Летом 1942 года Стеллецкие получили огород на Шелепихе (по Белорусской дороге). Непосильная физическая работа привела к кровоизлиянию. Игнатий Яковлевич ослеп на один глаз. После лечения у гомеопата зрение восстановилось. Зимой 1943 года его парализовало, и два месяца он пролежал в Остроумовской больнице. Вопреки мрачным прогнозам врачей Стеллецкий встал на ноги. Большой радостью было появление в 1944 году в журнале «Наука и жизнь» его статьи о библиотеке Грозного. Получив много писем от читателей, Игнатий Яковлевич принял решение написать документальную историю библиотеки Грозного. Летом 1945 года он отдыхал в санатории в Риге и обследовал подземелья ратуши. Это была последняя встреча Стеллецкого с подземным миром.
В мае 1947 года - второй паралич. Едва встав на ноги, Стеллецкий начинает работать директором библиотеки на спелеологической станции Московского университета. Но годы и болезни брали своё, порой он с трудом добирался до библиотеки.
О дальнейших событиях мы узнаём из дневниковых записей Марии Михайловны Исаевич, которая была верным другом Стеллецкого до последних дней его жизни. 18 января 1949 года Игнатий Яковлевич упал на улице и потерял сознание. В больнице сказали, что произошло кровоизлияние в третью левую лобовую извилину, ведающую речью. Несколько месяцев он был прикован к постели, ничего не мог делать сам. Из беседы Марии Михайловны Исаевич с лечащим врачом:
- Вы говорите, что он весь живой, что никаких параличей не было и нет. Так почему же он не встаёт, почему сам не может ни есть, ни пить, ни умываться?
- Потому, что он забыл, как это делается. Он всё забыл» [26].
10 апреля 1949 года его перевезли домой. Постепенно вернулись все навыки, Стеллецкий стал говорить чисто и ясно, но на каком-то незнакомом языке. Только много позже Мария Михайловна узнала, что Стеллецкий забыл все языки, кроме того, который изучал последним, - арабского. (Такое заболевание носит название афазия.) Постепенно Игнатий Яковлевич привык к своему состоянию. Чужую речь он понимал прекрасно, много читал, но писать не мог ни строчки. Часто он раскладывал на столе свои рукописи, перелистывал, что-то обдумывал, брал ручку, но из-под пера появлялись какие-то «иероглифы». Отчаянию его в такие минуты не было предела, Он расшвыривал тетради, ломал ручки, хватался за голову и, раскачиваясь из стороны в сторону, страшно кричал. Ярость сменялась тихими слезами. Закрыв лицо руками, стыдясь за свою несдержанность, он тихо повторял одно греческое слово: «мойра» - судьба. 11 ноября 1949 года Стеллецкого не стало.
В начале войны Игнатий Яковлевич написал своё первое и последнее завещание. Всего-то богатства было буфет и шкаф, сохранившиеся ещё с дореволюционных времён, да полуразвалившийся дом в Лубнах. «Похоронить меня завещаю без кремации, на родной Украине, на Лысой горе, под г. Лубнами, в разрытой скифской могиле и водрузить каменную бабу с надписью: «Спелеолог Стеллецкий. 1878-194...»». Похоронен он был на Ваганьковском кладбище, Осенью 1989 года были предприняты попытки отыскать могилу, но безрезультатно. На том месте, где, по словам очевидца, ещё в 1981 году находился небольшой холмик с покосившимся крестом, были новые захоронения.
Через две недели после смерти мужа Мария Михайловна передала в дар Центральному государственному архиву литературы и искусства часть документов из архива Стеллецкого. Документальные материалы она передавала сюда до 1978 года. Но есть сведения, что некоторые из них попали в частные руки. Судьба этих документов неизвестна.
Немного хочется сказать о «фантазиях» Стеллецкого, над которыми смеялись специалисты в 30-е годы. Игнатий Яковлевич утверждал, что на Украине есть золото, и неоднократно просил организовать экспедицию по проверке его сведений. Золото на Украине нашли. Стеллецкий считал, что библиотека Ярослава Мудрого спрятана в подземных палатах в Киеве. Из рассказов украинских историков нам известно о находке собрания рукописных книг при прокладке коллектора на территории правительственных дач под Киевом. Книги хранились в подземной палате. (Теперь книги находятся в Чернобыльской зоне). Стеллецкий предупреждал о возможности постепенного разрушения зданий, под которыми находятся «исторические пустоты» (ходы, остатки старинных построек и т. п.). Трещины были найдены не только в здании Библиотеки имени Ленина, но и в зданиях Большого и Малого театров, Метрополя.
