; многие из них лишили себя жизни, бросаясь со стен или погибая в пылавших домах. Погибло 1.200 иудеев. Помпей провозгласил главой государства и первосвященником Гиркана, но обязал его платить ежегодную дань. Аристобула же и его семейство Помпей взял с собою в Рим для украшения своего триумфального шествия.
Помпею было очень любопытно узнать религиозные обряды этого необыкновенного народа, и он приказал ввести себя не только в храм, но и в самую святую святых. Благочестивыми иудеями овладели страх и ужас. Однако Помпей не тронул богатых сокровищ храма. После разрушения стен Иерусалима Помпей отступил от него.
Вскоре Помпей получил известие о смерти Митридата. Послы, которые привезли это известие, явились к Помпею украшенные лавровыми венками в знак того, что это посольство является вестником победы. Послы сообщили, что царь пал жертвой измены своих подданных и родного сына Фарнака. Население Боспорского царства отказалось повиноваться и поставлять войско. Митридат вынужден был искать спасения в Пантикапее (Керчь). Здесь Митридата осадил его собственный сын, и царь принял яд. Своих жен и дочерей он также принудил отравиться. На самого царя яд не подействовал, и он погиб от удара меча, которым, по просьбе Митридата, пронзил его собственный телохранитель.
