В феврале 1949 года в Ленинград из Москвы прибыл Георгий Маленков со свитой, а потом большая группа чекистов. Он огласил в Смольном постановление Политбюро «Об антипартийных действиях» руководителей города, которые якобы пытались обособить Ленинград от Москвы. «Принизили роль великого Сталина!», – в ярости кричал он. Начался разгром партийной организации города по сфабрикованному так называемому «ленинградскому делу». Пошли аресты, массовые увольнения. Музей Обороны Ленинграда был разгромлен. Экспонаты выбрасывали на улицу, бесценные документы и фотографии сжигали, картины рвали и резали, скульптуры разбивали молотками, а пушки и самолеты отправили на переплавку. Во дворе пылали костры, на которых сжигали историю блокады. Создателей экспозиции обвинили в том, что они, якобы в террористических целях, сконцентрировали в музее большое количество оружия и готовили покушение на Сталина, хотя все орудия были в нерабочем состоянии, с просверленными стволами. Другое обвинение состояло в том, что в музее будто бы имело место «политически вредное изображение страданий и лишений ленинградцев».
В апреле 1950 года Раков, как один из организаторов «порочной экспозиции в Музее обороны Ленинграда», был снова арестован и отправлен в Лефортово. Вел его дело подполковник Дворный – один из лучших специалистов в Лефортово «по вышибанию зубов и ломке ребер». Как потом стало известно, ученый держался на допросах мужественно и никого из своих коллег не оговорил. Приговор гласил: «Двадцать пять лет тюремного заключения, с поражением в правах на пять лет с конфискацией всего лично принадлежащего ему имущества». Спустя много лет он с присущей ему иронией рассказывал, что тогда подумал: «Ну ладно, двадцать пять лет тюрьмы – куда ни шло, но потом в течение пяти лет не голосовать – нет, это уже слишком жестоко!»
После смерти Сталина Раков, отсидев пять лет, был реабилитирован. Работал в Ленинграде, куда вернулся в 1954 году, сначала заместителем директора Всесоюзного музея имени А. С. Пушкина, а затем с 1955 по 1962 гг. – директором Научной библиотеки Академии художеств. Начал работать над книгой «Русская форменная одежда, знаки различия и награды как исторический источник». Надо сказать, что Лев Львович был не только прекрасным организатором и научным работником, но и талантливым писателем. Его перу принадлежат две пьесы «Что скажут завтра?» и «Опаснее врага», написанные в соавторстве с Д. Алем, и поставленные на сцене Ленинградского театра Комедии. Написал Раков также сборник рассказов «В капле воды», повесть «Прогулки в окрестностях любви», литературные эссе «Судьба Онегина» и «Влюбленный в Психею. Письма о Гоголе». Писал он даже за решеткой, многие его стихотворения, изданные только в 2001 году, были созданы в тюрьме. Там же он вместе с сокамерниками создал шутливый «библиографический словарь всех стран и времен» воображаемых знаменитостей «Новейший Плутарх». Но после всех отсидок здоровье было уже непоправимо разрушено – аресты, допросы, годы в неволе давали себя знать, начались болезни, вскоре Раков вышел на пенсию и оказался в больнице. Там, сохраняя поразительное спокойствие духа, он, по привычке, оговариваясь, называл других пациентов своими «сокамерниками». Умер «блокадный директор» 7 февраля 1970 года, а похоронили его на Серафимовском кладбище. Эпитафией ему могло бы послужить его же собственное стихотворение, написанное еще в тюрьме:
Легендарный музей блокады восстановили, но, увы, многие из бесценных экспонатов пропали безвозвратно…
