В 1921 году УАН командирует Стеллецкого в Андрусовку для продолжения поиска останков мамонтов, начатого археологом Андреевым ещё в 1916 году. Игнатий Яковлевич раскопал останки нескольких мамонтов, костяк самого крупного был отправлен в Киев и установлен в Институте геологии в 1926 году (во время войны костяк был вывезен в Германию). В 1921 году Стеллецкий попадает в бывшее имение Давыдовых Каменку. Там он находит библиотеку, которой когда-то пользовался Пушкин, в ужасном состоянии. Описав её, Игнатий Яковлевич передал книги в Чигиринский музей. Им же были произведены раскопки в замке Богдана Хмельницкого в Субботове. Возле апсиды Ильинской церкви археолог нашёл полусгоревшие человеческие кости. Он предполагал, что это останки Богдана Хмельницкого, которые пытался сжечь гетман Чарнецкий, но историки отнеслись к этому весьма скептически. Опасаясь, что после его отъезда кости выбросят из музея, Игнатий Яковлевич увозит их с собой. В 30-е годы он получает письмо с требованием Комиссии по охране памятников срочно вернуть в субботовский музей взятые им «кости Богдана Хмельницкого».
В 1922-1923 годах Игнатий Яковлевич много занимается подземными сооружениями в Лубнах. Построены они были в средние века монахами-бернардинцами и таили немало секретов. Например, подземелье ратуши, стоявшей на горе, имело в укромном уголке подземный колодец, а также ход для бегства. В Лубнах же археолог продолжил работы по поиску клада Вишневецкого. С помощью энтузиастов им было локализовано местонахождение замка польского магната. При раскопках был обнаружен плиточный пол и сгоревший подземный ход со множеством скелетов. Ход вёл в овраг к реке Суле. В нём были найдены сабли, перстни, курительные трубки и т. п. Необходимо было дальше расчищать развалины замка в поисках тайников с сокровищами, но против этой работы выступили местные власти. Они закрыли музей. Оставшись не у дел, Стеллецкий принимает решение вернуться в Москву. Сюда он приезжает осенью 1923 года со своей второй женой Марией Михайловной Исаевич.
Ещё в 1919 году Стеллецкий узнал о том, что его квартира в Хамовниках реквизирована, а архив и библиотека вывезены в неизвестном направлении. Стеллецкий обращался за помощью в Наркомпрос и уголовный розыск, но поиски ни к чему не привели. Уникальные материалы по подземной старине, истории библиотеки Грозного исчезли бесследно. В сорок пять лет учёному приходилось всё начинать заново. Не было жилья, работы, архива, библиотеки, не было и многих друзей, не нашедших общего языка с новой властью и эмигрировавших. Полгода Игнатий Яковлевич преподавал украинский язык в Академии Красной Армии. Затем ему удалось устроиться сверхштатным библиотекарем в Исторический музей. После дискуссии, на которой было принято решение о целесообразности поисков библиотеки Грозного (подробно о ней рассказано в «Мёртвых книгах...»), Игнатий Яковлевич вновь начинает собирать материалы о подземном Кремле. Он обращается за помощью к бывшему князю Н. С. Щербатову, который проводил раскопки в Кремле в 1894 году. Но фотографии и записи у Щербатова были изъяты «под честное слово» сотрудниками ЧК, «Зараз десь у ГПУ на почотнiм мiстi на думку Щербатова» [10],- язвительно замечает разочарованный Стеллецкий.
Не получив ответа на свои многочисленные обращения в разные организации с просьбой помочь организовать поиски библиотеки Грозного, Стеллецкий пошёл на маленькую хитрость. Он заключил договор на написание книги о подземной Москве с Государственным издательством РСФСР (Госиздат). С письмом от издательства исследователь направился в ГПУ, где надеялся получить разрешение на обследование тайников Москвы, а особенно Кремля. Но сотрудник ГПУ сказал: «В Кремль мы Вас не пустим, а вся Москва Ваша... Мы его сами весь ископали» [11]. Однако фраза «вся Москва Ваша» не соответствовала действительности. Тайник на Большой Дмитровке, например, обследовали сами сотрудники ГПУ, что и привело к нулевым результатам. Здания, занятые правительственными учреждениями, военными организациями, банками и т. п., также были недоступны для спелеолога. Но всё же Стеллецкому удалось собрать новый материал по подземной старине. Были найдены и по возможности обследованы подземные ходы в Сухаревой башне, Юсуповском дворце (палаты XVII в. в Б. Харитоньевском пер.), Симоновом монастыре. Но чаще всего он встречал ходы, которые требовали расчистки (дом Консистории, церковь Гребневской Божией Матери [12] на Мясницкой ул., дом Мейендорфа на ул. Герцена и др.). А в бывшем замке Бирона на Швивой горке [13] в подвале имелись свежезаложенные арки, за ними находился ход, предположительно выводящий в район Воробьёвых гор.
Минуя рогатки цензуры, Стеллецкий собрал в небольшой сборник материалы по подземной Москве, но издательства отказали ему в публикации под благовидными предлогами.
